El punto culminante de su transformación se dio cuando convivió con los leprosos, a quienes tiempo antes le parecía extremadamente amargo mirar. Se dedicó después a la reconstrucción de la capilla de San Damián. Según los relatos, lo hizo después de haber visto al crucifijo de esta iglesia decirle: Francisco, vete y repara mi iglesia, que se está cayendo en ruinas. Se despojó de todas sus vestimentas ante los jueces, proclamando a Dios desde ese momento como su verdadero Padre. Ante esto, el obispo lo abrazó y le envolvió con su manto.
