Su padre fue William Knox, de noble aunque no distinguida ascendencia. El apellido de su madre era Sinclair. Recibió una educación humanista en Haddington, que poseía una excelente escuela originalmente monástica y cuyo espíritu, al menos en lo tocante a la educación, era el de aquellas escuelas que animarían a la Iglesia de Escocia, incluso antes de la Reforma.
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