Era el decimoquinto hijo y segundo varón superviviente de Samuel Wesley 1662-1735 , ministro de la Iglesia anglicana, quien se casó en 1689 con Susannah, quien era la vigésimo quinta hija de Samuel Annesley, siendo luego ella misma madre de diecinueve hijos. El día y el mes de su nacimiento descansan en su propio testimonio Westminster Mag. 1774, p. 181 , el año se deduce del certificado de bautismo de su padre Stevenson, Memorials of the Wesley Family, 1876, p. 329 . Por su padre, descendía de Adam Loftus c. 1533–1605 , primado de Irlanda; su ascendencia más inmediata, por ambos lados, era no conformista. Aunque bautizado John Benjamin sus padres habían perdido hijos pequeños con esos nombres , su segundo nombre nunca lo usó. Su primera educación desde los cinco años fue con su madre, cuyos métodos eran exigentes, pues le permitió un solo día para aprender el alfabeto. Su rescate del incendio 9 de febrero de 1708-1709 en la rectoría de Epworth se fijó en su mente, refiriéndose posteriormente a ello como 'un tizón arrebatado del incendio' y un milagro de la providencia. Desde el principio se destacó por la firmeza de carácter y por su tono reflexivo, comentando su padre que 'nuestro Jack' no haría nada non etiam crepitare 'a menos que pudiera dar una razón para ello'.
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