Look for any podcast host, guest or anyone
Showing episodes and shows of

NeuroRadio

Shows

NeuroRadioNeuroRadio#92 ResearchatKlecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、Researchat.fmのTadasu Nozaki (@tadasu443)さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録)Show Notes (番組HP):Researchat.fmKlecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds)ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtapositiontadasuの留学紀五十嵐さん回 1 2 3 4の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました 。ありがとうございました。(tds)安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds)Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&読み方分からなかった... (tds)NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds)ハンナグレイフェローシップ辞めるか否かコロンビアは謝ったけど結局予算止まっている永島さんラボStadtmanUMass Department of Biology … tadasuの就職先ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究2025-07-122h 57NeuroRadioNeuroRadio#91 Neuroscience needs behavior: towards pluralistic neuroscienceNYU Long/Buzsakiラボの、藤島悠貴さん(@yfujishima_) さんがゲスト。近況アップデート、最近出た唄うマウスの行動解析論文、Krakauerのオピニオン論文を元にした議論、など (6/15 収録)Show Notes (番組HP):Michael LongGyuri BuzsákiPaul GlimcherDmitriy AronoがHHMIとったAttila LosonczyAlex WilliumsFlatiron InstituteEero Simoncelliダグラス・ウェバーのコーヒーミルSimonsさん亡くなったSimonsのブリッジグラントが再編成されてFellow-to-Faculty (FtF)にTime warpingのメソッドInternational Brain Laboratory (IBL)Caleb Kemere唄うマウスの行動解析論文: Fujishima and Long, 2025（補足）サーマルカメラを直接SLEAPに突っ込む: 16bitで保存された生データに対し、背景除去などいくつかのヒューリスティックな前処理を行った上で、8bit動画に変換し、SLEAPに流しています。詳細はメソッド欄をご参照ください。（藤島）コスタリカでのフィールドリサーチティンバーゲンは、species-specific behaviorを、その種に特有の本能的な行動と定義しており、学習を必要とせず、生得的に備わっている（ただし、学習によって全く変化しないという意味ではない）定型化された行動パターン（action patterns）を指している。一連のパターン化された動きは、特定の外界刺激（releasing stimuli）によって“解放”（release）されることで引き起こされるとされている。また、これらの行動は外的刺激だけでなく、ホルモン状態などの内的要因にも影響を受ける。1951年に刊行された『The Study of Instinct』において、ティンバーゲンは自身の代表的なイトヨの研究をはじめとした具体例を通じて、これらの現象について詳述しており、この本は、1940〜50年代の英語圏において主流であった実験心理学、特にパブロフらの影響を受けた行動主義（内的状態に依拠せず、観察可能な行動のみを実験室で科学的に扱う立場）に対して、一種のアンチテーゼを提示するものとなった（らしい）。(藤島)歌い返すのにneocortex (orofacial motor cortex)が必要ということを示した論文 Arkarup Banerjee lab2wkだまるのcitation2025-07-052h 57NeuroRadioNeuroRadio#90 Discourse on the method of rightly conducting intelligence research — Part2Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、後編。釣り生活、SC (superior colliculus)での音表象の仕事、Allenに移ってからの仕事、LLMの発展による日々の仕事への影響、など  (6/20 収録)Show Notes(番組HP):Walmart なんでも売ってる全国チェーンのスーパー。銃も売ってる。Rockfish メバル(?)SCの音のspatial map論文 (Ito et al., 2020)頭部輸送(伝達)関数、Head-Related Transfer Function, HRTF音のタイミングの差で音源定位、トリは脳幹のディレイラインでやっているが、マウスはどうやら違う、というコメンタリ論文。 解説:バットなどの小さな哺乳類でInteraural Tining Difference (ITD)が定位に機能しないのはわかっていて、その外挿としてマウスもITDを使用しないだろうということは言われていました。2020の論文はITDがSCの Spatial RF および空間マップに寄与しないことを言っていて、behaviorの実験はしていないので、他の脳部位の活動にITDが寄与する可能性は排除しません。SCのマップに関してはマウスでの最初の論文になるのでそれに対してどの要素(ILD, ITD, Spectral)が影響しているかについても最初の報告となります。(伊藤)Tucker-Davis Technologies (TDT) マルチセンサリー論文SCのvision mapを崩すEph genetic manipulationモデルとその応用Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文去年出た伊藤さんのvisual-behaviorのcell-typeモデル解析論文Change detection taskMarinaのplatform paper、VIPのsurprise表象が主なfinding (気づけば最初のプレプリントから既に2年経っている)Stabilized supralinear network by Ken MillerAlexの同データセットをHMM-GLMで解析した論文MarinaのeLife (Visual Behavior部隊の1st Gen Flagship論文)Shohei Furutachiの論文、上記のplatform paperとコンセプトがやや被ったSimuationでマルチパッチと対をなす元データの一つ:EMでconnectivityを大規模に調べた仕事 (MICrONS)Billeh et al., 2020 元になったAntonのグループの大規模シュミレーション仕事の前作Scanzia2025-06-281h 35NeuroRadioNeuroRadio#89 Discourse on the method of rightly conducting intelligence research — Part1Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、前編。Allenの理論・計算部隊の実態、札幌での高校〜大学学部時代、インディアナ〜サンタクルズでの理論素粒子物理から実験神経科学への転身、科学哲学、など(6/20 収録)Show Notes(番組HP):SfN@SanDiegoは2013年でしたMindScopeChristoph KochCamplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文D3: Center for Data-Driven DiscoveryD3のDirector公募中Uygar Sümbül (はD3ではなくてAIBSであることに初めて気がついた)Stefan MihalasMichael BuiceAnton ArkhipovLearning mFISHMarina GarrettPeter Groblewski札幌南高校響け！ユーフォニアムソクラテスの弁明ソフィーの世界能をつかんとする人 from 徒然草(吉田兼好)2025-06-282h 07NeuroRadioNeuroRadio#88 Absolutely not absolute予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録)Show Notes (番組HP):渦中のハーバード(pdf)コロンビアのNIHグラント停止Hiring Freeze Announcementデモに参加したらビザ停止Stand Up For ScienceTwitterで告知2年ルールのWaiver濱崎さん回401(k)iDeCoReddit: Fire Flow Chart Version 4.3Reddit: 401(k) max vs mortgage payment三権分立の憲法への反映はアメリカが先五十嵐さん回 1 2 3 4NSFはFellowshipを出す数が半分にRedditに降臨２ちゃんに柳沢先生ご本人登場マウスも毛むくじゃらにのプレプリント狼復活論文紹介論文１：2025-04-172h 14NeuroRadioNeuroRadio#87 Pushing the limits of Drosophila – Part 2Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんNR回　前編非哺乳類モデル動物の臨床応用ハエの疾患モデル一覧パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein)ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山)アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42)自閉症モデルハエに関するReview 1 2 3ハエの求愛行動ハエの攻撃行動ハエのパーソナルスペースハエのグルーミングJulie Simpsonハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 2ハエのがんモデルでcachexiaが起こるハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリングハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 2 3ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状Indiana大学のBloomin2025-04-071h 20NeuroRadioNeuroRadio#86 Pushing the limits of Drosophila – Part 1Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんラボHP(更新が滞りがち) LinkedInベイラー医科大学動物育種繁殖学教室今川和彦先生着床現象は種特異的臍帯形成などに異常があるVps26a(Hβ58)の変異マウス 1 2Hugo BellenJan and Dan Duncan Neurological Research InstituteHugoによるレビューScott Emr武田洋幸先生多羽田哲也先生後藤聡先生Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5Gerry RubinAllan SpradlingThomas CechSeymour Benzer追悼記事 1 2Thomas Hunt Morgan2025-04-022h 26Researchat.fmResearchat.fm169. Bella Coola2024年あたりの話をしました。Shownotes 玉木さんが予言通り音源飛ばしたので、YouTubeから音源をサルベージしました。なので音質めちゃくちゃですがすいません。PCが飛んだので最後は会話の途中で終わっています。 そのお詫びではないですが、最初の部分をカットせずに出しました。 今回のエピソードは以前YouTubeで配信したものです … フォローよろしくお願いします。 ポッドキャストマナー … とは一体？ 社会的地位 … 以前と比べて google podcast … なくなってしまった bsky … まだ作ってません 東工大/TiTech … 東京科学大学、Science Tokyo 個人的には東工大の名前がなくなったのはとても悲しい。かっこいい名前だったのに (tadasu) neuroradio知ってますか？ … そら知ってるでしょ neuroradioにいじられる … いじってくれてありがとう SNSに出てる … YouTubeってSNS? mac mini … 新しいのが出たらしい。 停電 … 街の脆弱性 audio hijack 藤井聡太7冠 サル痘 wbcの音源　… 多分そのうち出る kindle … キンドル ナンシー関ベストコラム mixi2 … この収録の次の日にでた bsky … researchat作るべき？ Mastodon Threads Google+ ChatGPT … ちゃんとリサチャ聞いてない。みんなのコメばかり読んでる。 音圧 … このエピ、全然そろってねぇ… neuroradio … 最高のポッドキャスト！みんな聞くべき…!!! ポッドキャスト … ポッドキャスト最高！ AI論文 … “Design of highly functional genome editors by modeling the universe of CRISPR-Cas sequences” すごい論文だと思う。 AIにABCにされる … 不適切な言い方。ポッドキャストマナー講師が必要です。 広州香港 … tadasuが行ってきた。 ベラクーラ/Bella Coola … もうちょっと聞きたかった。 次の音源はベラクーラあたりの話からふたっりの音源だけでスタートしてみます。 Editorial Notes blrblrblr(coela) 2025年もがんばります！(再掲)(tadasu) blrblrblr(soh) 2025-02-2334 minNeuroRadioNeuroRadio#85 Prediction models新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes (番組HP): 抱負 イーロン・マスクはH-1Bに賛成 米国PhD持ちにはGC? バイデンがやってること J1 の2 years rule waiver おたより おたよりフォーム 前回のおたより回 佐野さんの回 小川誠二先生 ベル研究所 あの論文 1 2 松井さん 柳下さん Neuroでの北沢萩原シンポジウム 吉良さん Huberman Lab Podcast Night Science Podcast George回 Yanai アメリカでラボを持つことになったYukiさん 千歳さん回 Addgene Penn vector core の transfer UNCのvector core Kimberly Ritola 2025-01-131h 37NeuroRadioNeuroRadio#84 Synthetic developmental biologyUniversity of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes (番組HP): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ 日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文 かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー 留学先の所属ラボ：Jay Shendureラボ 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文 最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー JayのGestalt イベントのレコーディング シュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン 下流のBrachyury (T)という転写因子 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文 とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ ２ ３ 2025-01-073h 29NeuroRadioNeuroRadio#83 Emoハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録) Show Notes (番組HP): UW medのハーフマラソン 村上春樹のエッセイ 腸脛靭帯炎 ボストンマラソンのエントリー基準 Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます 萩) 萩原(暫定)おすすめデカフ1: Sightglass Coffee 萩原(暫定)おすすめデカフ2:Linea Coffee 宮脇おすすめKarma Coffee V60 手で押すタイプのエスプレッソマシン アーロンチェア Sayl Logitechの575 Mx Ergo S Logitech Lift エレコムのベアリングトラックボールマウス　日本では謎に高い NIH Armamentarium NatureでもBluesky移行の記事が出ていた Nikolas KaralisによるBluesky移行ガイド NeuroRadioのBlueskyアカウント American Football Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです  Hiatus Kaiyote - Red Room 2024-12-212h 38NeuroRadioNeuroRadio#82 The Art of Communicating鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes (番組HP): 菅野さん 個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース 鹿児島大学 人文社会学研究科 公認心理師 アカデミックグルーヴ本 から派生した法人 清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士 公認心理師と臨床心理士の違い 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻 田尾さん 国立大学の中期計画 3期 4期 文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ 半分co-メンター：田川さん 早稲田大学人間科学部 山元大輔先生 Satori遺伝子 山元先生達によるSatori関連の続報 2024-11-222h 24NeuroRadioNeuroRadio#81 Through the Wire研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes (番組HP): NotebookLM 元ラボのポスドクのTweeprintとNotebookLM のBioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事 に対するPeter Dayanの文章："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん 千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence2024-11-022h 58NeuroRadioNeuroRadio#80 Beyond a predictive machine古館さん(@ShoheiFurutachi) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes (番組HP): 古館さん 前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana WittenのCognitive Demand論文 茨城県の県立医療大学 パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚 千歳さん のNR回 河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男 五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov2024-10-202h 11NeuroRadioNeuroRadio#79 The Wizard of FzBroadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes (番組HP): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員） 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト） 理研　和光キャンパス　開拓研究本部 トークしたイベント 濡木先生 西増先生 井上梓先生 古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文 最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報 平野清一さんのIsrB構造論文 ゲノム編集で病気も治るようになってきた トマトでGABAを増やす 魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー） 合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg のHERMESイジり 2024-09-153h 17NeuroRadioNeuroRadio#78 It's all mental神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録) Show Notes (番組HP): 日本神経科学会奨励賞 一個下の後輩、村上さん 元ボス（大木先生、が授賞式に来ていた） 元ボス（アンドレアス、が裏枠でトークしていた）のシンポジウム Neuroscience Researchに出した論文 長谷川さんの前例 Andrew Holmes 北沢さんとのシンポジウム 北村さん 尾藤先生 Michael Greenberg のBrain Prize Lecture 後藤先生 五十嵐さんが言ってた回 今井さん が見つけてきたお店 長崎の平和会館 佐藤達雄さん Carandini 佐藤さん主催のサテライト企画 Greg Stuart 安田さん Letzkus et al. 2011 Kampa and Stuartの論文 田川さん 奥野さん 知覧特攻平和会館 虎に翼　NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩) 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて　 宮台真司先生　が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。　(萩) Jay Shendure NeuroTree George Churchのページ ボストンでもオーロラが見えた オーロラを観にこの温泉に行きたい (萩) Paperpile SigmaPlot 文献紹介パート： 文献１：Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior Alice Ting Yulong Li KORD 2024-09-031h 58NeuroRadioNeuroRadio#77 Timestamping academic life events onto podcast sequels – Part 3定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん(@kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録) Show Notes: 北沢さんラボ Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場) Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...) 北村貴司さん 北西祐貴さん (後藤研メンバー) Michael Greenberg御大 ERC さきがけ (PRESTO) LinのBiorxiv Lin のNpas4 Cell 2020 論文 Sheena Josselyn / Paul Frankland Sadegh Nabavi 伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179) DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting Greenbergの2014 (Malik et al.) Seattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022) Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立してKCl-IEG実験(Tyssowski2018)とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。 Chao Sun エリンシューマン Anna Klawonn 米原さん フィリッポ オーフス大学 BGI Greenberg Fos engram 論文 1, 2 Fens Kavli Network of Excellence Ryohei Yasuda Peter Scheiffele Yang Dan Ole Kiehn FENS2024 ウィーン  Alice Ting Brain Conference 古館さん いまスペ2024-07-191h 37NeuroRadioNeuroRadio#76 Getting Out of the Comfort ZoneUC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細はNeuro2024のセッションにて)、R01グラント審査の実際＆それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録) Show Notes (番組HP): 五十嵐さんラボ 五十嵐さん回 1 2,3 4 Richard Tsien Paul Glimcher Neuroeconomicsの教科書に結構影響をうけたので残念...(萩) Nicolas Tritsch この前Nature出てた 坂野先生 2020と2021に出た論文 尾藤先生＠Committee Chair Hannah Monyer 北村さん 最初の大学院生がPhDを取った Heechul Jun Jason Lee 横山先生(pdf) 山本先生 吉田豊さん 内田さん 加野真一さん 森下博文さん Attila Losonczy Hard money vs Soft money (pdf) ノルウェーのボス 学士院の賞 訴訟に関する記事 訂正：BrandeisではなくTufts 井上夫妻回 1 2 3 4 千歳さん回 五十嵐さんのジョブハントメモ Bonhoefferの論文 Earl Miller 五十嵐さん達のNeuro2024でのセッション 2024-07-143h 10NeuroRadioNeuroRadio#75 Dreaming of dreamsNorthwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん(@yutasenzai)さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録) Show Notes (完全版)： 千歳さんラボHP Scanziani lab Buzsaki lab 千歳さんに部屋を貸してもらった回 河野憲二先生 小川正先生 成宮周先生 古屋敷智之先生 Michela Gallagher Denis Pare ユーリ: ブザキのこと 藤澤先生 水関先生 Eran Stark OLM cell specificなCreライン PhD時代の論文その１：Mossy Cellの論文 DRD2-creでMossyがラベルできる、の論文 POMC-creでGCラベル、の論文 NeuroNexusのBuzsaki シリーズを含むカタログ(pdf) 電気生理的な特徴でGranuleを分離する、の論文 ”To our knowledge there are no electrophysiological characteristics with conclusively identify a neuron as a granule cell. In conclusion, it will be necessary in future work to use mode refined neurophysiological criteria combined with anatomical marking techniques for classification of dentate units.” B2B2BになったLosonczyの論文とKnierimの論文 PhD時代の論文その２：V1で層の特徴量を見つけた論文 Antonio Fernandez-Ruiz Shawn Olsenの論文 ポスドクでの仕事 SC-postrhinalを調べた論文 Mu-ming PooとYang DanのActivity recall論文 Adrien Peyrache の、REM睡眠中Head Directionシステム論文 Robert Wurtz による、サッケードを生み出す回路のレビュー Roger Nicoll Pontine waveとREM Gilles Laurent Reptileにおけるmidbrainのinterhemispheric competitionへの関与 井上夫妻のZoomミーティングに関するアドバイスの回　およびノート2024-07-022h 02NeuroRadioNeuroRadio#74 Letters to the editorTED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録) Show Notes (番組HP): 雑談パート Doudna TEDに出た 神経科学学会にDoudnaが来た U-Haul DeepL Write 2021のIntercalated cluster論文 ChatGPT Claude Nature系列がやってる校閲サービス Paperpile Tushy Totoの携帯用Washlet シュピューラー おたより紹介パート 押尾学 重要度と緊急度のマトリックス ビジネス書 論文は常に書いていくもの、の出典 を書いたGeorge Whiteside 岡本太郎的な Trachtenberg ScanzianiがNeuronに出した Yang DanからNature Mriganka SurからNature 加藤さん回 のChR構造論文 佐野さん回 あやかさん回 研エン 神谷先生 発火頻度のログノーマル分布 Alison Barthのやつ Toroidal回 GEVI回 Kilosort4論文 牧野さん回 サットン本 藤島さん回 2024-04-302h 18NeuroRadioNeuroRadio#73 The yellow light for RdLight健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録) Show Notes (番組HP): たち：白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど) コメント募集！