Manuelita Sáenz, escribe una cruda carta a su esposo James Thorne para dejarle claro que prefería mil veces ser la amante de Simón Bolívar, a seguir a su lado.
En 1822, Manuela Sáenz dejó a su marido y regresó a Quito, donde se involucró en tareas de abastecimiento del ejército del general Sucre y auxilió a los heridos de la batalla de Pichincha. En la proclama de la libertad de la ciudad y la incorporación oficial del país a la República de la Gran Colombia, en la fiesta de gala conoció al Libertador Simón Bolívar. Desde este día, se convirtió en su compañera, fue su confidente, cuidó y salvaguardó sus archivos, protegió su vida, y compartieron los intereses políticos. “La Libertadora”, como la llamaron desde entonces, promovió activamente la independencia del territorio sudamericano y sufrió por la efímera homogeneidad política del mismo. Su lugar de origen no se sabe con certeza, pero ella declaraba: «Mi país es el continente de América. He nacido bajo la línea del Ecuador».
En enero de 1830, Bolívar presentó su renuncia a la presidencia. El 8 de mayo emprendió el viaje hacia la muerte, que ocurriría el 17 de diciembre. Desde su partida, los ataques contra Manuela Sáenz en Bogotá se multiplicaron mediante carteles, “papeluchas” y la quema de dos muñecos que personificaban a Manuela y a Bolívar bajo los nombres de Tiranía y Despotismo. Sin embargo, la coronela Sáenz recibió el apoyo del sector que menos esperaba, las mujeres: «Nosotras, las mujeres de Bogotá, protestamos de esos provocativos libelos contra esta señora que aparecen en los muros de todas las calles […] La señora Sáenz, a la que nos referimos, no es sin duda una delincuente». Durante el viaje que emprendió al exilio, recibió una carta en la que le comunicaban la muerte de Bolívar. Desde entonces, la persecución de la que ya era víctima fue creciendo, el gobierno firmó el decreto que la desterró definitivamente de Colombia. Fue a Jamaica, y de allí a Guayaquil, de donde tuvo que partir, pues el gobierno de Ecuador no la recibió. Viajó entonces a Paita, un puerto en el desierto peruano sin agua y sin árboles, al que sólo llegaban balleneros de Estados Unidos. La pobreza la acompañó durante los últimos años, y finalmente también la invalidez. Manuela Sáenz acabó víctima de una extraña epidemia que llegó al puerto en algún ballenero, el 23 de noviembre de 1856.
