有些人認為咖啡可以提神、減肥，每天必喝咖啡;還有些人覺得咖啡影響心臟健康，遠離咖啡。 一些人喝咖啡後會感到心悸，因此認為咖啡對心臟不好。
對此，著名的《新英格蘭醫學期刊》（New
England Journal of Medicine）上近期發表的一篇論文得出結論，與避免咖啡因相比，飲用含咖啡因咖啡並不會導致每日房性早搏明顯增加。
喝咖啡某種程度可以讓支氣管擴張，對氣喘也有説明，對抗身體發炎及代謝疾病問題都有説明。 5年前《歐洲流行病學雜誌》上的研究稱，每天喝兩杯咖啡就能讓預期壽命延長兩年。 其中，綠原酸是咖啡中最多的抗氧化成分，對人體健康有多種潛在益處。
綠原酸的含量會根據咖啡豆烘培時間長短，而有所不同，烘培時間愈長，綠原酸含量愈低。 此外，用過濾的方式沖泡咖啡，有助於減少咖啡中的膽固醇、油脂、雜質，透過濾紙或鐵網過濾，都能達到相同的效果。
另外，每次購買少量咖啡豆回家自己研磨，吃完再購買，更能品嘗到新鮮的咖啡。 美國《2015-2020飲食指南》建議咖啡因攝取量以每天每人400毫克為上限，約為三杯咖啡的量。 而且最新的研究發現，咖啡加牛奶，牛奶里有一種氨基酸會跟咖啡酸結合，可以將抗氧化能力增強一倍。
對於容易胃食道逆流，或胃酸過多的人來說，牛奶有保護胃的作用，飯後喝咖啡加牛奶，是比較適合的飲用方法。 咖啡還具有增加腸胃蠕動的功能，如果是便秘的人，喝咖啡是很好的選擇，但如果拉肚子的人就盡量不要喝咖啡。
很多人擔心喝咖啡會增加鈣質流失。 醫師建議，更年期婦女盡量少喝咖啡，或是喝咖啡后多補充小魚乾、牛奶、綠色蔬菜等鈣質食物，或是多曬太陽、多運動。 咖啡利尿，所以建議喝咖啡后還要多補充水分，才不至於讓身體失水太多。