のGoogle Form Querie.me 3年めのJ1ポスドクのタックスリターン IRSのExemption 記述その１ vs  記述その２ SPRINTAX ReturnsとCalculus 税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事 7000ドル追加徴税の回 日米租税条約第２０条廃止について：1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい？ JHUがまとめたフェローシップリスト NIHグラントのEligibility USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと Jetstreamの芯が国際規格に　６年前でした 宮脇が使っているLAMY の万年筆 Faber‐CastellのE-Motion all black 萩原さんが想定していたLAMYの万年筆　(サファリ) ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000 ペン回しの技一覧 さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。 ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。 文献紹介パート 一報目：Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA Arc Institute Patrick Hsu Silvana Konermann 西増先生 マイクロスケール熱泳動 Evo 二報目：Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’ Nicolas Tritsch Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation Frenemy Bernardo Sabatini とTritschのb2b nat2024-03-262h 39NeuroRadioNeuroRadio#72 Collaborative professionalism in neuroscience北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録) Show Notes (完全版): 大久保さん個人HP 吉良さん@Chris Harvey Lab 計数工学科 Michael Fee lab FeeラボでのNature論文 の日本語版解説 FeeラボでのNeuron論文 の日本語版解説 Rachel Wilson lab Neuron論文 Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML) パターン認識の教科書の表紙 Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。 Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul Patricia Churchland Mark Churchland Anne Churchland Terrence Sejnowski The Computational Brain Dmitriy AronovのScience論文（HVC破壊してもSubsongは残る） COSYNE Temperatureのやつ 鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文 親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動 Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める Genetic Dissectionのレビュー論文 2008 Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010 ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降（ここ10年）解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。 麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事 並木さんの下降性ニューロンの仕事 実際split-Gal4作りがうまくいくと（２つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると）、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニ2024-02-202h 42NeuroRadioNeuroRadio#71 My Favorite Things 2023新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録) Show Notes (番組HP): 震災関連の寄付窓口まとめ 最近のエピソード 〇〇を救いたい NeuroRadioへのお便りフォーム Querie Tips 研エンさん の、おたよりフォーム Overleaf DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事 Science Advancesにのったやつ について扱ったNeuroRadio回 ニコラス就職 K99/R00 去年の年始回 2023年宮脇お気に入りアルバム 10選 Favorite Album 2023まとめツイート Sufjan StevensのJavelin Illinois Apple Music Spotify Call Me By Your Nameで使われてた歌 ギランバレーになった 10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP) Flirt Heba Kadry YMOのAbsolute Ego Dance Jbal Rrsas 9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol Menos Joao Gilberto Stan Getz Nara Leao 8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify Late Night Drive Hyperdub Lucy Railton James Underwood Ryoji Ikeda Alva Noto 7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth Bucket2024-01-182h 11NeuroRadioNeuroRadio#70 Transmission有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録) Show Notes (番組HP): 雑談パート グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議 齋藤さんNR回 1 2 使った発表資料(pdf) Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf) ヴィースのHow We Work ヴィースのしくみに関する記事 Business Development人材のリスト Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendure David Baker Rui Costa 浜崎さん 林さん 浜崎さんの歴史的な仕事 コンデンサマイク vs ダイナミックマイク Blue Yeti Brooks Brothers破産 今年のBlack Fridayはそんなに良くない？：10月からの割引が結構あったという話らしい？ Shure MV7 Shure SM58 Shure Beta 87A イアンの回 昔の北沢さん回 MOTU M2 Shure SM7B (Geforce RTX) 3090 Neumann U87 Ai U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用 Jeremiah Cohen UWのEric Shea-Brown 豊泉さん Stefan Mihalas MindScope終了 Shaul Druckmann2023-12-192h 52XPLANE podcastXPLANE podcastEpisode 51-4 「XPLANE Podcast × NeuroRadio (4/4) 〜NeuroRadio談義」NeuroRadioのパーソナリティのお二人をゲストにお迎えした特別コラボ回。最後のエピソードでは、NeuroRadio発足の経緯、神経科学で一番アツいトピックは？、目標にしている研究者像、留学希望者へのメッセージについて伺います。（注）4:30-18:30辺りは神経科学分野の専門的な話が中心になります。システムニューロサイエンスの分野では技術革新が大きく、これからは新しい技術を使って脳の理解の解像度を上げていく作業に入っていく段階である。それに対して、ヒトの認知心理学では技術革新がシステムの分野ほどなく、脳の働きに関する理論の発展に注力していくのではないか、という話をしています。また、話の中に登場する専門用語の説明は以下の通りです。 AlphaFold：DeepMind社が開発したタンパク質構造予測のAI Neuropixels：神経細胞の活動を大規模で記録できるシリコン製の電極。最近人への応用も始まっている。 クロニック（chronic）：電極などを脳内に長期的に埋め込むこと LEC（lateral entorhinal cortex）：外側嗅内皮質。場所や記憶の情報を海馬に処理している脳部位。 neural correlates：認知機能に対応する神経活動 fMRI：磁気共鳴機能画像法。脳活動をイメージングする手法。 reproducibility crisis：再現性の危機。 Bonferroni：統計の多重比較検定の補正の手法の一つ。 Spectro-temporal modulation: 音の時間周波数的な変動。 NeuroRadio: https://neuroradio.tokyoパーソナリティ：しゅう／マクマスター大学博士課程ようたろう／ジョンズホプキンス大学博士課程ゲスト：はぎはらさん／Allen Institute＠北米シアトルみやわきさん／Wyss Institute＠北米ボストン収録日：2023/10/7お便りはこちらまで：https://forms.gle/HwRnrGhGXcmV3njS6X(旧Twitter)：@XPLANE_RYUGAKU 2023-12-1029 minXPLANE podcastXPLANE podcastEpisode 51-3 「XPLANE Podcast × NeuroRadio (3/4) 〜海外ポスドクライフ」NeuroRadioのパーソナリティのお二人をゲストにお迎えした特別コラボ回続編。3回目のエピソードでは、ゲストのお二方のポスドク生活にまつわる話題を中心に、神経科学分野の研究コミュニティや研究業界の繋がりを把握するためのコツ等についてお届けします。 NeuroRadio: https://neuroradio.tokyo  パーソナリティ：  しゅう／マクマスター大学博士課程  ようたろう／ジョンズホプキンス大学博士課程  ゲスト： はぎはらさん／Allen Institute＠北米シアトル みやわきさん／Wyss Institute＠北米ボストン  収録日：2023/10/7  お便りはこちらまで：https://forms.gle/HwRnrGhGXcmV3njS6 X(旧Twitter)：@XPLANE_RYUGAKU2023-12-0232 minNeuroRadioNeuroRadio#69 PhD programme at the CentreUniversity College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim)  ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録) Show Notes (番組HP): 中野さん 黒田さん Optical BiologyのPhDプログラム SWCのPhDプログラム Tom Mrsic-Flogelラボ Tim Behrensラボ 1 2 Lucy (Rotten Tomatoes) 黒田さんがラマンをやっていたところ USMLE 水島研 大木研 Elective Clerkship（エレクラ）体験談いろいろ Matteo Carandini Kenneth Harris Cortex lab Isaac Bianco Florian Engert Andreas Shaefer クリック研究所のNeuroscience King’s College London Jeffrey Erlich Carlos Brody Athena Akrami LabVIEW Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン) PyBpod (全然メンテされてなくて微妙) Bonsai Harp Gonçalo Guioma Allen が引き抜いたBruno Cruz の論文とか Ivan Voitov Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力) Aruduino Maxime Rio IBL IBLのHarpによるBehavior control Champalimaud (IBLの出資元) SLM (Spatial Light Modulator) 解説 Michael Häusser Ada2023-11-302h 16XPLANE podcastXPLANE podcastEpisode 51-2 「XPLANE Podcast × NeuroRadio (2/4) 〜研究室の選び方とその後の研究について」NeuroRadioのパーソナリティのお二人をゲストにお迎えした特別コラボ回続編。2回目のエピソードでは、ゲストのお二方の研究室の選び方、それぞれの研究内容、そして指導教官とのコミュニケーションにまつわる大学院時代のエピソードをお届けします。 NeuroRadio: https://neuroradio.tokyo パーソナリティ： しゅう／マクマスター大学博士課程 ようたろう／ジョンズホプキンス大学博士課程 ゲスト： はぎはらさん／Allen Institute＠北米シアトル みやわきさん／Wyss Institute＠北米ボストン 収録日：2023/10/7 お便りはこちらまで：https://forms.gle/HwRnrGhGXcmV3njS6 Twitter：@XPLANE_RYUGAKU2023-11-2532 minNeuroRadioNeuroRadio#68 Foraging under the SunUF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori,  gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など（11/10 収録） Show Notes (番組HP) 服部ラボHP 服部さん過去NR回 最近のMetaRL論文 DEA：麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ) 服部ラボ求人広告 Florida Atlantic University のHonor college（FAUの成績優秀者が通うキャンパス）がUF Scrippsの隣にある U-HAUL 大手引っ越し業者 U-box 2P-RAM Diesel2p First Author の Che-Hang Yu INSS Bruno Pichler COSYS Spencer Smith さん達の会社 フロリダの魚 数回落ちてる過去出演者 SFARIのエリジビリティ 小宮山先生 最初のCell Ken Harrisの nonsense correlation PatchWarp 論文 Community Review (今はMulti-Journal Submission) Heliyon　確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部 Cell Reportsシリーズ：一応Cell Reports（生物学的発見）でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部 これより前のNeuron論文 Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learning UC バークレーのグループによるもの A2C Jeremiah Cohen Yasuda先生のラボ が開発したpaAIP2 サットン本 Deisseroth のOFC論文 StuberのOFC論文 JeremiahのNeuron論文 (Bari et al) JeremiahのbioRxiv論文 SfNのDeisserothラボ左右Foraging David S2023-11-221h 44XPLANE podcastXPLANE podcastEpisode 51-1 「XPLANE Podcast × NeuroRadio (1/4) 〜神経科学の世界へようこそ」Episode 51では、神経科学分野の大人気Podcast channel 「NeuroRadio」のパーソナリティのお二人をゲストにお迎えした特別コラボ回を配信します。初回のエピソードでは、ゲストのお二人が神経科学分野に興味を抱いたきっかけから大学生活までの道のりに関するお話を伺います。 NeuroRadio: https://neuroradio.tokyo ☆用語解説☆ カンデル：脳科学・神経科学に関する専門書『カンデル神経科学』の略称。 パーソナリティ： しゅう／マクマスター大学博士課程 ようたろう／ジョンズホプキンス大学博士課程 ゲスト： はぎはらさん／Allen Institute＠北米シアトル みやわきさん／Wyss Institute＠北米ボストン 収録日：2023/10/7 お便りはこちらまで：https://forms.gle/HwRnrGhGXcmV3njS6 Twitter：@XPLANE_RYUGAKU 2023-11-1822 minNeuroRadioNeuroRadio#67 You've come a long wayLake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録) Show Notes (番組HP): Lake Conferences トゥーンでの開催 ASCONA Pico Caroni Silvia Arber Rainer Friedrich 元ボス ゲオルグ Rui Costa DeepLabCutのMathis Brain Behavior Observatory (BBO) IBL Enhancer-AAV その１ その２ その３ 千歳さん 第一回論文紹介 SfNでの発表 トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう 脇 エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブ  ムシモルじゃなくてNMDA lesionでした 萩 エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅い Leutgebのレビュー NR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう 脇 Ilana Witten AndreasラボのCTA論文 Zimmermanさん Scott Sternson Yuki Oka Zachary Knight 一番搾りの写真 五十嵐さん 吉良さん Hide Inagaki氏 Rajesh Raoさん Predictive Codingの伝説的なNN論文 古館さん回 1 2 Arisの論文　2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇 DJ Club 新築の建物 Dissect Podcast In Rainbows2023-10-212h 42NeuroRadioNeuroRadio#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活１年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録) Show Notes (番組HP): 北沢さんラボ 北沢さん過去エピソード 1 2 3 神経科学学会2023 FMIでの仕事 新潟の脳研 とのシンポジウムで帰った時の写真 DANDRITE 竹内さん 米原さん 三國さん 佐藤大祐さん 蚊のラボ(熱帯医学講座) Sadegh Nabavi 最近のスイスの滞在許可の言語要件 北沢ラボ研究テーマ：vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろう スナップショットを越えようとする例。その１　その２　その３　その４ Erin Schuman Chao Sun Chao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージング Brain Prize 2023 Michael Greenberg Erin Schumanの歴史  Npas4は両方やってそう これですか？ Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかも Bito先生あたりで一度言われていた Thomas Kim Seth Blackshaw Sageghが出してた Frontier Molecular Brain 2023-10-142h 58NeuroRadioNeuroRadio#65 Dual-career PIs in St. LouisWashington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん（@feynman1104）と井上清香さん（@s_k_inoue）がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど（9/5 収録） Show Notes (番組HP): ジョブハント編 アメリカでPIになる: 井上さんによる就活日記。これを開きつつ聴くのを推奨 井上さんNR過去出演回 1 2 3 尾藤研 Deisseroth lab（D-lab） 昌俊さん過去の仕事 森憲作先生 Nirao Shah lab 清香さん過去の仕事 WashU, Radiology, Biophotonics Research Center WashU, Psychiatry Rent vs Buy 苅郷さん（NR出演回は上述の過去出演回３） 加藤さん のNR出演回 ChRmine論文 R1大学 全米大学協会 言い忘れてましたが、主にMSTPプログラムがあるところに応募しました オススメ日本の就活YouTubeビデオ：コレやアレ (注)あくまでも息抜きに見てください。 オススメ英語の話し方YouTubeビデオ：この方のチャンネルは、アメリカでのキャリアディベロップメントに役立つスキルが沢山学べます。(清) 2nd authorになってるやつ HarvardでAffirmative actionが違法に StanfordのDEI関連ポスドクコミュニティ NeuroMatch Academy　 Stanfordで教育の活動、BioBuds：自分の研究について1コマ喋ることができる、シラバスにも載っているプログラムがあります。(清) Bay area近辺の小学校に行っていた活動：SiE Stanford, 中学校でやるやつの募集：Stanford Brain Day Talia Lerner Taliaのtips 内規、例えばコレとか2023-09-283h 02NeuroRadioNeuroRadio#64 Foraging for the SunUF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori,  gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など（8/27 収録） Show Notes (番組HP): 服部さんGoogle Scholar UF Scripps Institute Neuroscience Department HP Takao Hensch lab Takaki Komiyama lab FビザのOPT 坂野仁先生インタビュー 中島さんNR回 Venkatesh Murthy Catherine Dulac Nadine Gogolla Armenise: ハーバード医学校の神経科学のラボが多く入ってる 森下さん Tania Barkat bioRxivになっているCross Modality その１ その２ Uchida先生 Daniel Polley Adam Kepecs 牧野さん のNN論文 Simon Chen のNN論文 2017 Nature Communications, Eun Jung Hwang et al 最初に出しているInhibitory Neuronに関するレビュー論文 小宮山ラボでのCell 2019論文 牧野さんが最後の方にやってた課題 Schnitzer研のCrystal Skull 服部さんの手術法論文  ガラスを曲げていない分、ガラス窓はSchnitzer研のものより小さいです by 服部 サットン本 基礎は本で勉強（例１、２、３、４） PatchWarp論文 牧野さんのNRインタビュー 2023-09-232h 20NeuroRadioNeuroRadio#63 Beyond predictions - Part 2古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP＋LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など（9/2 収録） Show Notes (番組HP): 予測誤差タスク時のV1神経回路活動に関する最新プレプリント　SWCのブログ記事 予測符号化に関するKellerとMrsic-Flogelのレビュー Kellerのnn 2016 Tian et al. Tirin Moore Robert Wurtz LatencyによるAttentionがかかる議論の具体例1 (by Wurtz) と例2 (by Desimone) Floris de Lange はPrediction-ErrorはHigherだって言っている Alex Attinger Lisa Giocomo Uchida lab Kim et al., Cell 2020 Sensory Prediction Errorの際のReceptive field を見る（ArisじゃなくてPowelでした） Oddball 課題 Marinaのタスクでもオフレスポンスを見ていた (Cortical top-downはL1aとb両方でした by 古)  Randy Bruno  の仕事 あとBurkhalterのL1 inputsのsegregation論文もありますね。(古) Alison Barth の仕事 Carl Petersen の仕事 Rabiesの仕事 SST44, Chris Harveyのヤツ Nuno Macarico da Costa AllenのEM, VIPは一部のSOMにしかいってない Scanzianiのスライスのデータ（Inhibition of inhibition, nn） Marina Garrett の論文がNatureに送られた Crick Institute OxfordのDPAG (Department of Physiology, Anatomy & Genetics) Bob Datta ロブションのマッシュポテトのレシピ 2023-09-092h 35NeuroRadioNeuroRadio#62 Beyond predictions - Part 1Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI（TomとSonja）のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました（9/2 収録） Show Notes (番組HP): 古館さん Prediction-Errorに関する最新プレプリント Tomラボ Sonjaラボ バイオステーションポッドキャスト 続編 (先にこちらから聴くことを推奨) Jan Gründemann 長谷川さん Thalamusやってる Rippleとか David Foster的な Tim Behrens的な Loren Frank的な Sam Gershman Matthew Botvinick Kim Stachenfeld　 の仕事 Nelson Spruston Mesoscope (2P-RAM)でとった仕事 動画 NeuroPixels 2.0 の 4-shank Grosmark + Losonczy 対側でLFP記録 VRだとPlace Cellが疎になる Ivan Voitov の論文 Hippocampus Book 坂野仁先生インタビュー　「天が己をして何をなさしめんとしているか」にはシビれます (古) AxelがやってるOlfactionのNovelty Coding Georg Keller のPrediction Error (Fiser et al., 2016) MorganeがやってたPulvinar 後藤先生 喜田先生 北沢さん NR回 1 2 3 齋藤さんNR回12023-09-091h 45NeuroRadioNeuroRadio#61 August Green一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム？