第三重矛盾是高新技术企业资质维持的不确定性。传统BD中，大额首付款已可能稀释高新收入占比；在NewCo、轴辐式网络模式下，这种冲击更隐蔽、更难管控。企业收入不再局限于许可收入，还包括股权、分红、退出转让收益。比较典型的情形是：母公司因收到子公司大额分红，导致总收入显著增加，最终高新技术产品（服务）收入占比跌破60%，被迫放弃15%优惠税率。
第四个被放大的，是跨境税务协调难度显著上升。BD交易“并不单纯只是中国税的一个方面”，而是“至少是双边，甚至有时候是多边”的税务处理。在NewCo与轴辐式网络架构下，交易复杂度进一步提升。企业需要决策的不再仅是境内或境外主体收款，还包括NewCo注册地、轴辐架构的设立地点、IP持有主体、合同签约主体、关联交易安排，未来分红与退出的路径等一系列关键安排。
事实上，已有企业因IP名义上归境外主体，实际研发却在国内，权属不清导致交易受阻。还由此可能引发了一系列合规风险。不同司法辖区对无形资产认定、预提税、税收协定、经济实质、利润归属的理解差异显著，任何环节的设计瑕疵，都可能让原本用于提升灵活性的架构，变成新的合规负担。
归根结底，NewCo与轴辐式网络模式并未让税务问题消失，而是将矛盾全面前移，税务风险不再集中于收款环节，而是贯穿资产剥离、权属划分、利润分配、资质维持与跨境退出全链条。旧规则尚未适配旧模式，新模式已带来更复杂的新挑战。
说到底，矛盾的核心并非制药企业BD时追求更低税负，而是税收规则与产业实践长期错位、执行口径缺乏统一。企业面对的不是“该不该交税”，而是“交多少、怎么交、何时交”缺乏稳定预期。企业当前最迫切的需求并非仅仅是“少交税”，而是“能够提前知道税要交多少、怎么交”。
对于现金流持续承压的Biotech企业而言，税收政策的稳定与可预期性，和税收优惠力度同样关键。因此，化解矛盾，首先需要规则层面与时俱进。例如针对临床早期已形成市场价值的管线，仍需等待后期审批才能享受优惠，是否可以更关注交易实质？
比如，针对生物医药管线IP交易的实质，美国税是基于是否有“实质性的权利”转让的判断。所以，即便专利法律所有权并未转移，只要海外市场的核心开发、商业化和经济及收益权已被进行了排他性的实质性转出，就可能按资产转让而非单纯特许权使用费处理，进而有可能有部分的支付对价无需缴纳美国预提所得税。换句话说，市场价值已经形成，税收规则也会尝试围绕交易实质来确认征税方式。相比之下，国内在不少场景下仍更依赖确权材料和形式要件，这也是企业感到压力集中的原因之一。而针对BD交易在不同区域与部门间的裁量差异。有专家指出，同一笔交易在不同地区出现不同认定结果，会直接增加企业合规成本。推动创新药BD交易税务专项指引、推广重大交易事先裁定、建立跨区域认定互认机制，能有效降低企业的不确定性风险。
最后，企业也应将税务规划前置。伴随BD浪潮的掀起，很多项目税务师都是跟律师一起进场的，合同定型后税务优化空间将大幅压缩。企业可在交易前梳理好自身IP的情况、与IP研发有关的成本费用情况、IP的法律确权情况等，在合同拟定过程中明确涉及的交易内容及付款节点、提前完成技术合同认定、动态监控高新收入占比、研发费用占比等，用合规管理对冲潜在风险。
归根结底，创新药BD税务的破局关键，是建立一套更贴近产业现实、更具确定性的规则体系。让政策与创新同频、让规则与实践匹配，才能真正支持创新成果转化，为生物医药产业发展提供稳定长效的税收环境。
