La Chiesa del Gesù Vecchio sorse come prima chiesa dell’ordine della Compagnia di Gesù a Napoli. Resasi insufficiente la vecchia diaconia dei Santi Giovanni e Paolo che sorgeva sullo stesso luogo, i Gesuiti commissionarono fin dal 1563 la costruzione di un nuovo convento e di una nuova chiesa, quest’ultima eretta su disegno di padre Pietro Provedo, grazie al generoso patronato di Tommaso Filomarino.
