Eggers nació y creció en Lee, New Hampshire. Sus padres son Kelly y Walter Eggers, y tiene dos hermanos, Max y Sam. Se mudó a la ciudad de Nueva York en 2001 para asistir a un conservatorio de actuación. Se inspiró en su infancia en Nueva Inglaterra, cuando visitaba con frecuencia la Plantación Plimoth, para escribir su primer largometraje. Está casado con Alexandra Shaker.
En 2015, Eggers hizo su debut como director con la película de terror La bruja, basada en su propio guion. La película se estrenó en el Festival de Cine de Sundance de 2015 el 27 de enero.
A24 adquirió la película y la estrenó el 19 de febrero de 2016. La recepción por la crítica fue en gran medida positiva, y la película ganó más de $40 millones con un presupuesto de $4 millones.