、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録) Show Notes (番組HP): オフ会：#NeuroRadioオフ会 検査のspecificityと言ってしまってますが、陽性的中率が正しい Hoteling desk HHKB 白/無刻印 Grubhub: ウーバーイーツみたいなもの マイナスのチップ AwatramaniとDombeckのドパミンサブタイプ論文 in NN のプレプリント版を読んだNR回 Sabatini (弟) のN Nicolas TritschのN 論文紹介パート その１：Magnetic control of GFP-like fluorescent proteins Calico Maria Ingaramo Andrew York リボフラビン、FAD、FMN FlavinTag 鳥の磁場感知 by ErCRY4 磁場感知のラジカル仮説 Magnetogenetics使えるとか使えないとか Adam Cohenの磁場感受性小分子 Snouty その２：Ocular dominance columns in mouse visual cortex Max Planck Institute for Biological Intelligence, Martinsried, Germany Hübener Bonhoeffer Amiram Grinvald 猫カラムIntrinsic Imaging BonhoefferのPinwheel論文 二光子イメージングでPinwheel 大木先生2006N Mrsic-Flogelの2007 Neuron 2005年の大木先生の仕事 2005年Callosal projection neuron @ Binocular Region に Ocular dominance column?2015年を言い間違えました 萩 Olavarria Category representationがPFCにある Nature, NN Georg Keller Tobias Rose2023-09-021h 55NeuroRadioNeuroRadio#60 Minds Meet Weeds - Part 2登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録) Show Notes (番組HP): 青葉市子 その１ その２ その３ その４ ユザーンとのコラボ コーネリアスと坂本慎太郎とのコラボ ユザーンと環ROYと鎮座ドープネスのコラボ STUTS w/ 松たか子 PUMPEE Cell Typeについて議論したNR中島さん回 ドーナツが浮いてるマップ Single Action Potentialをdetectするマウス Medullaのdissection by Jean Legallois その１ その２ pre-Bötzingerの同定 Cell TypeとCell Stateの違い in 植物 例えば細胞周期 葉っぱの表と裏でEpidermisのマーカー遺伝子が違う 隣の所長(Hong-kui Zeng)が書いたレビュー U WashのJay Shendure が書いたCell Type分類やめようのパースペクティブ Jay ShendureがChurch研で出した仕事 その１ その２ その３ その４ Combinatorial indexingのscRNA seq（プレートベース、sci-RNA-seq）その１ その２ その３ リネージトレーシング（ゲシュタルト） Alex Schier (今はBasel Biozentrum所長)  のゲシュタルト応用 (ZebraでDevelopmentalな情報も載せたトランスクリプトーム) その1 その2 マウスは無理では、と口走ってますが、それこそJay Shendureがそのうちやってしまいそう... 転写因子が細胞間を移動して根の分化を促す その１ その２ In vi2023-07-181h 36NeuroRadioNeuroRadio#59 Minds Meet Weeds - Part 1Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録) Show Notes (番組HP): 登さんHP NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5 Eckerラボ オンライントーク その１ その２ その３ (おすすめby登) 津田ラボ（現華中農業大学大学） 津田先生 放射線植物生理学研究室 セシウム蓄積に関する研究 その１ その２ その３ フランス政府の給費留学 留学したフランス原子力庁のラボ Max-Planck Institute for Plant Breeding Research Köln (Cologne) ケルシュ PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版 登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2 IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了) 根腐病 PhD三部作その２：Multi-omics版 PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い 野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション 植物と動物のマイクロバイオーム 鉄（栄養）を使った免疫 葉っぱは疎 細胞壁 III型分泌装置 植物の共生 EMBOの新米PI用ワークショップ Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017 ポスドク応募時に書いたメールについて 脳メチローム その１ その２2023-07-112h 46NeuroRadioNeuroRadio#58 Not necessarily necessaryラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録) Show Notes (番組HP): Jimさん BICCNのNatureの1st AWSのS3 Code Ocean DataJoint Andreas Tolias DeepLabCutのMathisのとこ Data Joint使ってるラボ一覧 Logitech MX Master 3S LogitechのVertical MacのMagic Mouse TrackPad 40%のErgoのキーボード、Cornelius (一体型) Rebuild.fmの人も40% (Atreus) について話した回 セパレートのやつ(Corne) 今使ってる75% Keychron K2 Pro 60%配列、たとえばPolaris Appleの指紋認証キーボード (Magic Keyboard with Touch ID) 青軸、茶軸、赤軸 ８月頭の日本の神経科学会 論文紹介パート 論文１：Strong ubiquitous micro-promoters for recombinant adeno-associated viral vectors ITRにもプロモーター活性がある degradationのターゲットになったりする CaMK2aプロモーターの長さによる違い 論文２：Primate-conserved carbonic anhydrase IV and murine-restricted LY6C1 enable blood-brain barrier crossing by engineered viral vectors LY6C1について指向進化したプレプリント from Devermanラボ AAV-F AAV9Pシリーズ 肝臓のdetargetingをEngineeringでやった仕事 (CAPシリーズ) M-CREATE AlphaFold-Multimer APPRAISE-AAVのプレプリント 論文３：A non-image-forming visual circuit mediates the innate fear of heights 2023-06-302h 02NeuroRadioNeuroRadio#57 Voltage imaging: a “holy grail” of neurosciencePieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速２光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録) Show Notes (完全版)： Allen Institute for Neural Dynamics の SAC クラカウア―のアンチreductionistペーパー 題材とした論文：High-speed low-light in vivo two-photon voltage imaging of large neuronal populations Vincent Pieribone Jerry Chenラボ GEVIパート 黎明期のプローブ FlaSh (Siegel and Isacoff 1997) SPARC (Ataka and Pieribone 2002) VSFP1 from Knopfelラボ (Sakai et al.)   ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくいという問題があり、使いづらかった。 GEVI開発で気を付ける点は以下（St-Pierreによるレビュー⁠を参照） 細胞質ではなく膜上にセンサー分子がある局在する必要があるため、センサーのTraffickingが良く無ければいけない 膜状にしか存在できないため、利用可能なセンサー分子の数が少ない。暗いし、SN比の要求が高い 上の問題に付随して、照射強度を強くする必要があるため、褪色が速い 脱分極に対して蛍光が増えるか減るか 二光子励起ができるか 2005年に岡村先生が報告したホヤ(Ci)由来の電位依存ホスファターゼ（VSP）の電位感受ドメイン（VSD）は膜移行性が良く、これを用いたプローブが2007年から出てきた。また、2011年にはロドプシンが電位依存的に蛍光を変化させるタンパク質として使えることが報告された。現在では、この２つの電位センシングモチーフが主に使われている。 1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列 1-1: VSDの末端に２つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ VSFP2 Mermaid VSFP-Butterfly 1.2 Mermaid2と2β ただしkinetics遅め 1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ（特にpHluorine改変体） ArcLight ArcLightメカニズム論文  Marina 正の方向への変化 VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。 1-3: VSDの細胞外ループにcpGFPを挿入するタイプ ASAP1  from Michael Linラボ, NN 2014。Francois St-Pierreが筆頭。VSDベースでキネティクスが良いモノを作るのが目標。VSDは4回膜貫通型タンパク質であるが、そのHelix３-４間のextracellular loop のうち、A147-T148の間) に円循環変異を施したsfGFP-OPTを入れる。 ASAP2s ASAP2f ASAP3 ASAP4 正の方向への変化 JEDI-2P2023-05-244h 11NeuroRadioNeuroRadio#56 Formerly a battle-field postdoc理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ＠ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録) Show Notes: 田坂元一さん 最近の子育て学習におけるSMT→OFC→VTA回路の働きを報告したプレプリント 宮道ラボ 戦場ポスドク – エルサレム通信 掲載号 根岸ラボ紹介 Adi Mizrahiラボ コペンハーゲンのFENS 2016 遭遇したテロ  Small GTPaseの軸索伸張に対する影響を調べた大学院でのお仕事 Carl Petersen lab KomiyamaさんのNature Paper Georg Keller, Mismatch Neuronの発見 Awakeのin vivo targeted patch clamp recording from Petersenラボ Johannes  LetzkusのDisinhibition論文 Patrick Kanold lab (現JHU) 2010 Nat Neuroのb2b, Patrick Kanold と Adi Mizrahi Andrew King Kerry Walker 2011のAdiの所からNeuronに出たPupの匂いを嗅いだらAuditoryのTuningが変わる、の論文(Lior Cohen et al.) Rob Froemkeラボ STDPの仕事 Bianca Jones (Marline) ラボ のFroemkeラボでの仕事 DukeのLarry Katz Obituaryその１　その２ Israel (Eli) Nelken ラボ Mickey Londonラボ Michael Hausserラボ Ami Citri ラボ Robert Malenka Inbal Golshen ラボ Liqun Luoラボ 2013年に出たAdiの仕事 in Liqunラボ 初期のTRAP論文 Howard HughesのCollaborative Grant Karl Deisserothラボ Ed Callawayラボ 2018年のAdiラボでの一発目の仕事 TBのマウス： Cre依存的にCAGプロモータの制御下で発現するtTA(T)とhistone-BFP-myc (B)をH11という遺伝子座に入れたマウス セカンドの2023-05-132h 25NeuroRadioNeuroRadio#55 And Your Mouse Can SingNYUでResearch Associate, 秋から米国PhDコースの藤島悠貴さん(@yfujishima_) がゲスト。RA応募時のこと、現在行っているSinging Mouseの研究、PhDアプリケーション全敗から２年間のRAを経てオファー大量獲得へと至った経緯、思考プロセス、得たノウハウ等を伺いました (4/5収録) Show Notes: 藤島さんHP PhDアプリケーションについてのブログ記事 by 藤島さん RAアプリケーションのブログ記事 by 藤島さん Michael Longラボ Darcy Kellyラボ NYUのRAプログラム Max Planck FloridaのRAプログラム Kevin Spencer Joseph LeDouxの本, 例えばThe Emotioal Brain GREいらなくね？の記事 Alston’s Singing Mouse (Scotinomys teguina) の解説 Michale Fee ラボ 2019年に出た始めてのSinging Mouse論文 (pdf) UT AustinのSteven Phelps 鳥の歌学習過程における神経シークエンス変化を追った論文 Deer mice の歌についての論文 ダウンスイープで歌う…の動画 表紙になってた 去年の一月に出た、人間の会話メカニズムについての論文 MikeはZebra FinchのMotor Productionに興味がある: Publication listはこちら OMC V5 における歌表象プレプリント  (収録の時言葉足らずになってしまいましたが、songの一つ一つのnoteに併せてmodulateされてるunitはほとんどなく(一部あるのはsensory feedbackぽい)、songの長さで調整してみてやるとtrialごとに揃っていることから(それぞれのunitのfiring patternは多様(Fig.4))、noteではなくてsong全体を操っているのではないかということで、そういうmodelingをすると、2019年論文でやったcoolingでの結果も併せてpredictできたよということでした。coolingで脳活動を遅くしてあげると、曲の長さが伸びますが、そのときnoteの長さが伸びるのではなくて、曲の伸びた分より多くのnoteで埋められます by 藤島さん) Arkarup Banerjee lab at CSHL Dmitriy Aronov の 論文 Dmitriy Aronov lab Buzsaki lab DmitriyのCaching論文, 例えばこれ Andreas Bendensky lab Hopi Hoekstra lab Betta Fish の仕事、例えばコレ New York, New York SoP (Statement of Purpose): アプリケーションの時に使うエッセイのこと Bence Ölveczky lab Richard Axel Vikram Gadagkar lab Jesse Goldberg lab Charles Zuker lab2023-04-153h 18NeuroRadioNeuroRadio#54 It takes two納税フラグ回収、同僚とのバックカントリー、Ben Barres自伝、フリーアドレスについて雑談。論文紹介は、学習時の場所表象変化、Disynaptic specificity、ConVERGD、非モデル生物Caイメージング、発達期の心臓の相転移、など (2/25収録) Show Notes: AIBSのイメージングディレクター、Jack Waters Kaspar Podgorski iGluSnFr3 カスパーのブログ 滑落はニュースにもなってる 友人の友人が紹介してたブログ記事 １報目：The formation of an expanding memory representation in the hippocampus Adam CohenのところでAll-optical physiology ２報目：Disynaptic specificity of serial information flow for conditioned fear Stuberとか Kay Tyeがやり始めた”projection target specificity”の流れ 萩原さんによるTweetrial MiyamichiさんがLuoラボで立ち上げてたTRIO 2015年(?)のPAG論文 (すんません2016年です) CeAのCRF/SSTのFlight/Freezing論文 (すんません2017年です) David Andersonラボと出したPKC-δ論文 CAR論文 CAVとHSVを混ぜた系。なんか片方だとpreの細胞の場所が偏るとかよくわからないトロピズムがあって混ぜたということらしいです。 Nikolas Karalis 米原さんのGCaMP6sの初出 ３報目：A Novel Single Vector Intersectional AAV Strategy for Interrogating Cellular Diversity and Brain Function AllenによるLCのin vivoキャラクタライゼーションpreprint 波形で２種類あるのは分かっていた ４報目：Cortical activity emerges in region-specific patterns during early brain development in pouch エレポはメソッド論文が先に出ていた ５報目：Functional organization of visual responses in the octopus optic lobe ブタ2P論文 ６報目：A bioelectrical phase transition patterns the first beats of a vertebrate heart イジケビッチ本：Dynamical Systems in Neuroscience (PDF) Editorial Notes: どうも最近記憶してるreferenceの年が1-2年ズレる。単に歳なのか、paperpileが便利すぎて文献整理に記憶を必要としなくなっているからなのか(萩原) イカ養殖手法開発がBSIディレクター就任に繋がるとは(脇) 2023-03-083h 00NeuroRadioNeuroRadio#53 Understanding by creating is all you needシンガポール、南洋理工大学の牧野さん(@Hiroshi_Makino_)がゲスト。UCSD交換留学、CSHLでのPhD時代とUCSDでのポスドク時代、シンガポールの研究環境、独立後に行っているAIと脳の表象比較研究について伺いました（2/14収録） Show Notes 牧野ラボ (Fred) Gage ラボ＠Salk Rusty: Fred Gageのこと 田代ラボ Roberto Malinowラボ Krishna Shenoy PhD時代の仕事１ PhD時代の仕事２ Komiyamaラボ Yang Danラボ 小宮山さんラボでの１報目 Top-downコントロール from Yang Danラボ 小宮山さんが始めたAwakeでの記録 小宮山さんのとこでの２報目の仕事 Chris Niellラボ が始めた仕事 DeepMindが出したDQN論文 Demis Hassabis UC Berkeley のコース YouTubeで見れる 単著論文（直近の方） 前の論文（独立後一報め） 人間でDQNとfMRIのシグナルを比べた論文＠Neuron Soft Actor Critic A2CとPPO Softmax解説 Temperature解説 強化学習におけるランダムネスの導入方法についての解説（ε-greedy, SARSA, Q-learning） Sutton & Barto本 Transformer 論文 30分で完全理解するTransformerの世界 Transformerの表現学習と海馬における外界表象を比較した論文 Timothy Behrens マーの三段階：Marr, D. (1982). Vision: A computational approach. 日本語解説 Editorial Notes 収録ではこちらもいろいろ学ぶこともあり、こういう機会を設けていただいた二人にはとても感謝しています。優秀な人達と議論するのは楽しいことだと改めて思いました。拙い日本語の説明で申し訳ありませんが、なんとなくでも自分達が目指している方向性などが共有できたのであれば幸いです。日本の大学や研究所ともっと連携していけたらと思っているので、気軽にメッセージ下さい。大学生や大学院生も大歓迎です。（牧野） (リスクとって)新しいことをやり続けて行きたいなー、もっと勉強せんとなーと思わされる収録でした。最近はexploitationの比重が高くなってしまっていてよくないっす。 ゴルフ、ちなみにベストはパープレイ(72)で、シングル手前まで行きました。（萩原） AI研究の主体は大学院生だから…のくだりに励まされました（宮脇） 2023-02-252h 50NeuroRadioNeuroRadio#52 My Favorite Things新年のんびり雑談回。一時帰国の時に行きたい店、アメリカ来てから買ってよかったもの紹介、グリーンカード申請の様子、タックスリターンの混乱など。(1/20収録) Show Notes: Rebuildの缶の音の回 (引き続きここで詳細が議論されている笑) ルスツ学会 Francesco Ferraguti Lab Csicsvari オーストリアだけどクロスターノイブルクでした 雪崩講習会(日本雪崩捜索救助協議会) えびそば一幻 北菓楼【きたかろう】 だし茶漬け えん 成田店 (臨時休業中)  ミンガスコーヒー (札幌・大通り) 混んでる時は6Fにある系列店のローチロースターに行くといいです。なぜか混んでなく、こちらは豆売りもしてる La Cuisine de KAWAMURA (旧グリル・カワムラ) (福岡・薬院) 季節ごとにメニューが変わるので福岡に住んでたら年4回行きたいお店。基本なんでも大変美味しく、冬の厚岸の牡蠣、夏にデザートで出る桃とクローブのスープ等、忘れられない皿が幾つも。スペシャリテの山芋フォアグラ・マデイラソースも絶品なので是非 田奈部 にしん蕎麦と焼き味噌をよく頂きました 釜竹 うどん、酒肴、日本酒ぜんぶ美味しい 旧こくわがた 鶏天HG 臥龍 肉麺が好物ですが鶏だけの麺も美味しい Athletic Brewing 定番ラインでおすすめはRun Wild、スッキリ系IPA。ご飯食べてる時はUpside Downが合わせやすくてよいです Trillium Brewing ボストンの道の名前がついてるIPAがオススメ Tree House Brewing Julius, Green, Hazeなど ノンアルビールレビューのnote BNSのプロテインバー Amazonで3ヶ月毎に定期購入してます Instant Pot Instant Vortex Polartec図鑑 アークテリクスのカイアナイトを一番よく着てます Futurelight Goldwin製のFL Drizzleを着てます Goretex vs Futurelightの比較実験動画 Goretex + ダウン ニトリのカル:エクレの丼 Mastering the American Accent ニトリのセラミックコートタンブラー ただし食洗機不可。その点、京セラのCERAMUGが上位互換そうなので次はそちらを狙ってます。 Weee! 風呂のふた Tuft and Needle のマットレス 1000ドルじゃなくて750ドルでした笑 つかった移民弁護士 グリーンカード申請の流れ Editorial Notes: アフィリエイトとかやっちゃうと収入発生しちゃってTRがより面倒になるんでは...というのが懸念。。。アルコール(特にワイン)はスイス時代に比べると全然飲まなくなったのですが、OR・WAのピノ探索はいずれしたいなと思ってます 萩 海外生活便利アイテムある方ぜひ教えてください！ 脇 2023-01-252h 24NeuroRadioNeuroRadio#51 A precise tagging of active neuronsHyungbae Kwonラボの長濱健一郎さん(@k_hammer_1001)ゲスト回。初期研修から基礎研究に進んだ経緯、狩野研でのスライスパッチャー生活、Hyungbae Kwonラボの現在の方向性、最近のST Cal-Light論文（光受容とCa2+活動による細胞の遺伝学的ラベリング手法のアップデート版）について伺いました。 Show Notes: 長濱さん 最近のST-Cal Light論文 光とCaのアンドゲートロジックによるラベリングその１Cal-Light from Kwonラボ その２ FLARE from Alice Tingラボ Hyungbae KwonラボHP 狩野ラボHP この論文＝狩野研時代のSetd1a論文（注：収録時にはmentionできなかったのですが、ChIP-seqの実験・解析、RNA-seqの解析では東大薬・分子生物学・後藤研にいらした岸先生（岸 雄介 (Yusuke Kishi) - マイポータル - researchmap）に大変お世話になりました。あと、ChR2-tdTomato→ChR2-mOrangeでした。by 長濱さん） 上阪さんのretrograde semaphorinのScience論文 ニューロランチ：東大医学部の神経系のラボが集まって、金曜日の昼飯時に行う背筋も凍りつくような名物セミナー 2016年のSingh et al.,論文 2014年の高田さんの論文 高田ラボ Maria Karayiorgou Joseph Gogos CompetitorのSetd1a論文  iTango論文 Alice Tingラボ オーフスの米原さんラボ（遺伝研に移行中） Jung Ho Hyun Dongmin Leeラボ（注：”Nat. Biotechnol.のCal-Light論文でvalidationを全部行った”と行ってしまったのですが、正しいcontributionはCal-Lightの設計・in vitroのvalidsation→Dongmin、in vivoのvalidation→Jung Hoでした。by 長濱さん） Guopingが使った例 Josh Gordonが使った例 Matthew LarkumがCAMPARIと比較したFrontier論文 Tina Kim FLiCRE（フリッカー）論文 SoCoChR論文 StCoChR論文についてのOferと萩原の見解 LiqunのところのTRAP その２ CAMPARI CAMPARI2 rsCAMPARI Photoactivatable Cre 例えばコレ Editorial Notes: いちリスナーの自分がまさかゲスト出演することになるとは思っていませんでした。お二人との議論とっても楽しかったです！色々とbackgroundの前置きが長くなってしまいましたが、これから海外でポスドクしようとしている大学院生やポスドクの方に、こんな人もいるんだなぁ、と思って頂けるといいなと思います。またメインプロジェクトの論文出たら、ぜひ呼んでください！（長濱） 最初期遺伝子では神経活動を捉えられない、という見方と、遺伝子発現変化に繋がらない神経活動はエングラムではない、という立場があるのかな…何がノイズで何がシグナルなのか、とかの検証が色々できそう（宮脇） 出だしの導入で記録と操作が...とか言って始めていますが、「おい、(形態)観察は？」というツッコミが解剖寄りの人から来るのは想定済みです汗 (萩原) 2023-01-172h 56NeuroRadioNeuroRadio#50 Gestalt principles久々のSfN参加、初Thanksgiving、Twitterからの移行に関する雑談。論文紹介は、カリウム選択的チャネルロドプシンの構造、魚の脳発達は氏か育ちか、プルダウンアッセイと機械学習によるAAVの指向進化、など (11/26収録) Show Notes: 萩氏のアブストラクト Jeremiah Joshua Trachtenberg 古館昌平氏 ヨーロッパは運転免許証のExpireが無い：国によって違うらしい。スイスは無い、ドイツは10-15年？ GRABでペプチドのセンサー Rebuildのエピソード Twitter上での繋がりを保存するツール フラッシュ論文 論文１：Structural basis for ion selectivity in potassium-selective channelrhodopsins 加藤英明さんラボ 出てもらった時のエピソード HcKCRを最初に報告した論文 WiChRプレプリント（Sci. Adv. in press） ChRmineの論文 加藤さんのNat Comm 論文２：Nature over Nurture: Functional neuronal circuits emerge in the absence of developmental activity Florian Engertラボ Dániel Barabási 目を閉じたらVisual Cortexの発達おかしくなる、の論文 Tom SudofのVerhage et al Science 2000 Sando et al., 2017 Neuron バラバシさんのツイート Herwig Baier のツイート フロリアンのかなり長いスレッド Ken Miller の参戦 Blake Richards の参戦 David Fitzpatrickラボ 苦情 論文３：Targeting AAV vectors to the CNS via de novo engineered capsid-receptor interactions Ben Deverman lab CREATEの論文 ExtinctionのF1アッセイ Gradinaruのラボから、マカクで通るかもね、のプレプリント 北海道はルスツでスキーをしようの学会 Editorial Notes: バラバシって今の大学院生にも人気なんでしょうか（脇） ExtinctionのF1(2)の仕事、メインコラボレータの仕事なのに完全に失念してた...（萩） 2022-12-022h 20NeuroRadioNeuroRadio#49 Memento Moriゲスト回ラッシュの振り返り、感染フラグ、前向性健忘に関する雑談。フラッシュ論文紹介は、皮質と海馬のタスクルール表象の違い、内在mRNA依存的な外来mRNA翻訳制御法、方位選択性コラムの起源示唆、マイクログリア用AAV、実験メタデータ管理、１分子プロテインシーケンシング、等(10/15収録) Show Notes: Eve Marderの新作 The Complement Sandwich 感染した場合は180日後くらいの方が抗体価上がる ASCONA meeting アメリカ政権のオープンアクセスMandatory AAASのプレプリントに対するポリシー  DIANA論文 Abema Primeのひろゆき全推し回、YouTube Mさん（Henry Molaison）について、ラリースクアイアによる追悼記事 Henry Molaisonは海馬じゃなくてエントライナルが飛んでた メメント 論文１・Samborska et al., Complementary task representations in hippocampus and prefrontal cortex for generalizing the structure of problems 論文２・CellREADR論文：Programmable RNA sensing for cell monitoring and manipulation 内在性ADARの発現：HEKは1を多く発現して2,3を発現しないらしい。 