Procedía de una familia de origen holandés que buscó refugio en Inglaterra durante la persecución del duque de Alba. Su abuelo, James Spurgeon (1776-1864), nacido en Halstead, Essex, fue ministro independiente del evangelio en Stambourne. El padre de Charles, John Spurgeon, nació en 1811 y fue sucesivamente ministro de las congregaciones independientes de Tollesbury, Essex, de Cranbrook, Kent, de Fetter Lane, y de Upper Street, Islington. La madre era la hermana menor de Charles Parker Jarvis de Colchester, nacida en Kelvedon, Essex, el 19 de junio de 1834. Charles pasó los primeros años de su vida con su abuelo, pero desde los siete a los quince años fue educado en la escuela en Colchester, dirigida por Henry Lewis; pasó algunos meses en un colegio rural en Maidstone en 1848 y en 1849 era profesor ayudante en una escuela en Newmarket, regentada por un bautista.
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