Com 21 anos, batida o chamado à vida religiosa e inserido na Ordem Carmelita, na qual pediu o hábito. Nos tempos livres, gostava de visitar os hospitais nos hospitais, servindo-os como enfermeiro. Ocasião em que passou a ser chamado de João de Santa Maria. Desejado ao talento e à virtude, foi rapidamente destinado ao colégio de Santo André, pertencente à Ordem, em Salamanca, ao lado da famosa Universidade. Ali, estudou Artes e Teologia. Nesse colégio ele foi nomeado “prefeito dos estudantes”, o que indica o seu bom aproveitamento e a estimativa que os demais deveriam por ele. Em 1567 foi ordenado sacerdote.