組織ごとにEditを受ける場所が違うんだとか。 ペーボ取りましたね、ノーベル賞 RADAR論文(RNA sensors using ADAR)：Modular, programmable RNA sensing using ADAR editing in living cells RADARS論文(Reprogrammable ADAR Sensors)：Programmable eukaryotic protein expression with RNA sensors 論文３・Orientation pinwheels in primary visual cortex of a highly visual marsupial 数年前に書いたレビュー 論文４・Directed evolution of adeno-associated virus for efficient gene delivery to microglia Addgeneでカプシドをコードしているプラスミドが入手可能 論文５・Next-generation brain observatories Observatory of the mind Saskia de Vries et al. Joshua H. Siegle et al. Neural Data Without Borders Mindscope 論文６・Real-time dynamic single-molecule protein sequencing on an integrated semiconductor device DNAとヘリケースを使ってre-readしてfidelityを上げる Editorial notes: CellREADR/RADAR/RADARS、延びる棒、のアイデアがラボ間でどうshareされていったのか（あるいはされていないのか）、ご存知の方はコッソリ教えてください笑（脇） 収録中に論文のタイトルコールしてないの不親切で悪い癖ですね...以後気をつけます。(萩) 2022-10-243h 02NeuroRadioNeuroRadio#48 In search of thalamo-cortical computational principlesWe sat down with Lukas Ian Schmitt (@lucidianS), a team leader at RIKEN CBS, and talked about his trajectory, life in Japan, past and ongoing projects about the distributed computation in the cortico-thalamic loop, and related works (Recorded on 9/10) Show Notes: Ian’s lab at RIKEN: Laboratory for Distributed Cognitive Processing Miho: Miho Nakajima-san Mike Halassa’s lab @NYU->MIT Phil Haydon’s lab @Tufts The Neuron by Kaczmarek (and Levitan) (Still have the original on my shelf here. – Ian) Ian’s work at the grad school: the astrocyte-neuron interaction  Ian’s works  during postdoc: Rule representations...2022-10-171h 31NeuroRadioNeuroRadio#47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers理研CBSの中島美保さん（@mihonakajima）がゲスト。大学院時代とポスドク時代の仕事の背景、それらを踏まえたCell Typeに関する議論、特定の高次機能を問うためのTailor-made行動試験の作り方、などを伺いました (8/17, 9/10 収録) Show Notes: 認知分散処理研究チームHP 中島さん業績集 Nat Heintzラボ オキシトシンに反応するmPFCニューロンのメス性行動への影響…のお仕事 BAC Tgの基礎を作ったHeintzたちの仕事 in 1997 BAC トランスジェニックの神経科学への応用を解説した2001年のレビュー Michael Halassaラボ Halassaラボでの注意機能による感覚選択を司る脳回路、のお仕事 その自閉症モデルでの状態と緩和方法探索、のお仕事 イアン・シュミット GENSATの論文 TRAP ：ここではTranslating Ribosome Affinity Purification (TRAP) のこと。その１ その２ Parafascicular nucleus: 束傍核。Striatumによく投射する TRN: Thalamic Reticular Nucleus 皮質とThalamusを繋ぐ抑制性ニューロンの核。最近印象的だったGuoping Fenの仕事とか マット：Matt Wilson State-dependentなTRNの論文 イアンが最初に立ち上げた行動 中島さんが神経回路学会に載せていた行動実験に関する日本語レビュー Earl Millerラボ MD（mediodorsal thalamus）の仕事 b2bになっている Guo/Inagakiの仕事 (ALMに対応するthalamusは”VM/VAL”) Pulvinar視床枕。ヒトでの機能的な示唆については、これとか Guoping Feng 2016年のプロジェクト PPC：posterior parietal cortex NeuroRadioのCell Type 回 KarelとSvobodaとCallawayのレビュー Hongkuiのレビュー Editorial Notes: 今回は貴重な機会を頂きありがとうございました！本当に長々と申し訳ないです。お二人とも話が非常に明快で一瞬で重要なポイントをついてくるので、勉強になりました。これからの更なるご活躍が楽しみです！私は日本語も英語も結構間違えてて反省！（汗）エレベーターピッチの練習しないと。これからも人間の行動に迫っていきたい思うので乞うご期待！（中島） ブザキとかは心理学で先に定義された用語に神経活動を後から対応付けることに否定的な主張をしていますが（それも一理あるとは思いますが）、今回の話を聞いて、やっぱ行動心理学をちゃんと勉強した方が色々とやりようがありそうだよな～、と思いました（脇） 常々、研究者として一番大事な能力の一つはresilienceだと思っていますが、度々苦境に立たされつつも、その度にいい仕事をいい論文に仕上げてくるスタイルに大変刺激を受けます！（萩） 2022-10-102h 47NeuroRadioNeuroRadio#46 The Fos expression we saw that dayゲスト参加型のJournal Club。海馬CA1ニューロンにおけるFos発現と場所表象・神経活動の双方的な関係を調べた論文を題材に、北西卓磨さん(@tkitanishi)、吉良信一郎さん(@ShinichiroKira)、田中和正さん(@Kazu_ZT)、柳下祥さん(@sho_yagishita) とディスカッションをしました。(9/22 収録) Show Notes(完全版): お題の論文：Fos ensembles encode and shape stable spatial maps in the hippocampus 田中さん NR田中さん回 北西さん NR北西さん回 Part1 Part2 柳下さん 吉良さん Harveyラボ Greenbergラボ 田中さんのトムラボでの論文 Thomas McHugh よく使われるcFos-tTA, Mayfordの作ったライン *knock-inと言ってますがtgです(萩) の元論文 最初の利根川研での仕事 Fig1fgでshGFPがまあまあ綺麗に見えている 田中さんのWiltgen研での仕事 Georg KellerのbioRxiv論文 (Mahringer 2019) Rewardの所に場所細胞が増える 海馬の一部の細胞でreward response, David Tank のDedicated Population for Reward論文 以前Greenberg達が作ったFosのトリプルノックアウトの系 1st authorが書いたbehavioural engagementに関する前の仕事  FamiliarなEnvironmentだとFosはほぼ出ない、の論文 最近Twitter界隈ではCausalityに関する議論がある：いろんなスレッドがありましたが、この(Tweetに基づく)PDFが一番核心を突いていたように思います。 by 吉良さん アテンションを高めて空間タスクをやらせると安定性up Schitzerがendoscopeで見始めた時 学生たちと一緒に書いたCurrent Opinionの総説 Editorial Notes: JCでこんなに論文ほじくり返したのは久しぶりです！マニアックなディスカッションもあって、とっても濃い2時間でした。またぜひ呼んでください！次は辛口ゲストを集めてNR主催のお二人の論文とかどうですかね？（笑）(田中) 濃くて楽しいJCでした！それぞれのラボのスタイルが垣間見えるのも面白いですね。(北西) 海馬やfosを専門にやっている方々と議論できてよかったです。ぜひ定期的にやって欲しいです。今回のような分野横断的で新しい方向性の論文だと特に盛り上がりそうです。他の方々の議論を聞くのも面白そう(柳下) 普段あまり接することのない、分子と神経活動の関係を扱う論文について議論する機会をいただき、とても勉強になりました。図表のフェアな作成法や因果性の解釈についても、様々なご意見を伺うことができて充実したJCでした。(吉良) 音声での論文紹介をはじめた当初から、正直どのくらい伝わるんだろうか...と思いながらやってますが、最近では自分達が楽しめてその雰囲気が伝われば、ドメイン知識自体は別にどうでもいいかなと開き直っています。メンバーを変えつつ定期的にやれると楽しそうです(萩原) これだけ大人数のディスカッションなのに議論が発散しなかったことも印象的でした。皆さんお忙しい中ご都合つけてくださりありがとうございました！ (宮脇) 2022-10-072h 37NeuroRadioNeuroRadio#45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained認知症研究者の佐野俊春さん（@tsano321）に、アルツハイマー型認知症のAβ仮説の歴史と論拠、最近の基礎研究・臨床試験の動向、今後の展望について教えていただきました（9/3収録） Show Notes (完全版): 佐野さん タンパク質構造疾患研究チーム 岩坪研 PhD時代の仕事（の一部） 博士論文の要旨 神経変性疾患のプリオン様伝播仮説 生活習慣病と認知症のレビュー by 佐野さん Aβの治験が上手くいかない：Aβを標的とする抗体医薬の治験失敗が続く中で2018年に出たコメンタリー 抗Aβ抗体医薬が効かない原因の考察を含むSelkoe達によるAβ仮説レビュー Aβ*56捏造疑惑に関する記事 Aβ*56捏造疑惑が出た時のAlzforumの反応 Aβオリゴマーが神経細胞毒性を有する 富田先生によるアルツハイマー病の歴史の表 1984年 アルツハイマー病患者の脳内の血管壁に沈着したAmyloid βを単離 老人斑の主要構成成分はAmyloid β 1987年 APPのクローニング 1992にamyloid cascade hypothesisというタイトルのperspectiveがscienceに 2012年のプロテクティブ変異（アイスラインド変異）の論文 Dale Schenkがワクチン療法を考え、合成ヒトAβ42をマウスに注射 AN-1792ワクチンの臨床試験、髄膜脳炎、すぐ中止 Aβをターゲットにした臨床試験のまとめ 軽度ADに限ればsolanezumabは認知機能低下を抑制（訂正：複数の試験ではなく、この研究しかありませんでした） aducanumab論文（Phase1b） 認知機能正常な高齢者や認知機能低下が緩やかな高齢者由来のB細胞ライブラリーを用いて開発（Reverse Translational Medicine）  2019年の中間解析で中止になったが、中間解析の後に入ってきたデータを含めて再解析すると、2つの試験のうち1つで効果が出ていた（効果としてはかなり小さい） Phase3が進行中のエーザイの別のAβ抗体（lecanemab）（収録後に試験結果が発表され、承認申請予定とのこと） 血液バイオマーカーによる早期発見の研究、レビュー その他のAβ抗体としては、Eli LillyのdonanemabがPhase3進行中 Editorial Notes: 治験が失敗続きなのにいまだにアミロイドβ仮説が信じられている理由、アミロイドβ仮説の背景、アルツハイマー病の研究対象としての面白さなどを伝えられたら嬉しいです。　と思っていましたが、まさか収録後にレカネマブの主要評価項目達成という大事件が起きたのは予想外でした。このニュースでアミロイドβ仮説に対する世間の風向きも変わったかも？（佐野） 「僕は病気に関しては無知なので」と口走ってしまっていますが、当然進行を考えた上でのポーズです(ので「お前MD持ちだろ」とかつっこまないように！)。（萩） 一口にアミロイドβ仮説と言っても色々なものがあるということ、それに至るまでの歴史や登場人物が学べて非常に面白かったです。佐野さんありがとうございます！（脇） 2022-10-033h 21NeuroRadioNeuroRadio#44 Timestamping academic life events onto podcast sequels帰ってきた北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 。これから参入するEngram業界の学会@ダブリンの印象、そしてDANDRITEでのラボ立ち上げから一カ月が経過した現在の状況。特にリクルーティング、ヨーロッパ・デンマークのファンディング事情、人的ネットワーク作りなど（9/18収録） Show Notes: 北沢さんラボ 北沢さん前回収録 その１ その２ DANDRITE Engram 学会 CaMPARI2 GeorgがV1ミスマッチでやったよね、という話をするのを忘れた(萩) Greenberg とHarveyのNature Johannes Graff 僕の論文 ERC Christine Denny がArcプッシュ Arcのviral transmission Greenberg LinのScienceは2011でした FosとArcを比べたCell 活動との相関性 Npas4-”FH”はFlag-HAのknock-inで、免疫染色しやすいライン。 Yap et al. FosKOの表現型 デンマークの悲しいバスルーム事情 うん、まさにこのストレス(萩) 北海水産 欧州全土に新鮮な(冷凍だけどw)魚介をお届け。 北沢さん ERCスターティンググラントの解説 Filippo (北沢さん元ボス) ルンドベック財団 学生のネットワーク Neuroscience Academy Denmark デンマークのPhDプログラムに興味がある人はアプライしてみるとよいかも。４年分のお給料だったり、デンマークのいろんなラボでインターンできる機会があります（北沢） Brain Prize コペンハーゲンのOle Kiehn DANDRITEのSAB (Scientific Advisory Board) 米原さん回@NR その１ その２ ちゅっちゅっと吸うトランスクリプトームのNature Editorial Notes: 独立一カ月後編ありがとうございます。ラボのプロジェクトの大半がオフレコになった結果萩原君とほぼだべっているだけになってしまった気が。早く論文を形にして語りたいですね！(北沢) たまにはこのくらいゆるい回があるといいですね。編集等も楽だし笑　しかしIEG論文をさっさとなんとかしないとなー (萩) こんな濃厚な音声版blog?もなかなかないですね。。ちなみに今回もShownotesのほとんどを北沢さんが準備してくれました～ありがとうございます！ (脇) 2022-09-222h 00NeuroRadioNeuroRadio#43 Splendid isolation伏線回収、円安・オイル高騰中の海外生活・学会参加に関する雑談など。後半は、SNcドパミン神経の細胞体と軸索＠線条体の活動をサブタイプ毎に観察した仕事、カリウム選択的なチャネルロドプシンに関する論文×２、Eve Marderのエッセイを元にしたディスカッション（7/16収録） Show Notes: コロナ中に収録したエピソードその１ その２ Mark Anderman のパートナー、Maria Lehtinen David Kleinfeld 細胞そのものがセンサー(CNiFERs) Dombeckラボ Awatramaniラボ 論文１：Dopaminergic axons track somatic signaling in behaving mice Joshua Berke のラボから出ていたVTAの細胞体とNAcドパミンのdissociation  アセチルコリンがドパミンの軸索でAction Potentialを起こす  Amatramaniラボからの前報で、SNcドパミンの形態を細胞種毎にキャラクタライズした仕事  Dombeck は Striatum で single axon の2pイメージングやってた GRINレンズ２個刺しの仕事 RPE: Reward prediction error, 古典的レビューはこちら  Kim et al., 論文 A Unified Framework for Dopamine Signals across Timescales 論文２：Kalium channelrhodopsins are natural light-gated potassium channels that mediate optogenetic inhibition John Spudich 普通のカリウムチャネルが持っているような選択フィルター 元論文 今週NNに出ていたAxon Terminal inhibitionのレビュー  論文３：WiChR, a highly potassium selective channelrhodopsin for low-light two-photon neuronal inhibition Peter Hegemann Emiliani Emotional Circuitのdevelopment Eve Marder エッセイのシリーズ：Living Science エッセイ１：Maintaining the joy of discovery エッセイ２：Crossing oceans Editorial Notes: Sodium とナトリウム、Potassiumとカリウムが混ざりました（宮脇） エスプレッソマシン、むかし友人を説得して業務用の中ではお手頃なシモネリのオスカーを買わせて一緒に遊んだりしてたのですが、洗浄が面倒すぎて一瞬で売り飛ばしていました笑 ところでロブスターを実験動物に使うと食べ放題だろうか。(萩原) 2022-08-082h 34NeuroRadioNeuroRadio#42 A catalyst for DIY opticsThorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました（6/5収録） Show notes: 勝木さん Thorlabs Japanのホームページ 柳下さん Doricのフォトメトリーシステム Thorlabsのフォトメトリーシステム Thorlabsの２万種類以上の部品 河西研のファイバーフォトメトリーの論文 柳下さんのシステムはこちらの論文に基づいています(by 勝木さん) 理研の山森研 ThorlabsのBergamo 回転する一光子顕微鏡（pdf） パーツの組み合わせ ソーラボのgithub openなんとかのひとつ Janeliaの2p-RAM論文 ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション：Multiphoton Mesoscope UCL, Hausserの二光子Stimulation ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション（Bergamo + SLM） Bessel Na Jiの論文 緑慎也さん 遺伝研の広海健先生 遺伝研での仕事 クラゲの仕事 Michael Dickinson ラボ Ralph Greenspanラボ Ralphが書いたIntroduction to nervous systems Dhruv Grover FlyCeptionのお仕事 その２ ↑のプロトコル（出たばかり） Thorlabのオンラインフォーラム、Brainwaveについて（pdf, page 5） ライトフィールドを使ったお仕事 Sophie メゾスコープのパーツリスト 創業者のAlex Cable Editorial notes: 楽しかったです！ありがとうございました。入社して5年経つのにいまだに毎日学びの連続です（まだまだひよっこ？）。企業に就職するなら分野を変えてみるのもお勧めかも。学生・ポスドクは研究に集中できる時だと思うので、ぜひ思い切り研究を楽しんで下さい。（勝木） DIYサポートは自分で光学系を組むハードルがグッと下がりますね。無料なのはユーザーとしては嬉しいですが、お金を払いたいという気持ちも…（宮脇） だいたいどこにでも出てくる坂野先生と立花隆...! PhD取得後の就職先としてThorlabsのような魅力的なoptionが数多くできれば、PhDに進学することがリスクでもなんでもなくなり、結果的に日本のアカデミアのレベルも上がると思ってます。（萩原） 2022-08-021h 44NeuroRadioNeuroRadio#41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました（7/9収録） Show Notes: ATAC-seqでぷらすみどのシークエンシングする（ぷらすみどをTn5でtagmentationして、barcodeつきprimerでPCRして、まとめてNGSにかけるということです。。。by齋藤さん） 濡木研から来たポスドクの方：平野さん Z-lab メンバーを参照 Aviv Regev Eric Lander Jim Collins David Liuがデリバリーをやる: eVLP Base editor Fei Chen Omar Abudayyeh Jonathan Gootenberg Xiao Wangラボ Spatial transcriptomics回 こうせきはラマン McGovern InstituteのFellow David Bartel ハワードヒューズ: Howard Hughes Medical Institute (HHMI) Broad Institute の沿革 Stuart Schreiber Emmanuelle Charpentier Feng ZhangラボAddgene page Doudnaに対して賞とか贈られてたり Fengも慶應医学賞 石野先生 のCRISPR発見論文 Karelの卒業生のラボからNature  結果Nature Neuroscience 直近のサイエンスのSupplementary Figure 30以上 Karelのpublication 元ボスAndreas Lüthiのpublication K99 間近でアメリカで独立したポスドク: Xin Jin 独立した場所がドイツ: Jonathan Schmid-burgk 米国大学院学生会 ニューロンの分類回 Editorial Notes: 僕のボストン、Harvard、MIT、Broad、Feng Zhangラボへの愛がほとばしってしまってます。。。ちなみにBroad Institute of “MIT and Harvard”はMITからはHarvardとみなされ、HarvardからはMITとみなされてるようで、僕はどちらの日本人コミュニティにも属してません。。。留学を考えている学生さんで何かお困りのことがあったら連絡をいただければと思います！また論文出たらゲストとして出させてくださいー。（齋藤） 確かにBroadはMIT感あります。オフレコのトークも面白かったです笑 またぜひ！（宮脇） 「クリスパーネタはリサチャでやれよ」という怒られが発生するかなと思ってたんですが、宮脇氏がだいぶ予習してくれたおかげでなんとか体面は保ったんじゃないでしょうか。(萩原) 2022-07-261h 31NeuroRadioNeuroRadio#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄＆ラボでの生活、等について伺いました（7/9収録） Show Notes: Jennifer Doudna のThe Code Breaker SHEROCKによるCOVID-19の検出 Broad Institute Feng Zhang FMI 早稲田の先進理工学部の生命医科学科 City of Hope 楽しかった研究@早稲田仙波研 FMI指導教官、Patrick Matthias Ph.D.のプロジェクト アセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary Steven McKnight 加藤さんの仕事（実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん） FUSのIDRがリン酸化を受けて凝集に関わる…の論文（記憶が曖昧でした。。。リン酸化について言及されたのは加藤さんのCell論文よりも5年後でした。by齋藤さん） ストレス顆粒とは（wikipedia） David Baltimoreのノーベル賞ホームページ Human Frontier の話：Investigating archaeal horizontal gene transfer systems towards universal delivery tools CAST(CRISPR-associated transposase/transposon): CRISPR-CasエフェクターがトランスポゼースをcrRNAの標的部位へと誘導して転移するトランスポゾン。 最初のペーパー(CAST V-K) CAST I-F Sam Sternberg この2つのCAST I-Bオルソログがダメだったらこのプロジェクト終わり！ CAST I-B: 齋藤さんらが今回の論文で報告したシステムのこと Dual Modes of CAST Homingの論文＠Cell Tn7: トランスポゾンの一種で、TnsA,B,Cが協働し、更にTnsDと協働することで特定の場所（glmS）に転移するか、あるいはTnsEと協働することで接合時のプラスミドへと転移する。 ２つのターゲットセレクター・アダプター分子（TniQとTnsD）: TniQはTnsDのホモログ。CAST I-Bには2つのTniQがあることが知られていたが、その一方は本来のTn7のTnsDと配列が似ており、同様の働きをしていることが上記論文で明らかになりTnsDに再命名。 Joe Peters @ Cornell のCell論文 Cascade: Type I CRISPRシステムで見られるCasタンパク質とcrRNAからなる複合体。 REとLE: Tn7/CASTのトランスポゾン配列の両端に存在し、トランスポゼースに認識される、転移に不可欠な配列。 Inverted Terminal Repeats: DNAトランスポゾン配列の両端にしばしば見られる、似た配列が片方の末端ともう片方の末端で逆向きに存在している構造のこと。 （スペーサーの）獲得機構: CRISPR-Casシステムにおいて外来遺伝子をCRISPRアレイにスペーサーとして取り込むのに必要なタンパク質群。 DNA Microscopy PEG10の論文 Editorial Notes: バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります！（齋藤） 僕もうちのラボの人もCASTやってないですw（宮脇） 久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。（萩原） 2022-07-201h 43NeuroRadioNeuroRadio#39 A biophyisicist-turned-neuroscientistマックスプランクフロリダの安田涼平さん（@Ryohei_Neuro）をゲストに、１分子イメージングから１スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました（6/5収録） Show Notes: 安田さんラボHP 安田さんブログ 安田さんHP記事 アメリカでラボを持ちたい！ マックスプランクフロリダ (Max Planck Institute Florida Institute for Neuroscience) ATP合成酵素が回転するところをアクチンつけて観た仕事 東工大（当時）の野地さん：現在東大で主催しているラボ 木下研HP（早稲田へ） カレル：Karel Svobodaのこと。安田さんのポスドク時代のボスであり、萩原の現・ボス。 Karelが見つけたキネシンのステップ 120°ずつ回転、仕事効率ほぼ100% Winfried Denk (カレルのベル研での直接のメンターはおそらくTank。Denkはおそらく横にいて顕微鏡を提供した？Denkは最初に2光子顕微鏡作った人) KarelのラボからPIになった人…の参考図（NeuroTree） カレルがGCaMPに着手したタイミング GCaMP2はこの論文 佐藤 隆さん@MUSC (萩原は学部時代に佐藤さんの実験@Tübingenを手伝っていた) GCaMP6の論文 (現状カレルの論文の中で最も引用される論文となった) 顕微鏡に関する投稿：ポスドクを終えてDukeで独立する辺りは2005年～ Karelラボの２番目のプロジェクト（Rasの分子活性） 独立した後のCaMK2の仕事 林康紀さん が当時やってた（Camuiα） FLIM: ライフタイムイメージングのこと（PDF） 谷口さん 村越さん（ラボ） の仕事 安田さんのトークで最後に出てくる絵 (by R, Iyenger) 三國さん 西山さん MPFIのマシンショップ Michael Ehlers Fitzpatrickラボ 結局一番楽しかったタイミングはF1-ATPaseの回転が見えた時…の記事 安田さんのライフタイムイメージングの会社 Editorial Notes: 実は当初MPFIのFitzpatrickラボで博士をやる予定でした。いろいろあってvisionのdevelopmentから分野を変えたのは結果的にはよかったのではないかな〜と。安田さんをはじめ、成功してる研究者には楽観的な人が多いような気がしてる今日この頃、辛気臭くない感じで生きていきたいなと思ってます (萩原) 研究所のDirectorという雲の上の存在でありながら、我々のようなポスドクにフランクに接してくださってくださったこと、そしてpoliticalな感じが全然しなくて技術開発・現象探求にフォーカスしてらっしゃる様子が印象的でした(宮脇) これからを担う若い研究者のお二人とお話できて楽しい時間を過ごしました！ぜひミーティングなどでまたお会いしたいと思いました(安田） 2022-06-221h 48NeuroRadioNeuroRadio#38 Latent dynamicsAllen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス＠MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録) Show Notes: 来春にWyss研究所移転 SfN:Society for Neuroscience 北米神経科学会。世界最大の超巨大神経系学会。 