המקור להקטרה בין הבדים
הגיע לארון נותן את המחתה בין שני הבדים. בגבורת ארי (ד"ס נתן לס המקקה) הקשה דמשמע כאן שהקטרת הקטורת היתה בין הבדים וכן במשנה לקמן (נג:) גבי הזאת דם פר ושעיר נאמר נכנס למקום שנכנס ועמד במקום שעמד', והיינו במקום שעמד כבר בשעת הקטרת קטורת, ומוכח מזה שהקטיר את הקטורת בין הבדים, משום שבהזאת דם ושעיר כתוב אל פני הכפורת' וזהו בין הבדים. והנה לר' יהודה שסובר במנחות (מ:) שהנכנס אל הקודש מבית לפרוכת לוקה ארבעים כי איסורו איסור לאו גרידא, ורק הנכנס אל מקום פני הכפורת חייב מיתה, קשה לפי"ז כיון דגבי קטורת אין כתיב 'אל פני הכפורת' אלא והביא מבית לפרוכת' לחוד, מספיק לכאורה שיכנס אל מבית לפרוכת ויקטיר, א"כ איך הקטיר בין הבדים ונכנס למקום שיש בו איסור מיתה, הרי לא ניתן איסור מיתה לדחות אצל קטורתיג. אך בקרית ספר (עכולס יוקכ"ס פ"ד) כתב מקור להקטרה בין הבדים, ממה שכתוב ונתן את הקטורת על האש לפני ה' וכסה ענן הקטורת את הכפורת אשר על העדות', משמע שמיד כשנותן את הקטורת מכסה הענן את הכפורת, והיינו מבין שני בדי הארוןיד. ובמשמר הלוי (זכסיס סי' על) מביא מקור להקטרה בבין הבדים, מהרמב"ן בפ' תשא (שמות ל לו) שביאר הפסוק ושחקת ממנה הדק ונתתה ממנה לפני העדות באהל מועד אשר אועד לך שמה', שיתכן לפרש שהזכיר הכתוב כאן את כל מעשה הקטורת, ואמר שיקטיר ממנה לפני העדות בקודש הקדשים, והוא קטורת של יום הכפורים, וכן אמר שיקטיר ממנה באהל מועד בכל יום, ו'אשר אועד לך שמה' חוזר למה שאמר למעלה על העדות'. ולדבריו מבואר בפסוק שיש קטורת שדינה להנתן לפני העדות דהיינו לפני הארון כלומר בין הבדים והיא הקטורת של יום הכפורים.