腸道微生物菌群是一個複雜的生態系統，由細菌、病毒和真菌組成，對大腦和身體的健康至關重要。 飲食習慣決定了腸道生態系統會有益於健康還是導致疾病發生。
專家認為，包括抗生素在內4樣東西傷害腸道菌，降低免疫力，應慎吃。 一些食品和飲料可能會對腸道微生物菌群產生負面影響，導致微生物菌群失衡、發炎甚至引起疾
病發生。 1. 加工食品，西方飲食模式納入了大量加工食品，加工食品通過影響腸道微生物菌群，可造成消化系統失衡
。 有研究發現，納入深度加工的食品的飲食，會導致有益的細菌減少，同時增加腸道中的有害的細菌。 這些食品通常都是高糖、高鹽，並含有不健康脂肪。 《自然》雜誌上發表的一項研究發現，高度加工食品的飲食能夠導致某些細菌豐度增加，例如與炎症和炎性腸病有關的脆弱擬桿菌。 2. 高糖食物，攝入過多的糖會影響促炎和抗炎腸道菌群之間的平衡，破壞腸道微生物群落。
此外，還有研究結果顯示，高糖含量的飲料能夠打亂微生物群落平衡，並使身體製造的腸道免疫細胞數量減少，這些免疫細胞通常可説明預防前期糖尿病和體重增加。 此外，人工合成的甜味劑如糖精和阿斯巴甜，也被證明會損傷腸道微生物群落。
一項研究發現，攝入糖精的小鼠，其腸道微生物群落的多樣性降低，葡萄糖不耐受的風險增加，葡萄糖不耐受會引發2型糖尿病。 3. 酒精飲料，喝太多酒可能會打亂腸道微生物群落的比列平衡，並促進有害細菌的生長。
《腸道微生物》雜誌發表的一項研究發現，長期飲酒可能會導致有害細菌，如腸桿菌科增加，而有益細菌如乳酸桿菌和雙歧桿菌減少。 4. 抗生素、抗抑鬱葯，雖然抗生素可以挽救人命，但同時它也殺死有益菌群，破壞腸道微生物群落。
研究表明，一個抗生素療程， 就可顯著降低腸道微生物群落的多樣性。
