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Francisco Javier Eugenio de Santa Cruz y Espejo (Quito 1747-1795) fue investigador, científico, médico, historiador, escritor, abogado, periodista, pensador, ideólogo, político y prócer de la independencia de Ecuador.
El nombre familiar de Espejo, lo llevaba ya el padre de Eugenio, quiteño, e incluso su abuelo, español. Es más, la inscripción de nacimiento de Eugenio de Santa Cruz y Espejo, está dada como tal, y ubicada en el libro de blancos, hecho imposible de consumar para un indígena, por influyente que fuera, ya que el sistema de castas de la Colonia lo prohibía.
Una vez inscrito desde muy temprana edad en colegios exclusivos de la aristocracia quiteña. Se doctoró en medicina en 1767 (con 20 años) y poco después también en jurisprudencia y derecho canónico. Dentro la sociedad quiteña se convirtió en el eje de la vida cultural y propagador de ideas progresistas. Fue acusado de ser el autor de un texto que aplaudía el levantamiento de Túpac Amaru. Su activismo cultural acabó enfrentándolo a las autoridades, que lo procesaron en Bogotá y salió libre de todo cargo.
En 1793, las autoridades trataron de deshacerse de Espejo designándole médico de una expedición científica a los ríos Pará y Marañón. Espejo se negó a este juego y fue arrestado.
El Cabildo de Quito le pidió un instructivo para prevenir la viruela. Espejo produjo unas Reflexiones: Historia de las enfermedades contagiosas (1785), cuadro exacto de las costumbres y condiciones sanitarias de Quito. El primer texto científico que refería la existencia de microorganismos y defendía la asepsia de lugares y personas.
En noviembre del 1791 ayudó a fundar la Sociedad Patriótica de Amigos del País de Quito o Escuela de la Concordia compuesta de 25 miembros que se reunían semanalmente para discutir los problemas agrícolas, educativos, políticos y sociales y el desarrollo de las ciencias físicas y naturales. Editó el primer periódico publicado en la ciudad "Las Primicias de la Cultura de Quito" (1792), órgano de esa sociedad, y del que salieron siete números. Fracasada esta tentativa de restaurar la patria optó por la estrategia de escribir acerca de la economía de Quito.
Perdida la poca fe que le quedaba en la monarquía, pensó que no había más remedio que cambiar las estructuras políticas. Escribió sermones para su hermano cura a fin de difundir estas ideas. Se volvió activista; en octubre de 1794 en las cruces de Quito amanecieron banderolas escarlatas con el lema en latín: "Al amparo de la cruz, sed libres, conseguid la gloria y la felicidad". Lo denuncian por estar en contra del rey, contra los gobernantes y la tranquilidad pública. Por ello fue encarcelado por conspirador el Virrey ordena su liberación el 20 de octubre y la orden llega el 22 de diciembre. Murió de disentería en su casa en Quito, el 27 de diciembre de 1795 en el libro de difuntos lo inscriben en el de indios, castas y mestizos.