大家說起益生菌的好處，想到的就是幫助腸道菌叢平衡、改善排便和消化。不過近年來有一些新研究發現：特定菌種的益生菌，可以促進體內維生素D合成、改善骨質疏鬆。
提到骨質保健，想到的就是鈣、維生素D、運動、曬太陽。最近瑞士日內瓦大學的教授寫了一篇有趣的文章：「益生菌是不是骨頭保健的下一個鈣和維生素D？」，從現在的研究熱潮看來，確實可能。
瑞典一個研究讓90個有骨鬆症狀、年齡在75到80歲之間的婦女，補充「羅伊氏乳桿菌6475」或安慰劑，12個月之後，觀察骨密度、骨結構、發炎指標、骨代謝轉換指標，結果發現益生菌組大有改善。
另外也有教授針對不同菌株的益生菌研究，有的發現骨密度有明顯改善、有的則發現可以加速骨折好轉，也有研究發現可以改善關節炎症狀、並且血液發炎指標也降低了。
益生菌對骨質的保健，從「腸道菌相」以及「免疫發炎」切入解釋最順，不過有些功效還很難解釋，例如：特定的菌株會提升血液維生素D濃度，但不會提升其他脂溶性維生素，對妊娠糖尿病婦女或做了減肥手術的病人，也都看到維生素D提升的效果。
