Kleinzschocher entstand im 11. Jahrhundert als slawisches Gassendorf. Ausgangspunkt der Besiedlung war dabei der Hügel, auf dem heute die Taborkirche steht und der damals eventuell als Kultstätte gedient hat (sog. Tanzberg). 1287 wurde der Ort erstmals als „pavorum Scochere“ (Zschocher altslaw. „Zypergras“) erwähnt. Kleinzschocher bestand zu dieser Zeit aus einem südlich der Kirche gelegenen Oberdorf mit Hirtenviertel und einem nördlich gelegenen Unterdorf mit Häuslerviertel und Bauerngütern. Die Familie Hayn wurde 1350 als erster Besitzer des Rittergutes urkundlich erwähnt. 1484 heißt der Ort Cleyne Tschocher. Mit der Reformation wurden die umliegenden Dörfer Groß-Miltitz, Schleußig und Plagwitz eingepfarrt (Parochie Kleinzschocher). In Kleinzschocher wohnten 1562 schon 34 Familien.
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