有一天，當尊者被一位施主請去時，仲仁波切（指仲敦巴）來了。他先到尊者的住處，得知尊者被一位施主請去，但馬上就要返回的消息。仲仁波切說：「如果讓我選要早一剎那值遇大乘善知識，還是晚一剎那值遇大乘善知識，我寧願選前者，所以我不能耽擱，我要到尊者去的地方找他。」結果在半路上就和尊者相遇，仲仁波切先全身伏地作頂禮，隨後來到尊者跟前，尊者將手放置在他頭上，用梵語說了許多吉祥贊。那天早些時候，尊者曾對那位施主說：「我需要一份食品給我的居士。」因為尊者從不食肉，所以那天的宴會食品是糌粑和酥油，尊者將帶回的那份賜給了仲仁波切。仲仁波切將糌粑吃了，將留下的酥油製成一盞能通宵燃燒的油燈，供在尊者的枕邊。據說從那時起，直至尊者圓寂，仲仁波切總是在尊者枕邊供上通宵燃燒的油燈，從不間斷。就在當天晚上，尊者為仲仁波切灌頂，認定為上首 弟子。
後來，尊者等人逐漸從布森走到芒隅的濟仲地區，準備經尼泊爾返回印度時，前方發生大戰亂，擋住了去路，無法通行。仲敦巴設法迎請尊者返回藏地，那錯則設法請尊者回印度。由於途中發生戰亂不能前進，譯師感到十分棘手、異常焦慮。尊者安慰他說：「不必如此不安，你已經盡了努力卻做不到，是沒有過失的。」譯師聞言喜出望外，便請求道：「那麼請您返回藏地吧！」就這樣，尊者決意返藏。
當時途中發生戰亂，致使尊者無法赴印，乃全體藏民之福。由於尊者無法返回印度，那錯他們便致書上座。信中說明，根據上座的命令，他們護送尊者返回印度，但至尼泊爾邊界時，因半途發生動亂無法繼續前進，所以目前被迫返回藏地；他們允諾日後戰亂平息時再護送尊者回來；信上又說尊者抵藏後造了一部論，利生之事也極其廣大，所以最好能常住藏地，請示這樣做是否可行。隨信附上尊者親筆手書的（菩提道燈論）和許多黃金，派人專程送往印度。
當時的印度和我們藏地不同，他們的規矩是：班智達們定期集會，審查一年之中新問世的論著。按照座位順序將論文各頁依次下發，大家各讀一頁後，如果發現詞義均無過失，便上報國王，給作者頒發獎品，詔告天下可流通該篇論著。如果文句優美但文義有過失，便將該論繫在狗尾上，把狗帶到城裡的街巷中遊行，以羞辱該論及其作者，並上報國王，詔告天王「後禁止傳佈該論。尊者的著作本不需要作這樣的審查，但還是按當地規矩將《菩提道燈論》發給班智達們。由於《菩提道燈論》在短短的三頁紙中，簡要而圓滿無誤地開示了一切顯密教典所詮譯的內容，且憑藉此論能將一切佛經展現為教授，故而得到班智達們的一致認可，大家備感驚訝，反應強烈，異口同聲地說：
「看來尊者到西藏去不僅對藏人有利，也對我們印度人有利。如果尊者住在印度，是不會造出這樣一部論著的，因為我們印度人智慧和精進都很大。他考慮到西藏人愚鈍且精進微小，所以才會造出這樣一部詞少義豐的論著。」
上座惹那阿迦惹聽到這麼多贊同尊者住藏的言論，只好回書藏地說：
「既然班智達們作了這樣的讚歎，尊者本人也喜歡留在藏地，又有這麼大的利生事業，尊者可以留在藏地。請他造一部（菩提道燈論）的解釋給我們，作為代替。」
消息傳到藏地，那錯喜不自勝，如釋重負，他說： 「上座強加給我，像山一樣的重任，從今天起總算可以擺脫了。」
（嘉 傑‧帕繃喀仁波切指出，現存的（丹珠爾）40，件，被稱作尊者造《自釋》41一文，有部分內容為後人攙偽。）
尊者赴前藏之前，仲仁波切曾寫信給那裡的上層人士，信中說：「我將盡力迎請尊者到前藏來，你們得到確切 消息後，務必馬上出來迎接。」因此，當尊者臨近前藏時，仲仁波切致書嘎瓦‧釋迦旺曲（釋迦自在）等前藏諸位法師，希望他們趕緊前來迎接尊者的到來。當以嘎瓦為首的前藏法師著手準備歡迎時，枯敦問信中為何未列入他的名字？當被告知在「等」字中已包括時，他便說：「我難道只屬於『等』字中的人嗎？」遂別眾先行，眾人一見也紛紛起程前來迎接。他們全身作藏地大法師的裝束，頭戴圓頂帽，身披馬氅等。當尊者遠遠看見這群人時，便說：「來了許多藏地的鬼怪。」並用斗篷將自己的頭裹起來。後來那些大法師下馬換上三法衣前來致敬，尊者才歡喜答禮。
尊者抵達前藏，在那裡廣轉法輪，作了許多對聖教和眾生有益的事。尊者在阿里上部駐錫三年、聶塘九年，前、後藏其他地區五年，一共住藏十七年。《噶當教法史》42等說是十三年，說法不一。十七年一說是本派至尊大宗喀巴所主張的，因為那錯依止尊者的時間算計，在印度為二年，在藏地為十七年，如他自己所說：「依止伴隨十九年 43」。
