II wojna światowa zastała go w Warszawie. Aresztowano go na początku października 1939 roku, ale po kilku tygodniach zwolniono z Pawiaka. Wrócił do Poznania, ale już 9 listopada został ponownie aresztowany i osadzony w złej sławy Forcie VII. Tam był szykanowany, torturowany, bity, ale nie stracił pogody ducha.
W kwietniu 1940 został przewieziony pierwszym transportem Polaków do Dachau, a po dwóch miesiącach do obozu w Mauthausen, gdzie do grudnia pracował niewolniczo w kamieniołomach.
Po powrocie do Dachau pracował na plantacjach, a potem w pończoszarni. Mimo trudnej sytuacji zachęcał innych do wytrwania, podnosił na duchu. Był schorowany. Miał dławicę piersiową, nie miał jednej nerki, ale znosił trudy obozu. Potajemnie organizował modlitwy i nabożeństwa – słynne "Godzinki" i "Gorzkie żale". Był wsparciem dla osadzonych współbraci kapłanów.
Zmarł 5 grudnia 1942 roku. Miał zapalenie płuc i leżał w baraku dla niezdolnych do pracy. Świadkowie mówili, że w tym ‘szpitalu’ dano mu zastrzyk z benzyny. Jego ciało zostało spalone w obozowym krematorium (...)
