Bununla da kalmadı bilim ve sanat Oxford, Paris ve Bologna gibi kilisenin kontrolünde olan üniversiteler vasıtasıyla din adamlarının tekeline girdi.
Bilim ancak kilisenin müsaade ettiği alan ve gerçeklerle ya da kabullerle sınırlıydı.
Bunun dışına çıkılması engizisyon mahkemelerindeki büyük cezaların göze alınmasıyla mümkündü.
Bu yüzden kilisenin öğretisinin dışına çıkan birçok bilim ve düşünce insanları engizisyon mahkemeleri tarafından çok büyük ve yakıcı cezalara çarptırıldılar. Bir kısmı bilimsel gerçekleri ifade ettikleri için ya da düşüncelerinden dolayı yakılarak veya başka şekillerde idam edildildiler.
Soylular ve ruhban sınıfının dirsek temasıyla halk ezilmeye ve suiistimal edilmeye başlandı.
Soylular ve din adamları feodal sistemin saraylarında görkemli ve lüks bir hayat geçirirken halk ağır vergiler altında çok azla geçinmek zorundaydı.