Cosyne Meeting 近所のメキシコ料理屋の美味しいブリトー（El PelonのEl Guapo, guacamole追加がオススメ） Schnitzer論文 論文その１：Minute-scale oscillatory sequences in medial entorhinal cortex  Striatumを冷やした時の時間認知変化 論文その２：Top-down control of hippocampal signal-to-noise by prefrontal long-range inhibition Meno Witterによる、PFCから海馬への直接投射は無いよ、の論文 Rajasethupathy et al No evidence from complementary data sources of a direct projection from the mouse anterior cingulate cortex to the hippocampal formation  Amygdala業界での似たような議論：IL->ITCがあるのでは言われてたが、おそらくIL->BLA->ITCのdi-synapse性 Peter Somogyiラボ 九大の神野先生 玉巻先生 も昔海馬のlong range inhibitoryをやっていた  AmygdalaからHippocampusに投射している細胞はInhibitoryも多くて、場所嗜好性の形成にそれが必要 Hannah Monyer 元ラボ(Luthiラボ)disinhibitory回路お家芸 例えばコレとかコレ Sohal ラボHP Parvalbumin neurons and gamma rhythms enhance cortical circuit performance  論文その３：Learnable latent embeddings for joint behavioral and neural analysis MathisラボHP GitHubのページ 対照学習とは DINO論文 昔のShenoyタスクにおけるポピュレーション活動の解析 David TankラボからのNieh et al. MIND論文 北西さん回後半 Editorial Notes: 仮説に合わないorストーリーにとって都合のよくないor説明のつかない、データをそのまま出してくるモーザーラボのスタイルはストロングスタイルとしか言いようがないですね。葬り去るのは論外として、自分なら何かしら説明がつくまでは外に出すのは躊躇してしまいます。(本物の)ブリトー美味そう。(萩原) 麺屋武蔵いいですね…。解析手法開発論文の読解は、本文を読むだけじゃ無くて、コードを自分で動かしてみて、ってとこまでやらねばですね(宮脇) 2022-06-012h 09NeuroRadioNeuroRadio#37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2北西卓磨さん(@tkitanishi)ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました（4/27収録） Show Notes: 日本語の作文技術 頭が赤い魚を食べる猫 北西さんが採択されたAMED-PRIME 永井先生 伊佐先生 先進科学研究機構の人事 Buzsakiラボ NR, 五十嵐さんに言わせると…の回 最近Communications Biologyに出した仕事 瞬間的に介入したとしても、いろんなことが起きる (Otchy et al) Discrete Attractor Dynamicsの仕事（Inagaki et al)　短期記憶を保つ神経細胞集団からの記録中にオプトで神経活動を阻害し、集団の活動がどうリカバリするかを見ることでアトラクタ構造を明らかにした仕事。 自然にあるディスクリートアトラクターの遷移を追った研究の例 パーコレーション（8.2を参照） パーコレーション理論を神経回路動態の解析に適用した例 Inside-out Internally generated…の論文 Internal シリーズその２ 同志社の櫻井先生 じっとしていても脳の中で内発的にアクティビティを出す (総説) Sensory input を変えたときのネットワーク遷移 (Jezek et al) Cross correlationとcanonical correlation analysis (CCA):Kordingの古典的総説 篠本先生の最近の仕事。Cross correlation解析をencoding model的にやったもの CCAの神経科学分野への応用に関するreview CCAの(数学的でない)意味付け解説(日本語) MoserラボのGridのトーラス論文 の解説回 Grid のモジュール (Stensola et al) 多様体 (Wikipedia)海馬の多様体1 (Nieh et al) 海馬の多様体2 (Rubin et al) 頭方向細胞の多様体 (Chaudhuri et al) 大量にカルシウムイメージング…の仕事 ２手先…：収録用のメモに書いてあった北西さんのコメント Editorial Notes: 申請書をロジカルにとか偉そうなことを言いながら、話を全然ロジカルにまとめられず。。まだ荒いですが、いろんな研究の方向性を考えています。ラボメンバー募集しています！（北西さん） 後半は研究デザインに関する哲学というか、今までの収録ではなかなか出来なかった抽象的な議論が出来てよかったです。今後はもっとしていきたい。（萩原） 図らずも先進科学機構PI回が続きましたがCOIはありません笑　北西さん、研究室立ち上げのお忙しい時期にありがとうございます！（宮脇） 2022-05-251h 13NeuroRadioNeuroRadio#36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1今年３月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD～スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く（4/27収録） Show Notes(完全版): 北西ラボHP 総合文化研究科先進科学研究機構 岡ノ谷ラボ（現帝京大） 博士の仕事 田代ラボ（現シンガポール） 田代ラボでのお仕事 の筆頭著者レビュー 2005年のオプト論文 PINP論文 (=OptoID or OptoTagging) 田代さんのERCグラント 利根川先生のエングラムの話 Open Ephys Kavli Institute (for Systems Neuroscience) Moserラボ 五十嵐さん 伊藤さん 上村さん 小金澤さん Menno Witterラボ Mor Ther. Generation and Characterization of Chimeric Recombinant AAV Vectors 学振SPD: 学振PD獲得者の中でも特に優れた人が取れるフェローシップ。2020年度に終了。 奥山さん 川島さん 田中さん 松尾ラボ（現・九大） Mayfordのところでのお仕事 Dupretのラボがやってた方向 Claustrumの仕事 Crick and Koch 2005. What is the function of the claustrum?  水関ラボ Subiculumのプロジェクト（水関ラボでのSci Adv） の解説記事（PDF注意） Klausbergerのventral CA1の仕事 256 chのプローブ（所謂Buzsaki256, PDF注意） AAV6が逆行性に感染する…の論文 Editorial notes: ヘッドセットのノイズキャンセリングのせいか、ところどころ音が妙に小さくなってしまいました。すみません。。ただ、お二人にのせられて (?)、いっぱい喋りました。とても楽しい時間でした。ありがとうございました！（北西さん） この収録直後にNeuropixelsデビューしました。とりあえず3本同時記録。実験自体は128chでやってた時とそんな変わらんな〜という感じ。 話の中でもありましたが in vivo自由行動下の電気生理記録ができる国内ラボが本当に増えてきましたね～（宮脇） 2022-05-172h 04NeuroRadioNeuroRadio#35 Introduction to structural biology for neuroscientists東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録) Show Notes(完全版は番組HP): 加藤研 加藤さん過去インタビュー 1 2 ChRmineの論文 濡木研 Brian Kobilkaラボ Brianノーベル賞のページ 2012年のNature論文（ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析） の新着論文レビュー 服部素之さん タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意) 芳賀先生のNature 2012 （註：だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん） 脂質キュービックフェーズ（LCP）法 （pdf注意） Nanobodyを使ったBrianたちの論文 iC++の構造論文（Nature筆頭論文その３） GtACR1の構造論文（Nature筆頭論文その４） 上記論文の新着論文レビュー 微生物型ロドプシンの作動メカニズムについての神取先生の解説記事  加藤先生のアドバンスト理科 Kalium rhodopsins クライオ電顕の原理の解説（吉川研） David Juliusが取ってた NTSR1-Gi1のCanonical と Non Canonicalクライオ構造論文（N筆頭その５） AlphaFold2論文 死の脳内表象について(pdf注意) Yusteがやってたoptogeneticsのonline meeting質問のシーン KR2の構造解析（N筆頭その２） の新着論文レビュー 神取研 木暮先生 2013年のNature Communicationsの論文 吉澤研 Editorial Notes: なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です（加藤） フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原) 思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇) 2022-05-101h 53NeuroRadioNeuroRadio#34 Catch-22 in code-switchingアメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬４重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録) Show notes(完全版はこちら): COTEN RADIO バイオステーションゲスト回 catch-22 Koch Family Zipcar Mini2P論文 Biologyの方 Mini2p自体はNature Methodsに２報くらい 1 2 ノルウェーの会社製の（GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…） ゼロから作るDeep Learning vscode A neuroscientist’s Python environment (Allenの同僚・伊藤さんによるpython開発環境の解説記事。Remote development extension packが便利そう) spyder 3090 東大入試生物2022 見たことのある実験系 Herman MillerのSayl Chair フラッシュ論文紹介: 論文１：Inhibition allocates spikes during hippocampal ripples ForwardとReverseがあるよ Pouletラボ Jouhanneauの４重パッチ 論文２：Rapid eye movement sleep is initiated by basolateral amygdala dopamine signaling in mice 櫻井研 情動脱力発作について（長谷川さんの過去仕事プレスリリース） オレキシン発見 長谷川さんの過去仕事一覧 論文３：Dynamic Synchronization between Hippocampal Spatial Representations and the Stepping Rhythm Loren Frank DeepLabCut 論文４：Single-deletion-mutant, third-generation rabies viral vectors allow nontoxic retrograde targeting of projection neurons with greatly increased efficiency 論文５：Circuit-Specific Targeting of Astrocytes for Genetic Control 論文６：Engineered virus-like particles for efficient in vivo delivery of therapeutic proteins （eはEnhancedじゃなくてEngineeredでしたね…） Editorial Notes: 海馬以外の論文もちゃんと読まねば。。。（宮脇） 最近、職場の解析用PCを3070Tiで組みました。この辺がコスパ的にスイートスポットかなと（萩原） 2022-03-282h 22Researchat.fmResearchat.fm130. SOMEBODY TO LOVE研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、FFTとLoLについて話しました。Show notes #73 論文の未来を語ろう … とてもいい回なのでみなさんに聴いていただきたい。 “生命科学研究者Podcast の”researchat.fm”・”NeuroRadio” から tadasu さん、 tamaki さん、Hagiharaさんをお招きしたゲスト回。” 128. Let’s start a science podcast (Researchat.fm)) …　ポッドキャストを始めることを検討している方にはぜひ聞いていただきたい。 “研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました。” ファイナルファンタジータクティクス(FFT) League of Legends (LoL) League of Legends プレイヤー人口は1億人と言われている ボタン連打とポケモン 岐阜コンボ あめみやたいよう　vs kazu … 獣道４ あめみやたいよう VS kazu ぷよぷよテトリス 今夜勝ちたい キャラのリメイク … 公式には VGU (Visual Gameplay Update) と呼ばれている。例 LoL のキャラ数 … 2022年時点で158キャラ。昨年の世界大会ではそのうち80キャラが使用された。 Project L … LoLの格ゲー (開発中) Editorial notes 収録から時は流れ、今はエルデの王になるために研鑽を積んでいます。クラシックRPGはいつも長距離フライトのお供にして遊んでいるので、次回海外に行く機会にこのエピソードを聴きながらFFT始めてみます! (Ryohei) このままお蔵入りかな〜と期待してましたがとうとう出てしまいますか…高速フーリエ変換に関しての熱い議論を期待していたリスナーの方々には申し訳ない限りです。25年経って、自分がいかに”持たざる者”かを痛感する毎日です。(Hagihara) FFTは本当におすすめなのでみんなにやって欲しいです。LoL観戦面白そうなのでちょっとルールを覚え始めました(coela) いろいろ書き物で死んでいたので公開までに時間がかかってしまいました。FFTもLoLもおもしろそうです。(tadasu) 2022-03-061h 18バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcastバイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast#1 Fireside Chat with a postdoc podcaster (Guest: Dr. Takeyuki Miyawaki)ハーバード大学(Wyss研究所)研究員で、神経科学系ポッドキャストNeuroRadioを運営されている宮脇健行さんをゲストにお呼びして、池谷研時代のお話や留学体験談、ポッドキャスト運営のコツなどをお聞きしました。(収録日2021.12.06) Shownotes: NeuroRadio (宮脇さん、萩原さんのポッドキャスト) 池谷研 (東京大学 薬学系研究科 薬品作用学教室) 後藤研 (東京大学 薬学系研究科 分子生物学教室) 宮脇さんのPlos One 水沼さんのNature neuroscience 宮脇さんのNature communications フィリップ・ボールの「かたち」三部作  笹井先生の創発生物学への誘い  Rafael Yuste CLARITY George Church lab Wyss institute 二階堂愛先生 Rebuild (テック系ポッドキャスト、特にポッドキャストセッティング記事日本語, 英語) Dissect (音楽系ポッドキャスト) Mのメモ(宮脇さんのブログ) Researchat (研究者ポッドキャスト) 研エンの仲 ( 研究者ポッドキャスト) 五十嵐さんの就活ノート 2022-02-221h 34NeuroRadioNeuroRadio#33 Reviewing the Art of Review生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談（2/12収録） Show notes: 雑談編 トーラス論文がパブリッシュ ↑について話したEP2 CRACK論文 ↑について話したEP4 eVLP論文 ネットで空きを探す：基本はZillowでやりました Wise (旧Transferwise)：手軽かつ割と良いレートで送金できたりする テイクアウト：米国でもTake Out、一部の地方（含ボストン）ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here シンク：アメリカのシンクにはディスポーザル（生ごみ粉砕機）がついている ソーラボ（Thorlabs） ：DIY光学系のためのパーツを売る会社 アダム：最近Allenにジョインしたライトシート顕微鏡作成のスペシャリスト Janeliaのハエを移す機械： Drosphilobot  コーラゼロは国によって味が違う Athletic BrewingのノンアルコールIPA 先輩に買ってきてもらったビール Stumptown ↑のAce Hotel (NY) 店 Coffee County のオンラインショップ ピアレビュー編 今回話題にしたレビューの内容は公開され次第リンク貼ります 査読の技法 水島昇先生 Universal Principled Review 中山敬一先生 中山先生の本 （羊土社・実験医学じゃなくて秀潤社・細胞工学でした） Paperpile：文献管理アプリ 小宮山先生も Natureが出してるReviewerファイル（supplementary peer review file） コレのTransparent peer reviewを参照の事 萩原さんの去年の論文のpeer review file (pdf注意) ORCID(Open Researcher and Contributor ID) 学術系出版物の著者のID Editorial notes: 査読依頼が勝手に振り分けられて以来、迷惑メールフォルダを定期的にチェックするようになりました（宮脇） 『査読の技法』の内容紹介の正確性に関しては一切保証しません(笑)ので各自買って読んでください。ちなみに実験医学さんとのCOIはありません (萩原) 2022-02-181h 49NeuroRadioNeuroRadio#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PICaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん（@TomomiKarigo）にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました（9/5収録） Shote notes: 苅郷さん google scholarページ 岡良隆先生ラボHP David AndersonラボHP 2014年のLee et al. Dayu Lin 2011年の論文 苅郷さんのヒューマンフロンティア  孤独になったら緑色に：Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文  苅郷さんのAndersonラボでの論文 Remedios et al. アン・ケネディ NeuroRumblrのサイト ERC Starting Grant Johns Hopkins のNeuroscience Department Johns HopkinsのKennedy Krieger Institute University of Southern California のBiology Department, Neuroscience Pietro Perona ラボHP DavidとのMachine Vison系論文 DavidとPietroコラボの新しいtracking & behavior classifier論文 Doris Tsao (CaltechのHP, 最近バークレーに移動) 井上さんの同期 Teaching Statement: 何を書くか、等はこちら（PDF） Diversity Statement: 差別や不平等に対する考え方・これまでの貢献など。書き方 （その他就活関連のリソースへのリンクは番組HPに！） Deisserothの講習会 （註：ATGCと言ってしまいましたが、正しくはGTCAでした by まささん） カルテクのWriting Consulting Service: Hixon Writing Center 若い動物でplay behaviorが見られる Ann Kenedyの1stの論文 (３人co-first) PrabhatがファーストのeLIFEの論文  Editorial notes: これまで実験中にリスナーとして聞いていたNeuroRadioに、ゲストとして出演させていただけるとは。ありがとうございます！ホストのお二人、そしてゲストの井上夫妻に誘導していただき、楽しくあっという間の収録時間でした。 聞きなおしてみたら、間が多くて自分の日本語の不自由さに驚きましたｗ萩原さん＆宮脇さん、研究をしながら、論文紹介にインタビューに編集にと、すごいとしか言いようがありません。近いうちにお会いできますように！北米オフ会とかできたら楽しそう。 Karigo Lab、2022年4月よりJohns Hopkins Medical school, Neuroscience department & Kennedy Krieger Institute にて始動します。Social behavior、Development、Brain-body interaction、研究留学に興味のある方、karigo[at]caltech.eduまでご連絡ください！（苅郷） オフ会いいですね〜！パンデミック落ち着いたあたりのSfNか日本神経科学会でしょうか。リスナーさんも呼んでワイワイしてみたい笑（宮脇） 公開まで時間がかかってしまい申し訳無いです。完全に僕のテンパりによるものです汗（萩原） 二度目にお邪魔しちゃいました(笑)苅郷さんがポスドクからアメリカに来た人向けに如何に最新のアメリカjob marketに対応すれば良いかを一から教えてくれてます。正座して聞く価値あります！（まさ） 乱入させて頂いちゃいました(笑)。アメリカでジョブハントを始めるにあたり、大事なことが沢山聞けて本当にためになりました。少しでもアメリカでジョブサーチする可能性のある方は、なるべく早く苅郷さんの教えを実行すると良いと思います！(後悔中)（さやか） 2022-01-243h 10Researchat.fmResearchat.fm128. Let's start a science podcast研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました。Show notes 実験医学 2021年11月号 Vol.39 No.18 … “はじめよう！ 研究者ポッドキャスト―多様な研究者を“聴ける化”する新たなメディア 座談会／石黒　宗，加藤郁佳，宮脇健行” 第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力 by Soh (実験医学) 研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir) の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています。” NeuroRadio … “NeuroRadioは神経科学者のKentaM_Hagiharaとtak_miyawakiが神経科学の新着論文、研究業界、海外での研究生活等、様々な話題を語るPodcast。大西洋を越えて収録しています。” #40 神経科学者はマイクロプロセッサを理解できたのか? (研エンの仲) … 研エンの仲の論文紹介回。お二人の専門性と論文の相性が高すぎる最高のエピソード。この論文は研エンの仲のために書かれた！(嘘) #46 波瀾万丈、プログラミング言語「JavaScript」の20年史 (研エンの仲) … 激動の1995年から始まるJavaScriptの話。当時の状況もよく理解でるすばらしいエピソード。それにしても1995年濃すぎる。 #29 Podcastのしくみと歴史 (研エンの仲) … Podcastの始まりからその性質までをわかりやすく説明している回。ポッドキャストをはじめてその歴史や仕組みが気になった方にはおすすめです。 #14 リモート会議を支える技術: 速さだけじゃないネットワークの品質 (研エンの仲) researchat.fmのediting … sohとtadasuが今のところ半々ぐらいかな。coela編集回は0 #53 どこどこは岡山弁じゃけん (研エンの仲) … 「なんてろかんてろ」が飛び出した神回。こういう話したい！ってなりました。ただあんまりおもしろい方言がないのがコンプレックス(香川県民, tadasu) #65 AIにPodcastの台本を書いてもらいました (研エンの仲) … AIに台本を書かせて読んでみる回。AIが結構ちゃんとした台本を出していてびっくりします。企画力の高さが光るエピソード。 #54 理系2人暮らし9ヶ月目、リアルな家事分担事情 (研エンの仲) … 生活における最適化問題を解くプロセスの話は大好物です。#10や#6あたりも聴いていただきたい。 #48 なんで私がF1に？ (ゲスト@namicha_1) (研エンの仲) … 今までスポーツ観戦にハマることがなかったというなみちゃん氏をゲストに迎え、F1沼にはまっていく序章となるエピソード。ここから何回かに分けてそのF1沼にはまっていく様子が語られていくことになる。 #13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review (NeuroRadio) … HagiharaさんのNature 1st論文紹介回。強すぎる！我々の目標とするエピソード。 #11 Sequencing the Connectome (NeuroRadio) … Zadorのsequencingとconnectomeを繋げるという話はResearchat.fmでずっとやりたいなぁと思いつつも、話せてなかった論文群なのでとても勉強になった。 NeuroRadioさんのゲスト回 … 全部最高なんですが、今回のエピソード内に出てきたゲスト回とResearchat.fmのTwitterでコメントした回を載せておきます。 #30 Being a technologist at 10x (NeuroRadio) … 10xに研究者として就職されたSasakiさんのインタビューをMiyawakiさん単体で行ったすらばしいエピソード。 #8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1 (NeuroRadio) … MITに留学されていたOkuyamaさんのエピソード。親近感もありつつ、Okuyamaさんの戦略をしっかり聞き込めるすばらしいエピソード。 なぜ，バナナは黄色だと思うのか，思いつく事をしゃべってみろ！ … 奥山さんの留学記。tadasuは以前にこれを読んでいたので#8のエピソードには興味津々でした。 #20. A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara – Part 1 (NeuroRadio) … デンマークでPIされた後に昨年日本の遺伝研でもPIになられたYoneharaさんのエピソード。研究の進め方やラボの運営についてとても参考になる話が聞けます！ #16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato (NeuroRadio)2022-01-221h 24NeuroRadioNeuroRadio#31 New moves, new variants大陸をまたいでの２人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異（AAV.CAP-B10）や弱毒ワクチン（YFV-17D）について（1/4収録） Shownotes: モニュメントバレー ボストン近郊のスキー場 大学の不動産 レイク：Lake Union Social Security Number：マイナンバーのようなもの 全学でやっているポスドクのトレーニング（註：これは医学校だけでした） Uwajimaya：シアトルの日本食スーパー 一個目の論文 CaltechのGradinaru Ben Deverman PHP.BとかPHP.eB とか PHP.eBの感染にはLy6aというタンパク質が必要 その１その２ CLOVER Capsida Biotherapeutics Paul H Patterson マーモセットでやる：最近出てました Organ-on-chip：例えばこういう論文 WyssのBBBを通す抗体をスクリーニングする試み Don Ingber 二個目の論文 Wei Xu John Shoggins Sudof 野口英世の生涯 Max Theiler Supplementary FiguresがExtended dataとは別にありました。CMEはStarter cellへの感染に必要なのではなく"Transneuronalな感染に必要"なのですね、誤読失礼しました（訂正） HSVのH129 AAV1でのAnterograde tracing Pseudotyped vesicular stomatitis virus AAV2retroの経路依存性 これのTable S2 Sudof研にいた頃の( プレシナプスでのリリースを見た)仕事 AAVの（ゲノムへの）組み込み：犬で10年追った知見 AAVは4.7kbがパッケージング限界 センダイウイルスは今 ボブダッタのCOVID関連の仕事 北村さん Editorial Notes: AAVの指向進化はvivoでやるファージディスプレイって感じで面白いですね。AAVのタンパク質がvirus like particleにそのまま適用可能なのか気になりますね〜（宮脇） 仕事は文句なくexcitingになると思うのですが、メリケン生活はどうでしょう...不安です。　