W 1393 roku zmarł benedyktyński opat z klasztoru w Kladrubach, zachodnie Czechy. Wacław IV Luksemburski, król Niemiec i Czech, chciał założyć nowe biskupstwo i mianować biskupem swojego kandydata. Planował zatem przejąć kościół opactwa i zamienić go na katedrę biskupią. Zabronił więc wyboru nowego opata. Wtedy jednak Jan Nepomucen sprzeciwił się tej decyzji, uważając ją za sprzeczną z prawem kanonicznym. Bez konsultacji z królem i wbrew jego oczekiwaniom, doprowadził do szybkiego wyboru nowego opata.
Król wpadł w gniew, nakazał aresztowanie Jana, dwóch innych prałatów i burmistrza Wacława z Miśni. Poddano ich torturom. Oprócz Jana wszyscy szybko ulegli władcy. Było to 20 marca 1393 roku...
