13 April 2022 Martinus terpilih menjadi Paus pada tahun 649. Ia memimpin Gereja selama 7 tahun. Pada awal pontifikatnya, situasi Gereja umumnya aman. Perhatiannya pada kepentingan Gereja dan umat sangat besar. Ia berusaha memimpin Gereja dengan sikap seorang gembala.
Tiga pokok perhatiannya yang utama ialah doa, membantu para miskin dan mengajar. Suatu saat, keamanan Gereja terganggu dengan naiknya Konstantin II ke atas tahta yang menyatakan diri sebagai kepala Gereja Kristus.
Selain itu Konstantin II juga menyebarkan ajaran palsu monotelitisme, bahwa Kristus hanya mempunyai satu kehendak. Martinus yang dengan tegas menolak ajaran itu, akhirnya menimbulkan amarah besar di pihak kaisar.
"Kurang ajar Martinus! Berani benar ia menolak ajaran monotelitisme .... Hai prajurit, awasi dia, dan bunuh jika ada kesempatan. Cepat .. Laksanakan!" ujar Konstantin.
Walau upaya menghabisi Martinus selalu gagal, toh akhirnya Martinus yang sudah tua dan sakit-sakitan itu dapat ditangkap dan diusung ke sebuah kapal yang hendak berangkat ke Konstantinopel. Setelah sebulan berlayar, sampailah kapal itu di pulau Naksos.
Di pulau itu, Martinus ditawan selama lebih dari satu tahun dengan penderitaan yang mengerikan. Setelah itu ia dibawa menghadap kaisar. Pakaian pontifikatnya ditanggalkan dan ia dihantar mengelilingi kota seperti penjahat.
Selanjutnya, Martinus dibuang ke sebuah tempat sunyi hingga kematiannya pada tahun 655, setelah selama empat hari menderita kelaparan.
Penulis Naskah: Arief Setyawan