Przez kilka lat pracował w Warszawie. Był kaznodzieją, moderatorem bractwa Matki Bożej Łaskawej, prefektem w kolegium. Był zastępcą rektora w domu zakonnym. Ceniono go jako spowiednika. Spowiadał między innymi nuncjusza apostolskiego w Polsce Antonio Pignatellego, który potem został papieżem Innocentym XII.
W tych latach zaczął narastać konflikt między o. Stanisławem a władzami zakonnymi. Uważał bowiem, że przełożeni w Zgromadzeniu nadużywają swoich uprawnień wobec współbraci.
W 1667 roku o. Papczyński wyjechał do Rzymu, wezwany przez generała zakonu w celu wyjaśnienia konfliktu z przełożonymi. W następnym roku został wysłany do Nikolsburga w Czechach. Za pozwoleniem niemieckiego prowincjała wrócił do Warszawy, a następnie przeniósł się do placówki pijarów na krakowskim Kazimierzu.
Ponieważ konflikt nie został zażegnany, dla swojego dobra i dobra zakonu postanowił opuścić zgromadzenie. Po uzyskaniu niezbędnych pozwoleń wystąpił od pijarów i stał się księdzem diecezjalnym...