(萩原) 2022-01-162h 43NeuroRadioNeuroRadio#30 Being a technologist at 10x初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました（11/22 収録） Shownotes: 佐々木浩さん 10x Genomics Wyss Institute HP 泊研HP RISCの形成過程再構成＆一分子イメージングのお仕事 論文 筆頭著者レビュー aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事 DNA-PAINTの簡単な説明 ぽん（Peng Yin）ラボHP DECODE-PAINTのお仕事（講演アブスト） 兵庫県立大学の吉久先生 日本RNA学会 上海科技大学の多田隈さん DNA Origami 2006の論文 University of Washington の Brianラボ アカデミアとインダストリーの自由度について、 HarvardのテニュアからGoogleに行ったMatt Welsh氏のブログポスト 10xが進めているin situプロダクトの情報 10xのファウンダー：Serge Saxonov と Ben Hindson 最初のプロダクト(Chromium) Swedenにあった会社(Spatial Transcriptomics, Cartana) (10xはスウェーデンのスタートアップを2社買収していて、Spatial Transcriptomics -> Visium、Cartana -> New in situ platformというようになっています by 佐々木さん) David Hoffman Eric Betzig 超解像で2014年ノーベル賞 David HoffmanのScienceの仕事 Wyss時代に隣のラボにいた友達で、現在の同僚  Eswar Iyer 元々はTwitterで出会って仲良くなった友達 Sizun Jiang 10xでの直属の上司 Justin Costa Ting Wu Josie (Kishi) ストックオプション：会社の株式をあらかじめ定めた価格で将来取得する権利 IPO：会社の株を初めて誰にでも取引できるようにすること 10x Genomicsのジョブオープニング Neuralinkのホワイトペーパー Melissa Moore@Moderna Melissa Mooreによるレクチャー（をまとめた記事） Editorial Notes: Wyssのスローガンの一つに “Breakthrough discoveries cannot change the world if they do not leave the lab” というのがありますが、こういうことなんだな～と腹落ちした回でした (宮脇) 録音チェックのために改めて聞き直すと、宮脇さん良い声だな……と思いました(佐々木) 自分のいない収録音源を編集するのは、いちリスナーとして新鮮に聴けてよかったです(萩原) 2021-12-241h 59NeuroRadioNeuroRadio#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました（11/4収録） Shownotes: 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021 バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG) ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2 ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定 H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク H3K27ac=強く転写アクティブ H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク ATACseq、トランスポゼースを使ってオープンなクロマチンの存在するゲノム領域を同定 今までよく言われていたポリコーム・バイバレント(bivalent)→H3K27me3とH3K4meの共存 今回発見したポリコーム・バイパタイト(bipartite)→IEGのプロモーターがH3K27acでアクティブ、ジーンボディーがH3K27me3抑制性 クラウンチングスタートのFMIプレスリリース JST創発的研究支援事業、破壊的イノベーション？ エングラム細胞のシステムスコンソリデーション中のステートシフトの論文、レビュー 1 2 リアルエングラム仮説についてレビュー、ジョセリン＆利根川 再活性化されてこそエングラムという前提でのレビュー、ジェノミクスの観点から BICCN回はこちら 投射細胞発生に関してジャボドンBioRxiv、最近Natureに出ましたね。リバイス3年半。。。 ムルシックフローゲルのV1投射論文 キャロッサル：対側投射 IEGのヘテロ性に関して、例えばこれ ヌタウナギのエンブリオの研究ができるのは世界中でRIKEN倉谷研究室だけ。参考文献 1 2 3 4 エピジェネティックな記憶とかDavid Allisのレビュー グリーンバーグのYap et al., Neuron 2018 レビュー Li Huei Tsaiのところのリーセント記憶エングラム・エピジェネティック論文 HDAC2論文 エンハンサーのモチーフ解析から転写因子を同定するアプローチ。FMIで開発したパイプライン Editorial notes: うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク２本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな...買うか(萩原) 休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢) スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした（１リスナー並感）。in-person収録やってみたいですね〜　(宮脇) 2021-12-031h 32NeuroRadioNeuroRadio#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録　* 初のin-person収録ということで宮脇はお休み) Shownotes: 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照) Nordic-EMBL EMBL 長野県の松本深志 東大医のPhD-MDコース 栗原裕基教授 Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run Hoxa2論文(Kitazawa et al., Developmental Biology, 2015) 鼓膜進化論文(Kitazawa et al., Nature Comm, 2015) 鼓膜論文、結局内容についてちゃんと話してなかったです汗。哺乳類(=マウス)と双弓類(爬虫類・鳥類=ニワトリ)でEdn1-Dlx5/6経路を阻害して下顎→上顎ホメオティック変異を起こさせると、マウスでは鼓膜が消失するのに対してニワトリでは鼓膜の重複が起きる。これは鼓膜の発生が全く異なる発生機構の下流にあることを示し、鼓膜の収斂進化の実験的証拠となった。理研のプレスリリースがとても分かりやすい。(北沢注) あと、日経サイエンス(Scientific American日本語版)2015年8月号でも特集されました。他にも結構新聞で取り上げられたなー(北沢注) 神戸理研　倉谷滋先生 怪獣生物学 動物進化形態学 初版(2004年) 新版(2017年) 2004年Verに鼓膜は課題として述べられていて、2017年Verで僕のアンサーがアップデートされています！ (北沢注) Gauppの論文の例  Arch. Anat. Physiol. Suppl. 1, 416 (1912). Filippo Rijli Maryline Minoux et al., Science, 2017 ChIPmentationのNat Methodsペーパー FMIのSAB (Scientific Advisory Board) ERC: EU+αのグラント。PIがステージ(Starting/Consolidator/Advanced)に応じて取るprestigiousな研究費。(日本で言うとさきがけ〜CRESTに相当だが額は倍くらいある) コンディショナルオファー: 独立するためのお金を外部から取ってきたらスペースはあげるよ、というタイプのジョブオファー。一方のオープンポジションはオファーが出たらラボを立ち上げるための資金(スタートアップ)は基本的にもらえる。 えくせれんつぁ: スイスSfNの独立用グラント Eccellenza(1,000,000CHF=1億2000万くらい) えみーねたー: ドイツDFGの独立用グラント Emmy Norther  *RO1に関する言及はテキトーだと思うので注意。 Editorial notes: 出だしで北沢さんが敬語なのがおもろい。Part1では神経科学的な内容をほぼしてませんが、Part2では多少します！ (萩原) 対面でしゃべっていると段々砕けていって、ちょいちょいフランクすぎる感じになってしまったかも。こういう収録は初めてでしたが、自分の語り段取りの悪さや言葉足らずな点が目立ちますね、難しい！(北沢) 今回の自分のcontributionはshownotes作りを5%やった程度ですw　(宮脇) 2021-11-262h 26NeuroRadioNeuroRadio#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscienceBICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録） Shownotes: 10/20 に出る実験医学 Mesoscale Connectomeの仕事 Allen Institute for Brain Science Allen Institute for Neural Dynamics Tasic 2016 Tasic 2018 BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図（このページの下の方） BICCNやってる人たち一覧 17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変 Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。 Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ５０万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。 UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル（主に側頭葉の一部） CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。 HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。 SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング＆メチローム：Epi-retro-seq CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話 カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。 UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network：大脳皮質ー基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが６つのサブネットワークに分かれる UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較 UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた Editorial note: 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原) Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第４回、Spatial Transcriptomeについて扱った第５回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇) 2021-10-122h 39NeuroRadioNeuroRadio#26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど（8/31+9/1収録）。 Shownotes： Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと（Neuron） あのEvidenceの論文 Aronovの仕事 Saltzmanの論文 Wallisの論文 Shoenbaumの論文 Peter Stern (Scienceのページ、工事中…？) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2 Moserラボ出身のNNエディター、Dave（現在Nature本誌のエディター） Grid cellのramapping/realignmentについて詳しくはこちら 森先生のカップラーメンの賞（2007年度 安藤百福賞） 五十嵐さんのカップラーメンの賞 （同上、2017年度） Miura et al.,  Cury and Uchida 色々つっこむかも 河野大臣に拾われ：科研費の枠の件とか Editorial notes： たくさん話していただけただけでなく、過去エピソードをすごくしっかり聴いていただけていた面倒見の良さが印象的でした。五十嵐さん改めてこのたびはありがとうございました！（宮脇） 今回、お世話になったみなさんをできるだけ多く登場させようとたくらんだのですが、第14-15回の井上（駒野）さやかさんを登場させ忘れたので、ここで少し。彼女は森研時代、僕の真向かいの席に座っていたのですが、昼食後いつも僕の目の前で、デスクに突っ伏してお昼寝していました。なんて肝っ玉のでかい学生さんが来たんだろうと思ってましたが、その後のご活躍はご存じの通りです。変わった学生さんを伸ばす教育が重要だということですね。僕は森先生にみられるのを気にする小心者だったので、実験に疲れると、機械室（という謎の部屋があった）に院生たちでこっそりしつらえたソファベッドで仮眠をとっていました。あの教育棟7階の仮眠室、いまはどうやって使われてるんだろうな～。（五十嵐） これまでで一番大変だった奥山回をはるかに超える音声編集作業量でしたw 宮脇さんもshownoteお疲れ様です〜。そして企画段階・収録後に到るまで時間と労力を注いでくれた五十嵐さんに改めて感謝です。なお大木研はサーバ室に公式ベッドがあって、夜イメージングの間に寝るのが常でした。教育棟7階(左、旧森研とは逆なはず)に移ってからもあるのかな？（萩原） 2021-10-0827 minNeuroRadioNeuroRadio#25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3五十嵐さん(@kei_m_igarashi)回その３。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました（9/1収録） Shownotes: Schultzの実験 Assimilative learning: 既に確立したスキームを用いて行う新しい情報の学習 CAV2：逆行性に飛ぶウイルス LiqunのVTAの論文（DeisserothのはB2Bで出てたSNcのドパミンマッピングでした） Amygdalo-hippocampusのpaternal論文はこれ。Denis Pare弟子の天野さん。 クワイナイン：キニーネ。苦い。 Kay Tyeのprefrontalのドパミン論文 柳下さんの一個目の（ドップジャーナル）論文 JN  Mingote  et al のドパミン投射先、LECでのパッチ 内田さんの最近のCell論文 亜核ごとにパッチをするとドパミン・グルタメート・GABAの混合率が変わる…の論文 Arcの周りに（アミロイド）βが溜まる LECはObject codingをする 金沢大学にいらっしゃる河崎先生 Duke大学のLarry Katz ランチョン大討論会の資料（PDF注意） R01が３つ さきがけの奥山さんと加藤さん さきがけにスタートアップ支援制度ができた（PDF注意） JSTの川口さんによる『科学技術政策立案における科学者の役割』 （PDF注意） Squeaky wheel gets a grease: きしむ車輪は油を差される。転じて、はっきりと自己主張をすれば、きちんと見返りを得ることができるという意。（五十嵐註：五十嵐の本意は、「困っていることをずっと主張し続ければ、いつかは周りがうるさくなって対応してくれる」ということです） 神経科学ニュース完全版 大学院生を雇うこと ノルウェーのmaternal leave/paternal leaveは 国が出す MoserラボのNatureカップル１：ステンソラ夫妻 夫妻のラボ（最近独立した） ちなみにMoserラボのNatureカップル２：Hafting-Fyhn夫妻 マリアンヌ・トーケルラボ 大学院大学がお金出す 理研のJRA OISTのサポート 最近始まった支援制度、次世代研究者挑戦的研究プログラム Editorial notes M1の時海馬とドパミンについて研究していたはずなのですがLECとの関連は考えてもみませんでした。こんなに面白いことをやっているとは。。（宮脇） オクラホマdisをわざわざ蒸し返してきたのが謎ですが、海のない土地の例というだけです！！！ちな僕もこの前の論文の続報はドパミンネタだったりします。All roads lead to DA.(萩原) オクラホマをばかにしちゃいけません！どんな地方大でもコツコツやれば、自分の研究分野が確立できるのがアメリカのいいところだと思います。 UCIを軽くディスりましたが、なんと今年の公立大学ランキングでUCIは全米9位に入ったらしく、職員が大騒ぎしてます。ホントかよって感じでびっくりですけど。 最近伸びてるってことですかねー。 既に海外に出てしまった萩原さん、宮脇さんには不発だったかもですが、日本の若いリスナーさんにとって「研究者になるなら、将来日本で暮らそうと思わない方がいい」が第三作として十分な破壊力を持つことを願いつつ…。（五十嵐） 2021-09-222h 57NeuroRadioNeuroRadio#24 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 2UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、モーザーラボでのポスドク時代、ジョブハント、独立してからのお話をしていただきました。そして最後に今回のNature論文を少し頭出ししていただきました（8/31収録） Shownotes: ジョブハントについて：五十嵐さん就職活動記 MoserラボのGrid Cell論文 Loren FrankラボHP 田代さん ラボHP（現在シンガポール） Lisa GiocomoラボＨＰ McNaughtonとのNRNのreview 故Howard Eichenbaum のラボ Jim KnierimがScienceに2005年に出してたMECとLECは違うっていう論文 Laura Colginのガンマ論文 藤澤さんの匂い嗅いでAlternatingの論文 Edvard Moser May-britt Moser 経歴や最近の仕事についてはNeuroRadio EP2をご参照ください BuzsakiラボからのFernandez-Ruiz et al., ガンマの方 Menno WitterラボＨＰ エスペン, proximalの方がspatialが強い この旗は…：五十嵐さんの部屋に飾ってあるノルウェー国旗 John O’Keefe Bruce McNaughton 最近議論になったやつ：Science Advancesの論文 切磋琢磨するアメリカの科学者たち スタディーセクション：NIH関連予算審査を行う分科会議 Neuronに通った論文 一番最初のFrontierの論文 内田さんのOpto-tagging 2012年 LECが一番最初に壊れる その後出たLEC論文１：Situation cell その後出たLEC論文２：Egocentric cell その後出たLEC論文３：Time cell MECでlayer 2の二つの細胞種が違う機能を持つということを示した仕事１ 仕事２ Fan cellとPyramidal cell：LECの主要な興奮性細胞で、形態や局在が異なる Leitnerらの論文 The Hippocampus book Larry Swansonの80年代の仕事、ドパミン＠LECの図：The Hippocampus Book p61 ドパミンのdip、河西先生ラボからのD2Rのお仕事 Jaws（赤色抑制オプト）で止める LismanのNeoHebbianレビュー BonhoefferのPFCの仕事 2021-09-222h 46NeuroRadioNeuroRadio#23 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 1UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、学部・大学院時代のお話、特に『失敗談』– あるいは地獄の釜の底 – について伺いました（8/31収録） Shownotes: 五十嵐ラボHP 五十嵐さん過去の読み物一覧 五十嵐さんのMoserラボでのN論文 伊藤さんのMoserラボでのN論文 NHKの脳ドキュメンタリー 驚異の小宇宙 人体II  脳と心 五十嵐さんのお父様（註：退官済み） 森憲作先生 Serizawa et al 2000 Nat Neurosci   訂正：近くのORは近くに投射する、というのは、その前のTsuboi et al JNSの内容で、この論文はolfactory receptorは相互排他的に発現する、という内容 恩送りのくだり＠Twitter 森先生は阪大基礎工の塚原仲晃の弟子。修士を塚原研で過ごしています。 Stephen Kufflerとその弟子たち＠Neurotree Sturat FiresteinによるOlfactory receptor解析論文 （訂正：ヒトでなくマウス） bootstrapはFig 1と5 第一生理の外山敬介先生。ボスは伊藤正男先生。 京大の生化学でも同じ：早石道場 大木先生のN論文１ N論文２ 自分の「仕事」が病気と関わるのならそれをやったらいい。の間違いです。 内田さんによるolfactory bulb 上からintrinsic signal imaging 五十嵐さんによる横からimaging Synapto-pHluorin論文 84年のOjima et al., JCN 01年のLinda BuckらのN論文 ↑のRetraction ノート StettlerとAxelのPiriform 2p imaging論文 ちなみに、synapto-pHluorinの論文は一応小さく出しました（by 五十嵐さん） 五十嵐さんのsingle cellトレーシングの仕事 永山さんの表面からのOB-OCトレーシング論文 村上さん＠喜多村ラボ（村上さん、言い間違えてすみませんm(__)m by五十嵐さん） 金子研striatum bushのお仕事 表紙 宮道さんらの論文 Axelらの論文 Baldwinらの論文 Editorial notes 自分も大学院時代ドツボにハマってpublication recordにブランクがあるので非常に勇気がもらえました。なんとか成功例を追加したい笑（宮脇） 長時間の独演会みたいになってしまいましたが、僕が上の世代から伝えてもらったことを記録に残しておいて、次の世代の人たちの何らかの糧になればと思いお話しました。若い方々がなにかを感じ取っていただけたらそれで十分嬉しいです。 自分自身の人生の折り返し地点を過ぎ、次の世代の育成に本腰を入れて取り組みたいと思っています。活躍していく次世代の研究者を輩出するということでも、いつかモーザーラボを越えないとですね。一緒に切磋琢磨したい方、ぜひ声をかけてください。（五十嵐） ボスの劣化コピーにならない様にというのはよく言われますが、師を「超える」というのは考えたことなかったので気合い入りました。(萩原)  2021-09-152h 22NeuroRadioNeuroRadio#22 Artificial/Artifactual neural manipulations印象に残っている歴史上の研究者、総説のライティング、オプトジェネティクスのアーティファクトを取り扱った論文等について話しました (9/5収録) Shownotes: UC irvineの場所 The OC Breaking Bad Good Will Hunting ボストンアクセント（を揶揄した動画） Nirvana Nevermindの赤ちゃん、訴える エヴァ＠Amazon Prime ダーシー・トムソン チャールズ・シェリントン 細胞説のフィルヒョー ロベルト・コッホ ペンフィールド エクルス Proprioception Man on his nature Liqunの総説 Kay Tyeの総説 Mrsic-Flogelの総説 eOPN3論文 論文１：Mathias Mahnが昔出していたアーティファクト論文 Bruchasの方の論文（Neuronでした） Scott SternsonのhM4D+nrxnによるpresynapse抑制 OferのGtACR2論文 EPFLのSchneggenburgerラボHP 論文２：MeApdの操作、ChR2とChETAで違う結果 David Andersonラボ、ChR2でやった仕事 利根川研の最初のエングラム実験 CA1, 4Hzなら出る Scienceリトラクション 論文３：Acute off-target effects論文 2011年のGoshen論文 Olveczkyの前の論文（Motor Cortexの必要性について） BrunoラボからのBarrel Cortex要らないよ論文 Editorial notes: 偉人で無く故人というべきでした笑（宮脇） 結局optはあんまり使わない大学院生活でした。(萩原) 2021-09-081h 06NeuroRadioNeuroRadio#21 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 2Part 1に引き続き、DANDRITE＆遺伝研（10月から）の米原圭祐さん(@K_Reisfeld)にお越しいただき、欧州のスタートアップグラント事情、ポスドク時代に欧州からのジョブハントで苦労したこと、今回Neuronにアクセプトされた双極細胞の軸索末端におけるsubcellular computation論文の内容紹介,、遺伝研でのこれからの研究の方向性について伺いました（7/10収録） Shownotes: エイミーノエタ：Emmy-Noether-Programme 欧州のグラントの特徴まとめ、たとえばこういうの (直pdf.注意) Dandrite DirectorのPoul Nissen Jens Skou オーフスにいる竹内さん Stadtman Investigator Max Plank Neurobiology Nadine Gogolla Ruben Portugues エミリー：Emilie Macé トーマス：Thomas Frank 2013年のNeuron K99 遺伝研の宿舎 総研大の学費：535,800円/年 総研大が博士の学生に250万円くらいを出す制度を始める 遺伝研ポスドク ワーラリアン変性：末梢神経繊維の切断などにより神経軸索が腫大し，その後に萎縮することにより断片化する現象 鳥のON DS cellはganglion cell layerにない、の仕事 今年Gautam Awatramaniと共同研究でNature Communicationsに出したCholinergic論文 小出ラボHP 特別共同利用研究員 これからの研究がまとまったページ Editorial Notes: オーフスのラボからの仕事がNeuronに出たタイミングに公開を合わせて頂き、ありがとうございました! また、１０月からスタートする遺伝研のラボを紹介する機会も頂き、感謝しています。２０代のリスナーがとりわけ多いとのことで、宣伝効果は抜群だと思います。NeuroRadioの繁栄とお二人のサイエンスのますますの発展を祈念いたします!　三島のうなぎも是非食べに来て下さい。（米原） 米原先生お時間を作ってくださりありがとうございました！自分が学部生の頃は遺伝研で大学院生として研究するという選択肢があることすら知りませんでしたね～あの頃の自分に今回のエピソードを聴かせてみたい笑（宮脇） 自分が中学生の時に何を考えていたかなあと思い返してみると、まだFF7-9をやっている時期だったため、適当な木の棒を振り回しては「将来はソルジャーになる」と言っていたように思います。(萩原) 2021-08-131h 27NeuroRadioNeuroRadio#20 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 1デンマーク、オーフス大学DANDRITE研究所＆遺伝研（10月から）の米原圭祐さん(@K_Reisfeld)にお越しいただき、これまでのキャリアと、海外と日本でJunior PIをやることの比較、Junior PIとして地位を確立する際に苦労したこと、等をお話しいただきました（7/10収録） Shownotes: 神経科学ニュース（直.pdf注意）  基礎生物学研究所/修了生の声 DANDRITEでチームリーダーを始めた頃 最近のもの。EMBLで受けた影響等 米原ラボHP In pressの論文 Neuron版 bioRxiv版 基礎生物学研究所 （基生研） 野田先生HP (現在のラボHP@東工大特任教授) Botond Roska（現在はIOBディレクター） 北欧EMBL（パートナーシップ）： 北欧の主要な大学に設立されたEuropean Molecular Biology Laboratory のスタイルで運営される研究機関のネットワーク Natureの論文 ライフサイエンス新着論文レビュー 博士課程にいた時に見つけたマウス 論文その１ その２ Starburst Amacrine Cell, Ganglion Cell, Bipolar cell, Horizontal cell, MTN等、網膜関連の神経回路は米原さんの2012年の日本語レビューを参照（PDF注意） 2007年のSfNアブストラクト ヒトAAVの仕事 米原さんのFMIでの最後の仕事 新着論文レビュー （プレ）シナプスの同定に機械学習が役に立つ Editorial Notes: 萩原さんと初めてお会いしたのは彼が2014年にFMIのインタビューでバーゼルにいらした時です。すごい人が来たと思い、Botondに絶対獲得した方が良いと進言したのを覚えています。逃したのはBotond的に残念だったはずですが、その後のLuethiラボでの期待通りのご活躍もさすがです。収録では”そうですね”ばかり言っていて恥ずかしい限りですが、萩原さんと宮脇さんの安定したナビケーション、的をついた質問が素晴らしく、おかげさまでかなりの情報量が引き出されたと思います。お二人の話を伺う余裕もなく、自分の事ばかり話してしまったのも少し反省してます。企画・編集にはお二人の大きな労力が伴っていると思いますので、頭が下がります。(米原) 米原さんが薬学部でトークされた時、独立して数年なのにこんなにデータが出るのか…とビビっておりました。今回どんな事を考えながらやってらっしゃったのかを知れて秘訣を垣間見た気がしますが、凄過ぎて未だに理解ができないです笑（そしてマイクのソースを間違えるという痛恨のミス！米原さんすみません＆萩原さん音声編集ありがとうございます…。）（宮脇） Botondが僕のinterview期間中、ラボメンバーに対し「BaselのSushiのレベルが低いのは絶対に言うな！」と口止めをかけたとかかけなかったとか。(萩原) 2021-08-131h 38NeuroRadioNeuroRadio#19 Tangled Up in the Brain/Realityそれぞれの近況、作品と作り手の分離、Caイメージングとコネクトームの対応データとそのビューワー、迷路を走るマウス、Self-inactivating Rabiesをめぐるゴタゴタ等について話しました。 