Il sillogismo scientifico è un tipo particolare di sillogismo, in cui le due premesse sono vere, e la conclusione sarà necessariamente vera. Abbiamo studiato che un sillogismo può essere tecnicamente valido anche se una o tutte e due le premesse sono false o la conclusione è falsa. Ma il metodo scientifico, secondo Aristotele, può basarsi solo su catene di sillogismi in cui premesse e conclusioni sono vere, e le conclusioni vere fanno da premesse ad altri sillogismi scientifici.
Siccome le premesse di solito sono conclusioni di precedenti sillogismi, esse sono vere se derivano da sillogismi “primari” in cui le premesse (vere) non derivano da altri sillogismi: sono cioè premesse prime. Da dove vengono ricavate le premesse prime se non derivano da un ragionamento? Possono esserci due casi: o sono ammesse come autoevidenti (come i postulati della geometria euclidea) o sono ricavate per induzione dall’esperienza. In ogni caso tali premesse vere e prime definiscono gli oggetti basilari tipici di ogni scienza, essendo alla base di tutti i successivi sillogismi di ciascuna scienza. Ciò implica che ogni disciplina costruisca le sue catene sillogistiche, che vertono sui propri oggetti caratterizzanti, autonomamente e separatamente da ogni altra disciplina. Il che valorizza le singole discipline, ma impedisce, ad esempio, che i sillogismi di matematica possano essere applicati ai fenomeni fisici. Questa caratteristica finirà per ritardare e contrastare la moderna scienza galileiana.