El apelativo de Crisóstomo, prestado de Dión de Prusa, le fue dado poco después de su muerte. Procedía de una rica familia patricia, quedando huérfano de padre poco después de nacer y siendo criado por su madre, Antusa. A la edad de veinte años estaba entre los alumnos del retórico Libanio de Antioquía, asistiendo a las clases del filósofo Andragatio. Al principio quiso estudiar derecho, pero pronto decidió retirarse del mundo enteramente, encontrando un compañero en su colega Basilio, de quien nada más se sabe. Se aplicó al estudio de las Escrituras y se preparó para el bautismo, que recibió tres años más tarde de Melecio, obispo de Antioquía hacia el año 368 y ciertamente antes del 370, en el que Melecio dejó Antioquía.
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