In un secolo che non mancava né di corruzione e violenza, né di straordinari esempi di santità (come, per nominare solo gli ispanici, Pietro d’Alcantara, Teresa d’Avila, Ignazio di Loyola, Francesco Borgia, Giovanni di Dio), san Giovanni fu il sacerdote cattolico zelante, pio, dotto, fermo e di dottrina sicura, così come lo desiderava, per rinnovare la cristianità, il coevo Concilio di Trento (1545-1563).
