Plemiona indiańskie, w większości jeszcze nieschrystianizowane, nie były nastawione przyjaźnie ani do siebie ani do konkwistadorów. Nie było zorganizowanej struktury państwowej. Rozległy teren był zarządzany przez gubernatorów hiszpańskich, wspieranych także przez duchowieństwo. Czasami te zależności były uwikłane w koneksje polityczne.
Turybiusz objął rządy w diecezji i z odwagą zabrał się do dzieła reformy. Próba zaprowadzenia porządku w strukturach kościelnych oznaczała ograniczenie władzy gubernatorów i powiązanych z nimi księży. Turybiusz niestrudzenie reformował Kościół. Zwoływał synody, organizował spotkania, wprowadzał nowe prawa, aby uporządkować życie kościelne w kraju. W sumie przeprowadził czternaście synodów. Najważniejszym był prowincjonalny synod w Limie, który odbył się w latach 1582-1583. Uchwalono na nim swego rodzaju Wielką Kartę Kościoła południowo-amerykańskiego. Wprowadzał wytyczne dla całego Kościoła w nowym świecie.
