Na początku roku 1620 uchronił miasto przed splądrowaniem i spaleniem przez tak zwanych "lisowszczyków" – lekką jazdę polską. By pokazać, że są katolikami wyszedł im naprzeciw w procesji z Najświętszym Sakramentem.
Protestanci oskarżyli go, że zdradził naród i sprowadził obce wojska. Aresztowali go 13 lutego 1620 roku. W więzieniu poddali go torturom. Chcieli, żeby się przyznał do zdrady. Byłoby to powodem do oskarżenia wszystkich katolików i rozpoczęcia prześladowań. Kiedy Jan odmówił, zaczęli go torturować. Rozciągano go na tak zwanych ‘skrzypcach’. Pękały mu ścięgna, kości wychodziły ze stawów. Zapalonymi pochodniami przypalano jego ciało. Przy kolejnym przesłuchaniu chciano zmusić go do zdrady tajemnicy spowiedzi. Spowiadał się u niego wielkorządca Moraw i oprawcy chcieli zmusić go do wyjawienia tajemnic, jakie mu powierzył. Jan ponownie odmówił. Znowu poddano go torturom. Rozciągano jego ciało, przypalano ogniem, głowę ściskano żelazną obręczą. Do nóg przywiązywano kamienie, naciągano mięśnie i ścięgna aż do zerwania. Co pewien czas na chwilę przerywano tortury fizyczne, by straszyć go nowymi katuszami. Na pół żywego odniesiono Jana do więzienia. Zmarł po miesiącu na skutek odniesionych obrażeń.
Po perturbacjach katolicy odzyskali ciało męczennika i pochowali je w kościele w Ołomuńcu. Do grobu natychmiast zaczęli pielgrzymować liczni wierni...
