Po kilku latach został profesorem w seminarium, ale katedry filozofii i literatury nie były jego domeną i zrezygnował ze stanowiska. Prze trzynaście lat był kapelanem w klasztorze sióstr bernardynek.
W październiku 1906 roku wstąpił do nowicjatu jezuitów, spełniając tym samym pragnienie, które mu towarzyszyło od dawna. Po skróconej formacji, ponieważ był już księdzem, został przeznaczony na placówkę w Madrycie, w tzw. domu profesów. Mieszkali tam profesorowie, wielcy kaznodzieje. Ojciec Rubio „ze swoimi prostymi kazaniami, elementarną teologią i nielicznymi radami udzielanymi w konfesjonale” był jakby z innego świata. Kiedyś nawet, prowincjał ojciec Valera, który go posłał do domu profesów, słuchał jego kazania ukryty w cieniu na chórze kościoła. Po chwili wyszedł, potrząsając głową i mówiąc: „- Mój Boże, gdybym tak głosił kazanie, umarłbym ze wstydu”. A jednak ta prostota, gdzie nie było ‘genialnych myśli’, nie było błyskotliwych chwytów retorycznych trafiała do serc słuchaczy i przemieniała je. „Ojciec Rubio mówił "to samo, co zawsze", ale ludzie tłumnie garnęli się na jego kazania. Kościół domu profesów nie mógł pomieścić słuchaczy”...
