Farel avait déjà ouvert la Bible, mais sans y trouver la piété neuve qu'il cherchait. Lefèvre, qui l'avait mieux comprise, lui enseigna, «que l'homme n'a point de mérites devant Dieu, mais que tout vient par grâce, et par la seule miséricorde de Dieu, sans qu'aucun l'ait mérité ». « Ce que je crus, dit Farel, sitôt que cela me fut dit, à cause de certaines réflexions que j'avais déjà faites. » Lefèvre ayant été poursuivi par les théologiens de Paris pour un livre où il se trouvait contredire la liturgie de l'Eglise, Farel, qui connaissait sa science, commença à se défier des docteurs.
Quand il eut en mains, en 1516, le Nouveau Testament grec d'Erasme apporté par ballots de Bâle à Paris, pendant trois ans il pria Dieu de lui montrer le droit chemin, lisant l'Ecriture à genoux, comparant le grec au latin, « traitant avec grands et petits pour être instruit, sans mépriser personne ».
Il fut enfin convaincu que Dieu voulait qu'on l'adorât seul, et que toute l'invocation de « ceux qui sont hors de ce monde était vraie idolâtrie ». Lorsque, plus tard, Lefèvre suivit, mais lentement, les premiers mouvements de la Réforme, et incita Farel à prêcher, bien que celui-ci ne fût pas prêtre, Farel lui dit :
« Voici, par la grâce de Dieu, le commencement de ce que vous m'avez annoncé du renouvellement du monde. »
