Sie entging dem klassischen Schicksal der Königstochter, nämlich einer Zwangsehe, weil es sich sage und schreibe drei Verlobte anders überlegten. Beim vierten Anwärter war sie bereits erwachsen. Ihr Bruder, König Wenzel, ließ sie selber entscheiden, und sie wählte statt der Ehe mit dem Deutschen Kaiser Friedrich II. das Kloster. Dadurch wurde sie zu einer der bedeutendsten Frauen des 13. Jahrhunderts: Agnes von Böhmen.
Sie nützte ihre Freiheit, all ihren Einfluss und ihre finanziellen Mittel für die Kirche und ihre Mitmenschen. 1232 gründete sie in Prag ein Armenspital, das von Franziskanern versorgt wurde. Neben diesem Männerkloster errichtete sie ein Klarissenkloster. 1234 trat sie selbst ein, was im europäischen Adel einiges Aufsehen erregte. Es entstanden Pflegestellen, Waisenhäuser und Obdachlosenheime. Entsprechend beliebt war Agnes bei der Bevölkerung.
Agnes von Böhmen starb am 2. März 1282. Ihr Kloster wurde von Kaiser Josef II. aufgehoben, heute ist es ein Museum. Schon bald nach ihrem Tod wurde Agnes als Heilige verehrt, die längst überfällige Heiligsprechung sollte erst 1989 erfolgen. Einen Monat später fiel das kommunistische Regime.