Ulysse 31 raconte les aventures du jeune Télémaque, capturé par le Cyclope. Au cours de sa captivité, il fait la rencontre de deux compagnons, Thémis et Noumaïos, qu'il parvient à libérer avec l'aide de son fidèle robot Nono. Ensemble, ils parcourent la galaxie, tentant d'échapper à la colère des dieux et de retrouver le chemin de la Terre.