Shownotes: AlphaFold2 論文 Graph Neural Networkの勉強：こういうの bioRxivに上がってた仕事 神経科学会の"Fear Mechanism"シンポジウム(追ってオンデマンド配信のリンク足します) 来年の神経科学会(@沖縄) マサチューセッツのクラスター イスラエルの政府レポート…はヘブライ語なのでWSJによる解説記事 星座の名前になるかも アメリカは政策で太ったみたいな話　この番組の How America Is Causing Global Obesity回 映画業界の#MeToo関連の話（Kevin Spaceyの場合） ワトソンやばい話 (ちなみにCSHLのPhDプログラムは去年をもってWatson Schoolの名前を廃止していた) Kandel本 Thom Jossellやばい MICrONSのプロジェクト説明 MICrONS Explorer 最初のL2/3のデータ TexasのAndreas Tollias Sebastian Seung NeuroGlancer PaninsnkiのEASE EyeWireの成果論文 Mouse in a labyrince論文 サプリムービー マイスターの色覚異常者に関する見解 DLCの人が返した いとけいさんのHP Tiagoの壁論文 Jason Kerrのアイトラッキング論文 Tripodi(ケンブリッジのMRCでした)のSiR論文 Wickershamによる最初の反証論文  Tripodiの反証論文 Wickershamによるアップデートされた反証論文 Editorial Notes: GNNのいい教材ご存知の方がいたらコッソリ教えて頂けると嬉しいです…（宮脇） 最近Mood Valiantというアルバムがよくてひたすら聴いているのですが、新コロのせいでずっとMood Variantだと思っていました。(萩原) 2021-08-112h 15NeuroRadioNeuroRadio#18 Fine viral description – tracing the career of Dr. Kazunari Miyamichi理研BDRの宮道和成さん（@K_Miyamichi）にお越しいただき、キャリア選択時に考えていたこと、現在の研究の魅力、新機軸の打ち出し方、子育てに伴う研究スタイルのシフト、等をお話しいただきました（7/3収録） Shownotes: 宮道さん 過去のインタビュー：神経科学ニュース（直.pdf注意）　理研BDRタイムズ  科学道 比較コネクトミクス研究チームHP 立花隆の脳を究める 森憲作先生によるウサギ電気生理 このあたり Linda BuckとRichard Axelによる1991年の嗅覚受容体報告論文 嗅覚受容体の発現パターンの研究：１嗅神経１嗅覚受容体を実現するネガティブフィードバックの研究 嗅上皮の中で嗅覚受容体がどのように並び、嗅球に行った時にどのように展開するか、の研究 ガイダンスモルキュールをいじったときにどう変わるか…の研究の例 1 2 Liqun LuoラボHP MARCM論文 MADMのCell論文 Callaway の2007年(Wickersham et al) モノシナプストレーシング論文 NeuronのPrimer 嗅球から高次展開を見た論文 Mitral cellからの追跡論文その２ （ローカルサーキット） TRAPの仕事 松尾さん達のfostTAの論文 東原先生のERATO 石井くん：東原ラボでのお仕事 MADMのPLOS ONEの仕事 Osakadaさん筆頭著者の、東原ラボでのお仕事２ TRIOのLC論文 VTAのTRIO 寺田寅彦の科学者とあたま 基礎特別研究員制度 ダルベッコ Liqunの単著の教科書 Editorial notes: 10年近く前の初エンカウンター、いまだに細部を覚えていて自分でも驚きました。宮道さんや小坂田さん(Callaway研)がバリバリ第一線で戦っている姿をあのタイミングで直接観ることができたのは、キャリアの選択の意思決定に強烈に影響したと思います。なお”テキサスを除くメリケン中部”にはあまり住みたくない...というニュアンスであって、オクラホマ大学関係者には謹んでお詫び申し上げます汗 (萩原) 実は宮道先生には学振ＰＤ落ちた時（笑）やら留学前やら、色々とキャリアの重要な時期に相談に乗っていただいてます。今回もアドバイスを頂けて非常に勇気づけられました。良い研究をして恩返しできれば！（脇） いろいろとお話しを聞いていただけたので調子に乗って喋りまくってしまいすみません！ またラボから論文が出るタイミングで筆頭著者の人たちにスポットライトを当てていただけると幸いです。子育て期の研究両立についてはゲスト増やして座談会とか楽しそうですね。今後もNeuroradioますますのご発展を！（宮道） 2021-07-162h 31NeuroRadioNeuroRadio#17 The same inputs, different outputsラボミーティング・研究所内セミナー形式についての雑談、フラッシュ論文紹介:海馬における空間・evidence表象、同一の刺激に対する神経活動の揺らぎに関する議論など（6/28収録） Show notes: QRコードによる接種証明 (いわゆるデジタルワクチンパス) UK上がっている G7近くのホテルが閉まる 若手中堅の研究会 (7/9) *世話人を介した登録が必要 生理研の研究会一覧：多様な視点から情動を捉え直す情動研究会(9/15), 記憶・学習の多角的理解に向けたアプローチ(9/16) 今年は現地とZoomのハイブリッド開催。 北西部がおかしい ボストンの気候 フラッシュ論文紹介 宮脇 論文その１：Geometry of abstract learned knowledge in the hippocampus Aronovのnon-spatial mapping論文 Harveyのparietal cortex論文 bioRxiv に上がってるCortexの方の論文 論文その２：Disrupted social memory ensembles in the ventral hippocampus underlie social amnesia in autism-associated Shank3 mutant mice 奥山先生の前のCaイメージング from vCA1 SiegelbaumがCA2でやったSocial Replay Koharaさん（名前間違えた…失敬しました）のCA2論文 論文その３：Spatial-ATAC-seq: spatially resolved chromatin accessibility profiling of tissues at genome scale and cellular level Rong Fanラボ DBiT-seq 萩原 論文その１：Representational drift in primary olfactory cortex 海馬のDrift(Ziv)、ParietalのDrift(Harvey) Visual CortexのDriftに関するZivのbioRxivプレプリント 論文その２：A gradual backward shift of dopamine responses during associative learning Shultzらの仕事に関してはsee #16 shownotes. Temporal Difference Learningに基づいたシミュレーションについての日本語解説 (Juliaで学ぶ計算論的神経科学から)。 論文その３：A functional topography within the cholinergic basal forebrain for processing sensory cues associated with reward and punishment LuoラボのSerotoninの仕事 (なおセロトニン受容体は11種類) Editorial Notes: おたより回、いつかやってみたいですね～（宮脇） 表象のDriftと、spine turnoverのような解剖学的な変化がcorrelativeに観える系があると説得力出そうだな、と思いました。ちなCovidで嗅覚をやられた知人が「感覚は回復したものの、大好きだったショウガの匂いがう◯この匂いに感じるようになってしまいツラい...」と言っており、あー末梢がやられてた間にidentityが保てないレベルで中枢がドリフトしてんだろうな〜と思うなど(萩原) 2021-07-021h 45NeuroRadioNeuroRadio#16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato理研風間研・研エンの仲ポッドキャスターの加藤郁佳さん（@kayautoka）をゲストに、これまでのキャリア、モデル動物選択、これからポスドク先を選ぶにあたっての悩みなどを共有して頂きました。(6/6収録) Show notes: 加藤さん Researchmap 個人HP データベースCPSYMAP：「どの病気のどういう症状に数理モデルがあって、逆にどういうところが欠けているのか」を可視化する、計算論的精神医学のデータベース プレスリリース 知覚神経回路機構研究チーム（風間研） 日常生活の最適化EP：前編 後編 STUTSくん：平成生まれのトラックメーカー 長岡亮介（aka 浮雲、忘るまじおじさん）：最近は星野源などのサポートに大活躍。東京事変の2代目ギタリストでもある。 Kording論文EP 元ネタ：Could a Neuroscientist Understand a Microprocessor?  HCI: Human Computer Interfaceのこと 留学関係の所で喋った:海外大学院説明会youtube（53:10-から） JNS：日本神経科学会のこと マッシュルームボディ：昆虫において匂いの記憶および学習を司る脳部位。その名の通りキノコっぽい構造をしている。15個のコンパートメントに異なるDAニューロンが投射する超綺麗な構造。 風間先生のIn vivo  double パッチの論文 Neuronに出てたValence Coding論文 ハエのコネクトーム データベース 論文 ハエのReward predictionエラー論文 Stuberラボ：こんな雰囲気（ノースカロライナ時代の橋川さんの留学記、pdf注意） OFCのMeta reinforcement learning IBL: The International Brain Laboratoryのこと。研究室毎に行動試験の結果にバラつきが出ないようにプロトコルを標準化。３か国、７研究室で行った140匹のマウスの選択のデータベースと共に公開 ハエの個体間比較：Central Complex  や Mushroom body のコンパートメントっぷり 線虫は302個 コネクトーム論文はこれ ヒトのolfaction、嗅球無いのに嗅げている GCaMP7の記事 Hakwan Lau：Professorになりたくないツイートと伏線回収ツイート 意識機構研究チーム7/1スタートで人材募集中 7Tと3Tの比較：だいたい7Tで0.5 mm, 3Tで1 mmの解像度。7Tは臨床応用で承認されている上限だが、最近はもっと強いスキャナーを作ろうとする流れも。 ASSC(国際意識科学会): 意識を科学の土壌に持ってきて議論しようとする学会。 加藤さん強化学習で依存症を説明するモデル論文 インターンで成果が出る：CureApp論文 Editorial notes: あー、最後に「さようなら〜」って言って締めようと思ってたのに完全に忘れてた！ (萩原) ハエ脳コネクトームデータじっくり見てみましたが、マウスと違った綺麗さがあって、いいですね…。収録楽しかったです。節目節目でまたやれればうれしいです！（宮脇） 雑談ばかりしてた気がしますが、ノートを見たらサイエンスの話もしてた風でホッとしました笑。風間研での仕事はUnpublishedで話せなかったので、代わりに強化学習の研究の話とかもっとしてもよかったですね。何はともあれ楽しかったです！ぜひ研エンにもゲスト出演お待ちしてます（加藤） 2021-06-282h 02NeuroRadioNeuroRadio#15 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 2前回に引き続き、井上夫妻 (@feynman1104 , @s_k_inoue ) をゲストに、これまでとこれからのキャリア、ポスドクのお金事情、アメリカでの子育て、生活tips等について伺いました。（5/28収録） Show notes: Tom Mrsic-FlogelとSonja Hofer：UCLのSainsbury Welcome Centreで共にPIをしている夫妻研究者 Michell Monje：神経活動とグリオーマの増悪の関連などを研究 カールの会社：ClearLight Biotechnologies（CLARITY関連）、MapLight（オプト関連） Inscopix：自由行動下の動物に適用可能な小型顕微鏡を開発している会社 (Schnitzer研のスピンオフ) ベネフィット：福利厚生 J1ビザ：交流訪問者プログラム用のビザ。海外学振などで日本のフェローシップをベースに、日本に帰る前提（建前で良い）でアメリカに行く時はこれ。 H1Bビザ：アメリカで専門技術者として働く際の就労ビザ。普通にポスドクをすると、最初の５年がJ1で6年目に入る時にH1Bに切り替えるケースが多い。 アメリカのポスドクのフェローシップリスト（一例） グリーンカード: アメリカの永住権 NARSAD: 最近The Brain & Behavior Research Foundationに名前を変更したらしい Allen InstituteのNext Generation Leader K99：PhD取得後４年以内の人を対象とした、ポスドクから独立までをサポートするための予算。これを持ってるとジョブが取りやすい…らしい。 HFSP：ポスドクで別の国に移動する人向けのフェローシップ EMBO：ヨーロッパでポスドクをするひと向けのフェローシップ Glassdoor Helen Hay 冠が付くと：Professorの前にヒトの名前が付く。Karlの肩書は D.H. Chen Professor, Georgeの肩書はRobert Winthrop Professor. Breakthrough prize：300万ドル 京都賞：１億円 Amazon Fresh Weee：まささんからの招待はこちら！ クレカのまとめサイト JALもしくはANAのUSD建てカード：アメリカでのクレジットヒストリー不要で発行できる。 とれじょ商品 さやかさんオススメびあ1 2 3 GCaMP5論文 ↑1st authorのJasper Akerboom氏が作ったブルワリー会社、その名もjasperyeast ナニーさんのサイト Editorial notes: 前々から、お二人にはいつかお話を伺ってみたいと思っており、一方で、同時出演していただくのは難しいかな～と想像していました。この度は快くダブル出演依頼を引き受けて頂き本当に感謝感謝です。お子様とデイケアの方にも！（宮脇） お金にpriorityを一切置いてないのでこんな職を選んだわけですが、お金の話は意外と楽しくできてしまうという...Cash Is King! (萩原) 後半は生活感がかなり出ていますね(笑)。こういう話は周りに留学している人がいないと聞く機会がないかもしれませんので、海外(アメリカ)に出たいけど普段の生活周りがよくわからず不安がある方に届くと幸いです。色々聞いて頂きありがとうございました！(さやか) いつも聴いているNeuroRadioに我々を取り上げて頂きありがとうございます。非常に和気藹々とした雰囲気の中収録したため、後半になるにつれて、アメリカ生活の思いが溢れてしまいました（笑）。さらに飛躍してまた取り上がられるように精進します！！(まさ) 2021-06-181h 52NeuroRadioNeuroRadio#14 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 1日本神経科学会の奨励賞を夫妻でそれぞれ受賞した井上昌俊さん（まささん）@feynman1104・井上清香さん（さやかさん）@s_k_inoueをゲストに、お二人の論文の裏話、スタンフォード大学で神経科学を研究する醍醐味などについて伺いました。後半に続きます。（5/28収録） Show notes: 奨励賞リンク Axon Remodelingのお仕事：メスの視床下部腹内側部のプロゲステロン受容体陽性細胞(Progesterone receptor expressing neurons in the ventrolateral portion of the ventromedial hypothalamus: Pvlニューロン)の前腹側室周囲核(Anteroventral periventricular nucleus: AVPV)への投射量が性周期（依存的な性ホルモンの分泌）によって変化することを見出した仕事。AVPVに繋がっている時にPvlが活動することがオスの受け入れに重要。プレシナプス・軸索の大規模な構造的変化が大人で周期的に起こる可能性を示唆。 R-CaMP2：高感度かつ高速度、そしてHill係数が1に近い（Ca濃度と蛍光変化が比例する）赤色遺伝学的Ca2+インジケーターを作成した仕事。従来のインジケーターでは、Ca存在下でMLCK (Myosin light-chain kinase)のM13配列とカルモジュリンが結合することを利用しているが、このインジケーターではM13の代わりにCaMKKのペプチド配列ckkap（を改変したもの）を利用している。 XCaMPs：ckkapをベースとした配列を用いて、R-CaMP2と類似した強みを持つ、青、緑、黄色、赤色のインジケーターを開発したお仕事。更に、これらを開発したからこそ取れるシグナルの応用例をvivoで数多く示している。 尾藤研：神経回路・シナプスの形成原理にイメージングやアンケージング、新規手法開発などによって迫る研究室 Deisseroth lab（D-lab）：オプトジェネティクスの開発や組織透明化をはじめ、様々なツールとその王道的な応用例を世に送り出し続ける研究室 森憲作先生： 匂い情報を処理する嗅球、嗅皮質、その他情動に関する脳領域を分子生物学的な手法や電気生理学的手法を用いて研究。既に退官 Nirao Shah lab：脳の性的二型や、オス・メスの社会的行動の遺伝学的、経験依存的な制御機構の解明。2016年にUCSFからStanfordに異動。 Zach Knightラボ：摂食・摂水行動、体温調節など、体のホメオスタシスが脳によってどのように制御されるかを研究しているラボ。活動したニューロンのmRNAを捉える技術開発（Ribo-tag, Soma-tag）などでも有名。 Axon Remodeling先行研究：例えばSvobodaラボやKomiyamaラボのvivoイメージング論文 Dendritic spine先行研究：Woollyらが海馬で、Matsumoto and Araiが視床下部弓状核で、性周期に伴いdendritic spineが増減することをHistologyを用いて示した論文など KimchiとOferの論文: AVPVのTHポジティブ細胞がメス、かつ母親マウスにおいて増えており、養育行動に重要であることを示した 2018年 AVPVのkiss peptin論文 GENIE：ツール開発のためにめちゃくちゃタンパク質をエンジニアリングするジャネリアのプロジェクト GCaMP6の論文 ·喜多村先生：HäusserラボでShadow patchを開発したin vivo 2p targeted パッチのパイオニア Joint Program: ２つのラボに所属してそれぞれのPIの指導の元で研究を行うこと Peter Hegemann：チャネロドを見つけた人（１、２） Gero Miesenböck：ハエでoptical control of neuronal activityをやった人。P2X2/ TRPV1を使用 Editorial notes:  "さやかさん"と呼ぶと思わず笑ってしまうのは、魔法少女ですか？となってしまうから。ソウルジェムがにごって魔女化しないことを切に願っております (萩原) 収録中にルンバが動き出してとても焦りました（宮脇） とても楽しかったです！緊張のせいか(?)、自分の日本語が不自由すぎてびっくりしました。お二人とも質問上手、聞き上手で楽しく話させて頂きました。ありがとうございました！！(さやか) 夫婦でインタビューを受けるというのは人生初イベントでした。お二人の力によりインタビュイーでしたが、普段聞けないことが聞けて良かったです。(まさ) 2021-06-111h 16NeuroRadioNeuroRadio#13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review扁桃体Intercalted clusters (ITC) の亜核ITCdm/ITCvm  (背側核/腹側核)が真逆の機能を持つこと、相互抑制の回路モチーフを持つこと、異なる投射先を協調制御していること等を報告した自身の最近の仕事について、萩原が裏話も交えながら紹介。 Shoe notes: Intercalated amygdala clusters orchestrate a switch in fear state 神経科学トピックス...日本語の解説記事@神経科学学会 Andreas Lüthiラボ Lüthiラボからの扁桃体回路レビュー（2015年） Pareの仕事↓ オピオイド受容体の発現を利用した毒素によってITCを破壊した仕事 ITCがBLA->CeAのImpulseを制御しているというgating仮説 スライスでExtinctionに相関した可塑性を見つけた天野さんの仕事 奇跡的にITCからvivoで電気記録を行なった仕事 Fear Conditioning(恐怖学習)の用語補足↓ CS: conditioned stimulus. 連合学習前にはneutralであることが求められる。主に音(tone)が使われる。 US: unconditioned stimulus. 学習を必要とせずイヤな(aversive)刺激、例えば電気ショック(foot shock)、苦味、天敵の匂い、など Extinction、(恐怖)消去。CSがもう恐怖を予測しないという新たな上塗り学習のこと。CSがもう恐怖を予測しないという新たな上塗り学習のこと。オリジナルの連合学習記憶が消えるわけではない。 Relapse: 消去された恐怖記憶が復活してしまうこと。実験パラダイムとしてはspontaneous recovery, reinstatement等いろいろある。この総説(Maren and Holmes)のFig1がよくまとまっている。 PTSD: Post-Traumatic Stress Disorder. USベテランの15%弱、またUS国民の11人に1人が生涯で一度は発症するとされる。 シンガーソングライターJoseph LeDoux: LeDoux2000 に集約される一連の仕事を行なった分野の創始者。最近は本を書いたり、バンド活動をメインにしている…？ 2005年のScience. Rumpel, LeDoux, Zador, Malinow Schnitzer研とのコラボ論文 初期のMiniscopeの論文 Ghosh et al., Ziv et al. CUBICによる透明化と抗体染色。ここでは初代プロトコルを少し改変して使用。 FoxP2-Cre line by Palmiterラボ。FoxP2は転写因子の一種。 Andrew Holmes: 薬理遺伝学（KORD/DREADD）コラボ相手。NIHのPrinciple Investigator Ingrid Ehrlich: スライス実験コラボ相手。 Kay TyeのNature. BLA to CeM/NAcの解析。 BLA to PL/ILのキャラクタライズ Senn et al. 2014 Neuron Fiber Photometry: バルクでCaシグナルを測る技術. Single-cellの解像度はないが、感度が高く、何より簡単。 Rebuttal,論文リバイズの際にreviewerコメントにpoint-by-pointで答える反証レター。 AMPA/NMDA ratio: 興奮性(Glutermatergic)シナプスの長期増強を反映する Opponent-process theory of motivation. Solomon and Corbit 1974 利根川研のReward engramとextinctionの共通性に関する論文。 Editorial notes: 論文、発見自体の面白さもそうですが、Extended Data含め、萩原さんのFigへのこだわりや実験の上手さがダダ洩れな感じが非常に良かったです。改めておめです～（宮脇） 気にしないようにしてますが、自分の仕事を語るのはやっぱりちょっと気恥ずかしいですね。そういえば、GRCは学会で見聞きしたことを口外してはならんという誓約書にサインするはずですが、今や誰も守ってないからまあいっか。あはは。 (萩原) 2021-05-271h 49NeuroRadioNeuroRadio#12 Retrospection on Retroinfection前回の補足も兼ねて、Pseudo-typed Rabies Virusの原理と、その開発の歴史、今後の展望について萩原がサクッと解説。（5/22収録） Show notes: G-deleted rabies virus の開発・応用の第一人者であるEd CallawayとLiqun Luoによるレビュー論文。今回の企画は主にこの総説に沿って話しています。 ミルウォーキープロトコル(wiki) 。n=1と言ってますが、その後改良版が試され、これまで6人助かってるようです(n~50)。獣医学会のコラムが興味深い:狂犬病を発病した患者の最初の回復例 小坂田さん...Callaway研でRabiesのvariant作成論文を書かれて、世界中でリソースが使われて共同研究をされている。現・名古屋大。 AnteroにトブHSVを使ったAndermannの仕事。Hypothal->PVT->BLA->Insular経路の証明。HSV(H129ΔTK)自体はDJAが開発。 最初のG-deleted Rabies開発論文。Wickersham/Callaway. 2007a 2007b プレの中の一部の細胞種を標識する技術の開発論文。MPIフロリダ・谷口研。 宮道先生：LiqunラボにてAAVを用いたTVA・Gタンパク発現によるスターター細胞の限局、およびTVAの点変異によるその改良などを行った、pseudo-typed rabies virusによるサーキットトレーシングのパイオニア。帰国後もpseudo typed rabiesを用いた仕事を展開。 SADの細胞毒性に対応するために最恐CVS株を使ったコロンビア大の仕事。低毒性に加えてCVSのGタンパクはシナプス間のトビがよさそうという利点も。 Callawayによる初期の総説。 細胞毒性を減らすためにLタンパクも欠損させたSAD株。MIT・Wickershamラボ。Lはpolymeraseをコードしており、おそらくreplicationがほぼ０になることがtoxicity低下に効いていると考えられるが、そのため発現量が低く、基本的にはrecombinaseの発現向け。またLは長く(~6k)、AAVに乗らない。 Self inactivation(SiR)によって毒性回避するストラテジー。PESTをつけることで、細胞のタンパク分解作用を利用してvirusを分解させる。Tripodiラボ。 WickershamによるSiRへの疑義プレプリント。 上記プレプリントに対するTripodiラボからの更なる反論プレプリント。その後どうなったんだろう。 Editorial notes: "生綿"で首を絞める...とは...? (萩原) SiR, TDEのラッパーを連想します (宮脇) 2021-05-2429 minNeuroRadioNeuroRadio#11 Sequencing the Connectomeシーケンシングによって(神経)細胞の繋がり方・投射様式を調べる方法について。Zadorラボから報告されているMAPseq等の手法を一通りおさらいした後、Quintanaラボから報告されたRABID-seq論文を紹介。(収録:5/15) Show notes: RABID-seq: Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation MAPseq論文: High-Throughput Mapping of Single-Neuron Projections by Sequencing of Barcoded RNA BRICseq論文: BRICseq Bridges Brain-wide Interregional Connectivity to Neural Activity and Gene Expression in Single Animals BARseq論文: High-Throughput Mapping of Long-Range Neuronal Projection Using In Situ Sequencing ２はこちら SYNseq論文: Using high-throughput barcode sequencing to efficiently map connectomes 最初のオピニオン論文: Sequencing the Connectome Anthony Zador: ラボHPはこちら Brainbow: 確率的に起こる組換えを利用して各細胞毎に別々の蛍光タンパク質の組み合わせを発現させる手法。 Zadorのトーク: 該当部分は16:40- 関係ないけどStriatumの仕事のトーク（裏話を含む）も面白い Francis Quintanaラボ Paperpile: 文献管理ソフト。 引用されていない先行研究: VHDBはこれが初出？ EAE: 中枢神経組織に対する免疫を作ることにより生じる脳炎。Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein (MOG) の一部のペプチド配列、アジュバント、百日咳毒素のエマルジョンを打ち込むと14日で誘導できる。多発性硬化症のモデルとしてよく用いられる。ちゃんとMultifocal&Randomだそうです。 多発性硬化症(MS):神経変性疾患の一種。詳細なメカニズムは不明だが、Autoreactive T lymphocyteが原因で脱髄が起こることが特徴。 Carandiniの学生の論文 2015年のRoska研のScience GFAPは一部の集団: たとえばこれ Audible: Amazonのオーディオブックサービス The Code Breaker: ダウドナを中心としたCRISPRに関わる人々の話。ウォルター・アイザック著。 DeisserothのProjection HFSPは今年早い: 5/26(米国東海岸時間)に申請開始締切、5/27に申請締切 すまかむらうで etc: 学位を取る時のラテン語、ラテン・オナーズ  LancetになったイスラエルMoHの論文。特に65歳以上では無症候感染への効果は2021-05-212h 01NeuroRadioNeuroRadio#10 Retrospection of Engramsゲスト回を振り返ってEngramについて雑談したり、最近目にした面白い論文をフラッシュトーク的に紹介しあったりしました。(収録:4/24) Show Notes: 冒頭雑談 ( - 0:26:25) 変異株に対するワクチンの有効性 、論文 プロテアーゼを一緒に打ち込む: この論文 Nature Medicineでした マシュマロ: 誹謗中傷を自動で除外する匿名コメント機能 (4/29- 受け付けてます!) エングラム雑談 (0:26:35 - ) Sheena Josselyn: 扁桃体等をモデルに記憶を担う細胞について研究。CREB関連の仕事が有名 Richard Semon (1859-1918): 動物学者・進化生物学者。エングラムの存在を予想。 Josselyn/Tonegawaによる総まとめ的総説決定版:Memory engrams: Recalling the past and imagining the future ジフ: 最初期遺伝子の一つ、Zif-268のこと All Optical Physiology: プローブを用いて神経活動を蛍光観察しながら同視野の個々の細胞を光遺伝学的に操作する手法のこと Pattern Completion: 不完全な情報から完全な情報の神経活動パターンを再現すること シーケンシャルな入力があった時に下流が違う 例えばLosonczyのお仕事 Kellerのプレプリント:海馬CA1、V1 利根川研のValence論文 EngramのサイズはPV or SOMにコントロールされる JosselynのEngramテンポラルオーバーラップ論文 Eleven maps for eleven rooms 記録は11部屋で、CA3でした..