Stefan kontynuował reformy, które zaczęli jego poprzednicy. Ostro wystąpił przeciwko symonii, czyli handlowaniu godnościami i urzędami kościelnymi. Zwalczał także łamanie celibatu i małżeństwa kleru. Zwołał kilka synodów, na których potępiono te nadużycia.
W tym czasie, w Mediolanie rozwinął się ruch zwany patarynami. Byli oni zwolennikami ubóstwa, przeciwnikami symonii, nepotyzmu i łamaniu celibatu przez księży. Stefan IX wysłał do Mediolanu kard. Hildebranda, aby wsparł reformatorską grupę kleru przeciw ówczesnemu arcybiskupowi.