汗　Fig1が圧巻 Roy/TonegwaのChungとコラボしたdispersed engram complex hypothesisに関するプレプリント 新企画:フラッシュ論文紹介 (1:10:05 - 2:00:13) 萩原 Gloria ChoiのSocial Distance論文 TRHはなんのこっちゃない甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン。 ブラピのゾンビ映画: World War Z (腐トマ) 理研CBS・村山さんのFASHIO2p論文、巨大Obj w/NA0.8! Jerry Chen (+Spencer Smith)の追っかけプレプリント？要はDiesel2pのmultiplexを4にしてきた感じ。 Matt Wilson、電気生理やめるってよ (何故か1p imagingの解析論文出してきた) Grad-CAMの使い方うまい。 MouseのPFCのカテゴリー表象、マウストレーニング芸。Bonhoefferラボ。 HongのSocial Reward論文。Social rewardはgeneral rewardである。 宮脇 RABID-seq ディソる: 細胞をバラバラにする（dissociation）すること Svobodaのrabiesのcaveatに関するブログ。 Carsen & Marius, 視覚皮質で大規模イメージング、集合的活動は正確に見ている縞の角度を判別可能だが行動の結果にはかかわらない。 Lubenovラボ、Kajikawaさんによる論文。Awake Ripple時、CA3で過分極 Neuropixels 2.0、電気生理での同一細胞長期記録 Open Ephys: 電気生理関連のハードウェアやソフトウェアをオープンソースで提供 DAC: デジタル-アナログ変換回路 (あるいはData AQuisition) Editorial Notes: フラッシュトーク、一瞬で終わった気分だったんですが１時間弱やってたんですね（宮脇） これは我ながらいい新企画だと思いました。冒頭の雑談が長いので今回からchapter機能をつけてみました、一思いに飛ばしてください (萩原) 2021-04-302h 06NeuroRadioNeuroRadio#9 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 2奥山輝大さん（@Teru_Okuyama）ゲスト回後編。メダカ論文の裏話、利根川進先生と一緒に研究をすること、LOF/GOF一辺倒の研究に対して思うこと、などをお話しいただきました。 Show Notes: もうまんたい…ナインティナイン岡村主演の映画、無問題 (1999年) やくさく…池谷先生が主宰する研究室、薬品作用学教室（薬作）のこと （大学院時代の）大ボス…久保健雄先生のこと 武田研…武田洋幸先生のラボのこと Adult Neurogenesis…生体脳でのニューロン新生。神経幹細胞がニューロンに分化するのは（主に）胎生期から幼年期のみであるが、齧歯類等では、生体脳においても脳室下帯や海馬歯状回で神経新生が起こり、既存の回路に組み込まれる。この機能的意義が2000年頃から報告され始め、2010年頃に盛んに研究されていた。レビューはこちら Paul…神経新生の記憶への関与や、遠隔記憶、CREBなどの研究で有名なトロントのPaul Franklandのこと。Sheena Josselynの夫でもある。 アルバレスブイリヤ…UCSFで神経新生をやっているArturo Alvarez-Buyllaのこと Forward Genetics…ランダムに遺伝子変異を入れ、ある特定の表現型について異常が出た個体に着目し、表現型の責任遺伝子を同定するアプローチのこと ゴナドトロピン…スクリーニングで釣れてきたCXCR4/7が真に効いていた下流、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（gonadotropin releasing hormone 3：GnRH3）ニューロンのこと 吉良のタスク…この論文 A Neural Implementation of Wald’s Sequential Probability Ratio Test  シャドレン…コロンビア大(当時UW)のMichael Shadlenのこと。サルで意思決定を研究。 アピール…論文が不当な理由でrejectになった際にエディターに抗議し、判断が覆るよう交渉すること。 Peter Stern…Scienceの神経科学系論文を扱っているエディター オファー…Deisserothラボで以下の仕事をやってWeizmann Instituteで独立したOfer Yizer EI balance and social ~…Neocortical excitation/inhibition balance in information processing and social dysfunction。一度の光照射で長時間開口するStep function opsinを使ってPL/IL神経細胞の興奮と抑制のバランスを変化させ、E/Iの上昇がマウスの社会性を損なわせることを示唆した ハーバードがやらかす…ニュース記事はこちら ”Harvard Draws Backlash for Telling Students 'You May Wish You Weren't Asian' on Anti-Racism Page” 佐々木先生…薬作の佐々木拓哉さんのこと 田尾さん…奥山ラボ助教、田尾賢太郎さんのこと キャサリン…ハーバードのCatherine Dulacのこと。子育て行動の神経基盤などを研究。 デイビッド…CaltechのDavid Andersonのこと。社会性行動、特に性行動、攻撃行動等の神経基盤を研究。 複数個体の記録…この論文とかこの論文とか かりごう…David Andersonラボの苅郷友美さんのこと Inside Out…Buzsakiの本。Podcastでのインタビューはこちら  脳を、外界の情報を処理してoutputを出す器官ではなく、既存の自発的な神経活動パターンを外界の情報や自分の行動に当てはめている器官という見方をしよう…みたいな。 クリストフ・コッホ…Allen InstituteのChristof Kochのこと。『意識』を生み出す神経基盤、意識に対応する神経活動、意識の定量方法の研究など いしきぼう…クリストフ・コッホによる一般向けの本『意識をめぐる冒険』の略 録って出し…未編集で公開すること 洲崎さん…洲崎悦生さん（@Suishess）のこと Editorial Notes: 前編・後編のまさかの大ストーリーになりましたが、後編も聞き直していて楽しかったです。後編では、自分のこれまでの研究者人生を振り返る時間が多かったですが、こうして思い返すと、成功体験よりも失敗体験から学んでいる事が多いですね。関係ないですが、僕はたぶん「無問題」の映画は見たことないです。（奥山） 実は４時間にわたる収録だった今回！収録は勿論、確認作業にもお時間を割いて頂いた奥山先生、そして丁寧なmixをして頂いた萩原さんに改めて感謝感謝です。（宮脇） 数年後にディレクターズカット出せたらいいな〜。(萩原) 2021-04-281h 24NeuroRadioNeuroRadio#8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1東大定量研の奥山輝大さん（@Teru_Okuyama）をゲストに迎え、大学院時代、ポスドク時代、キャリア選択の際に考えていたこと、新PIとしての３年間についてお話しいただきました。後編(Part2)に続きます。 Show Notes: 奥山ラボHP バイリンガルニュース 定量研…東京大学の附置研、定量生命科学研究所のこと。 メダカの性行動の論文…A Neural Mechanism Underlying Mating Preferences for Familiar Individuals in Medaka Fish 奥山さんが博士課程で行った、メダカの『単純接触効果』の神経基盤に迫った仕事。メダカのメスは、配偶者を選択する際、事前に視覚的に認識していた見知ったオスを記憶していて、その求愛を積極的に受け入れる。そのような行動を示さない変異体をフォワード遺伝学により同定し、始原生殖細胞の増減に関わることで有名な遺伝子を釣ってきたが、始原生殖細胞の増減は上記の行動には関係なく、あまり有名でない機能（性腺刺激ホルモン放出ホルモン（GnRH）ニューロン発生への関与）が原因であることを発見。特に、GnRH3ニューロンが正常に発生すること、その特徴的な発火パターンが求愛の拒絶から受入への変化に重要であることを突き止めた。 記憶の論文…Ventral CA1 neurons store social memory 奥山さんがポスドクで行った、マウスが他人を記憶する仕組みに迫った仕事。マウスは、よく知っている相手よりも、知らない新規な相手に近づくという性質を持つ。この行動に、腹側海馬のCA1、特に側坐核に投射する細胞集団が必要であることを、独自の行動試験と光遺伝学によって実証。また、腹側海馬CA1に良く知った相手特異的に活動する細胞が多くいることを、プリズムを用いたCaイメージングと、c-fosプロモーター下で発現し、時間が経つにつれて色が変わるタンパク質（FT-Slow）によって発見。更に、c-fosによってラベルしたこの細胞集団を、人工的に活性化することで記憶を呼び起こしたり、忌避的・嗜好的な情動を他者の記憶の情報に紐づけられることから、腹側CA1の細胞が他者の記憶を保持していることを示した。 鉄緑会…代々木の進学塾 SfN…北米神経科学会（の年会） しゅう（りゅう）の論文…Xue Liuの論文。利根川ラボのエングラム系の一連のお仕事の基礎となった仕事。 フロリアン…Florian Engert のこと すすむ…利根川進のこと 川島くん…ワイツマン研究所の川島尚之さんのこと 透明な魚…例えば：A crystal-clear zebrafish for in vivo imaging スティーブ…利根川研Engram時代を支えたSteve Ramirezのこと。 3チャンバー試験…社会性を定量するための行動試験。檻に閉じ込められたマウスがいる部屋、空の部屋、檻だけがある部屋の３つをつなげて自由に行き来できるようにし、空の部屋に入れられたマウスが、それぞれの部屋に滞在する時間を定量する。 奥山さんが用いた行動試験…典型的な３チャンバーではなく、楕円型のオープンフィールドの両端におりを置いている。 建物の重要性について語る利根川先生 チョークトーク…新PI採用の際、公式の研究発表セミナーとは別に行われる、候補者とPI達の砕けた雰囲気のインタビューのこと。昔はチョークと黒板を使って行われたことから。 チャールズ…チャールズ横山氏のこと。Neuron誌の元editor。理研や東大のWPIにおいて、投稿前の論文をEditor的視点からチェックし、通しやすいように校正を加える。 竹内さん…奥山先生の元指導教官、竹内秀明さんのこと テレビに出た…又吉直樹のヘウレーカ！ 岡崎…愛知県岡崎市にある生理研のこと ジャネリアの出してる～…有名な新PI虎の巻。Making the Right Moves 日本神経科学会によせた新PIのインタビュー…神経科学ニュース 2018 No.3 研究室紹介　新米PI奮闘記 （東大・奥山研究室） Kay Tyeが言ってるように…The neural circuitry of social homeostasis: Consequences of acute versus chronic social isolation ボヤいてる Editorial Notes: その後調べてみたら2013SfN@SDでした。奥山&稲垣という1つ上の世代のトップ層(その後のTonegawa研とSvoboda研での活躍はいうまでもない)から受けた刺激と、ポスターを観にきてくれたMargaret Livingstoneが「説明はいらんから黙ってろ！」と怒り出し、無言で15分ほど熟読したのちそのまま立ち去ったというエピソードが初SfNの思ひで2トップ。(萩原) 塾の授業前にペンギンが海中から氷の上に次々乗っかっていく動画を見せてもらったような思い出があります。授業内容との関係は…たぶんあったと思います (宮脇) 飲み友達と居酒屋でビール片手に話してるみたいな内容のトークになってしまいましたが、やってる本人としては非常に楽しかったです。またこのような飲み会がSfnや日本神経科学学会の夜にできることを祈りつつ！（ラジオ聞いてる時から思っていましたが、萩原氏の声はRadwinpsの野田洋次郎に似ていると思うのです）(奥山) 2021-04-211h 03NeuroRadioNeuroRadio#7 Fireside Chat with Dr. Kazumasa Z. TanakaOISTの田中和正さん（@Kazu_ZT）をゲストにお招きし、OISTの研究環境、新PIのラボ運営、これからの研究方針、過去の研究の裏話などについて伺いました Show notes: 脳のハードドライブの仕組みと理由を探る...田中さんのインタビュー記事 田中さんのラボHP Cortical representations are reinstated by the hippocampus during memory retrieval …田中さんの大学院時代の業績。Neuron論文。fos-tTA, tetO-H2B-GFP, tetO-Creの３重トランスジェニックマウスのCA1に、Cre依存的に機能するArchTをAAVにより導入。文脈的恐怖条件づけの想起時に海馬CA1のfos陽性細胞を抑制すると、海馬外の領域（皮質・海馬台・偏桃体など）において、記憶の獲得時にfosプロモーターが動いていた細胞と想起時にcFosを発現する細胞のオーバーラップ率が低下することを示した。 The hippocampal engram maps experience but not place…田中さんのポスドク時代の業績。Science論文。fos陽性細胞にChR2を発現するマウスを新規環境に暴露して、翌日に同じ環境あるいは別の環境に暴露した後に、光刺激に対する応答性によってCA1のfos陽性細胞を同定。電気生理的な性質を記録。特に、fos陽性細胞は文脈に対応した活動を示すが、場所受容野に関してはリマッピングが行われていることを示した。記憶痕跡と呼ばれている細胞集団が運んでいる情報が場所というよりも環境（文脈）をエンコードしていることを示唆。 海馬の記憶エングラムは経験の表象へのインデックスである…田中さんによるSciecne論文の日本語解説 c-fos…神経活動依存的に発現する（とされる）最初期遺伝子（immediate early gene）の一種 OIST…沖縄科学技術大学院大学。5年一貫制の博士課程を有する大学院大学。2012年から大学院生の受入を開始。神経科学、数学・計算科学、化学、分子・細胞・発生生物学、環境・生態学、物理学、海洋科学、などを主要な研究分野とする。構成員の半数以上が日本人以外からなる国際性も特徴。 ブジャーキ…‪Gyorgy Buzsakiのこと。記憶の２ステージモデルをはじめ様々な概念を提唱、実験的証拠を示してきた記憶研究の大御所。 Systems Consolidation…過去の情報の脳内表現が、近時記憶を司る海馬から遠隔記憶を司る皮質へと移されるプロセス。あるいは、記憶固定時の海馬と海馬外領域の関わり方が記憶の脱文脈化や時間とともに変化するプロセス。シナプスレベルでの情報の固定とは異なる。 memory engram…記憶痕跡。研究によって定義は微妙に異なるが、ここではfos陽性細胞のこと remapping…場所細胞の場所受容野が変化すること index仮説…エピソード記憶を構成する情報は海馬ではなく大脳皮質に保存されていて、海馬にはそれらを呼び起こすためのインデックス（索引）が記録されているとする考え方 ブライアン…田中さんの大学院時代のアドバイザー、Brian Wiltgenのこと トム…田中さんのポスドクアドバイザーだったThomas McHughのこと Neurobiology of Learning and Memory II...田中さんの講義シラバス いずみ先生：OISTの福永泉美先生のこと two-body problem…カップルが双方のキャリアを築こうとした際に生じる地理的な問題etc Optogenetic stimulation of a hippocampal engram activates fear memory recall...利根川先生達のEngram論文 Generation of a Synthetic Memory Trace…MayfordのEngram論文 Direct Reactivation of a Coherent Neocortical Memory of Context...田中さんのNeuron論文と同じ号に掲載された似たコンセプトの論文、Mayfordラボ。 Hippocampal Memory Traces Are Differentially Modulated by Experience, Time, and Adult Neurogenesis...Henの論文 NIH grant…アメリカの生物医学、公衆衛生科学研究の主要な資金源 R01 grant…主要なNIH grant。PIに対して与えられる。規模は科研費基盤Ｓくらい。これを取れて一人前、という雰囲気は無きにしも非ず。 くゎんそう茶…沖縄では眠りを誘う野菜として食されている野菜をお茶にしたもの。田中さんが愛飲されているくゎんそう茶はこちら。 OISTのPI募集...4/30まで！ 2022年のJNS…Neuro2022 (第45回日本神経科学大会、第63回日本神経化学会大会、第32回日本神経回路学会大会) は2022年6月30日 （木）～7月3日（日）に沖縄コンベンションセンターにて Editorial Notes: ニライカナイ！今学部生に戻ったら元ラボと田中先生のラボで迷ってただろうな（宮脇） 独立直後にしてラボメンバーのネタは基本的に自由、という器のデカさにびっくり！Neuro2022でオフ会@那覇でも企画してブチ上がれる世界線になることを期待（萩原） とても楽しかったです！ゲストに呼んで頂きありがとうございました。みんなが自分の興味の赴くままに楽しく研究のできる環境を作っていきたいです。面白いアイデアを持つ優秀なメンバーに恵まれ、PIとしての腕を試されている毎日です。今後の成果にご期待ください。(怒られ回避のために付け加えておくと、研究室内の研究テーマは全て私の研究構想の範疇です！)　（田中） 2021-04-091h 58NeuroRadioNeuroRadio#6 You can (not) watch the movie雑談回。エヴァ(観てない)、シン・ゴジラ、ボストンの海鮮、ワクチン、ヘイトクライム等について。 Show Notes: Evangelion 3.0+1.0 Thrice Upon A Time...本当に見たい 鷺巣詩郎...エヴァの音楽作ってる人。さぎすしろう。 巨神兵東京に現わる...庵野監督による特撮作品 Union Oyster House...ボストンのシーフードの老舗 Legal Sea Foods...村上春樹もよく行っている(た)というシーフード店。(「ラオスにいったい何があるんですか？」に収録) アストラゼネカ製ワクチンと血栓症には因果関係は認められず、リスクがメリットを上回るため基本的には継続使用を推奨するというWHOのレポート。(*3/20時点での情報なので最新の情報にアクセスするようにしてください) Associations of the BNT162b2 COVID-19 vaccine effectiveness with patient age and comorbidities...medRxivのイスラエルにおけるPfizar-BioNTechのBNT162b2のCOVID疫学プレプリント。ここまで効果的とは...mRNAすごい。 White supremacy and hate are haunting Asian Americans...在米アジア人は気をつけましょう Editorial Notes: 巨神兵東京に現る、はシン・ゴジラじゃなくてQとの同時公開でしたね…記憶力を強くしたい…（宮脇） >Qとの同時公開  うーん、すると観てるはずなんですが記憶にない... シン・ゴジラのキャスティングはほぼほぼ全員よかったのですが、特にノーメイク+前髪脂ぎってベタベタになった市川実日子が、人の肌の陰影のコントラストをやたらに高めた画作りも相まって最高に味が出ていてよかったですね。あと高橋一生は2枚目でない変人をやらせた方がハマる、というのを再確認。  (萩原) 2021-03-3031 minNeuroRadioNeuroRadio#5 Mapping the spatial transcriptomics10000種類以上のmRNAをsubcellular resolutionで解析できそうなSpatial transcriptomicsの手法について、５つの原理に分けて簡単にレビュー。 Show Notes: 1. RNAのcDNAを環状にして増幅、SOLiDでin situ sequencing Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ...FISSEQ。George Churchラボ。 Rolling Circle Amplification...環状にした一本鎖DNAテンプレートに対して一方向にポリメラーゼで増幅をかけ、何周もさせることにより、巨大なアンプリコンを作成する手法 Next Gen SOLiD DNA Sequencing Method Explained...SOLiDの原理説明動画。In Situ Sequencingの文脈で関連があるのは 5:18~。 Expansion sequencing: Spatially precise in situ transcriptomics in intact biological systems...Boyden+Churchラボ。UntargetedとTargetedの２種類があるが、前者はFISSEQ+ExM。後者は次の原理を利用。 Expansion microscopy...サンプルを大きくすることにより実効的な解像度を上げる手法 2. Padlock ProbeでｍRNAとDNAバーコードを対応付けてin situ sequencing Padlock Probe...末端の配列が、隣接する標的配列を持つオリゴヌクレオチド。標的配列にハイブリダイゼーションすると"ブリッジ"するような形になり、ライゲーションによって環状化できる。 In situ sequencing for RNA analysis in preserved tissue and cells...Padlock Probeを作ったMats Nillsonたちによるin situ sequencing Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states...DeisserothラボのSTARmap。PadlockやSOLiDについて改良。 High-Throughput Mapping of Long-Range Neuronal Projection Using In Situ Sequencing...BARseq。Zadorラボ。MAPseqによって既に細胞に発現させているRNAのバーコードをpadlockに取り込み、増幅。内在性のmRNAも一緒に読める。 MAPseq...ある領域のニューロンをRNAバーコーディングし、投射先の組織からシーケンシングすることによって、個々の細胞の投射パターンを一挙に調べる手法。 3. 最初にhybridizeするプローブにバーコードの組み合わせを持たせ、更にバーコードに対するhybridizationを複数回行う Researchat #54...同じく生物学系ポッドキャスト。SeqFISH, MERFISHあたりの技術がわかりやすく解説されている。 Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells...MERFISH。Xiaowei Zhuangラボ。 Transcriptome-scale super-resolved imaging in tissues by RNA seqFISH...seqFIS...2021-03-3057 minNeuroRadioNeuroRadio#4 What is cell-type? – Transcriptome meets neurophysiologyニューロンの細胞種はどう定義されるのか？萩原が in vivo Caイメージングとspatial transcriptomicsを組み合わせた研究２報を紹介しながら議論。トランスクリプトーム回の前編。 Show Notes: ・Dense Functional and Molecular Readout of a Circuit Hub in Sensory Cortex...今回メインで話題にした論文その１。CRACK: Comprehensive Readout of Activity and Cell Type Markers. (Jerry Chenラボ) ・Behavioral state coding by molecularly defined paraventricular hypothalamic cell type ensembles...今回メインで話題にした論文その２。CaRMA: Calcium and RNA multiplexed activity (Scott Sternsonラボ) ・Allen Institute for Brain Science...ポール・アレンの寄付によるシアトルにある研究所。脳のアトラス・マップ等のデータベース作り、Aiシリーズのマウスライン作りを中心に大規模リソースの提供を行っている。 ・Genetic Dissection of Neural Circuits...神経回路理解への遺伝学的アプローチのレビュー。Luo, Callaway, Svobodaらの2008年時点での見解。細胞種とは何か、という議論も。 ・Genetic Dissection of Neural Circuits: A Decade of Progress...同著者らによる2018年時点での10年間の振り返りと未来への展望。 ・t-type...遺伝子発現(transcriptome)により定義される神経細胞の細胞種 (by Allen) ・me-type...形態および電気生理的性質(morpho-electric)により定義される神経細胞の細胞種 (by Allen) ・生理研のKawaguchi, Kubota, Kondoらによる細胞種分類の先駆け的な仕事。1, 2, 3 ・Integrated Morphoelectric and Transcriptomic Classification of Cortical GABAergic Cells...Allen InstituteのPatch-seq論文。大量の抑制性ニューロンについてmet-typeの分類を試みた。 ・Phenotypic variation of transcriptomic cell types in mouse motor cortex...上とペアになるToliasらのPatch-seq論文。M1の興奮性/抑制性ニューロンについて。 ・Spatial Transcriptomes...様々な種類のmRNAの空間局在を見る手法 ・HCR v3...Hybridization chain reactionの略。FISHシグナル増幅手法の一種。v3はコンポーネント数が増えておりSN比が高い ・Janelia...HHMIによる研究所。各ラボのサイズを小さく保ち、プラットフォーム・プロジェクト・コアファシリティに重点を置く実験的・革新的な研究所。ハエの遺伝学およびGCaMPのアップデート等のリソース提供による分野への貢献も大きい。 ・RNAscope...FISHシグナル増幅手法の一種。Z型のプローブを用いるのが特徴。 ・GRINレンズ...視床など脳深部からCaイメージングをする際、脳へのダメージを最小限にするために脳表から刺入する内視鏡のこと。 ・Sensory coding mechanisms revealed by optical tagging of p2021-03-241h 14NeuroRadioNeuroRadio#3 Covid19 dominates everythingパンデミックの影響に関して雑談。ヨーロッパでロックダウンの影響をもろに受けた萩原と、パンデミック下にオンラインポスドクインタビュー・ボストン留学開始を経験した宮脇がそれぞれ雑感を話しています。 Show notes: Salary Cap, Stipends, & Training Funds...米ポスドクの賃金目安 OIST...沖縄科学技術大学院大学のこと Maruichi...ボストンの日本食材スーパー Editorial notes: 早くワクチンが行き届いて、少しでも早く以前の日常に近い日々が戻るといいのですが。ちなみにinterviewをしたのは2019年ではなく、2020年1月の間違い...。 萩原 リポフェクションやアデノウイルスの打ち込み、される側になるとは思ってもみませんでした。宮脇 2021-03-0827 minNeuroRadioNeuroRadio#2 The grid cells are a torus論文紹介#1。"グリッド細胞の集合的な活動がドーナツ型になる" ことを示したプレプリントについて話しています。 Show notes グリッド細胞...内側嗅内皮質（MEC）にあるニューロンで、動物がいる場所に反応して活動する。一つの細胞が反応する場所は規則的に並んでおり、平行四辺形の格子（グリッド）の格子点に一致するのが特徴。 トーラス...ドーナツ（の表面）の形。 アトラクター・ネットワーク...時間に依存して状態を変化させるシステム（例：相互に結合するニューロンの活動）のうち、あるいくつかの特定の状態に落ち着く性質を持つもの。 コンティニュアス・アトラクター・ネットワーク...アトラクター・ネットワークの一種で、収束した状態を取るが、ある収束した状態から、それに近い別の収束状態へと遷移していく性質を持つもの。 Neuropixels...生きた動物の脳から神経細胞の電気的な活動（細胞外電位）を記録できる電極。1000, あるいは5000以上という大量の記録部位を持つ。 次元削減...大量の神経細胞の活動の時系列データは即ち "（神経細胞の個数）次元のデータ"だが、３次元以上のデータがもつ特徴を人間が直観的に認識するのは難しい。次元削減は、高次元のデータを、その特徴を保ったまま低次元データに置き換える手法。 Toroidal topology of population activity in grid cells...今回話題にした論文 本年度のノーベル生理学・医学賞の解説...場所細胞・グリッド細胞の解説 海馬体-嗅内皮質における空間認知システム...グリッド細胞の日本語レビュー Path integration and the neural basis of the 'cognitive map'...空間を表現する Continuous Attractive Network がトーラスになる理由など The entorhinal grid map is discretized...グリッド細胞のモジュール性を報告した論文 Neuropixels 2.0: A miniaturized high-density probe for stable, long-term brain recordings...最新版Neuropixelsに関するプレプリント UMAP Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction | SciPy 2018 |...著者によるUMAPの解説 「柔らかいトポロジーの穴から眺める世界」...トポロジーの専門家、平岡裕章先生によるトポロジー講義 Editorial notes いきなりややマニアックな内容でしたが、圧倒的な論文で楽しかったです。宮脇さんがかなりちゃんと準備してきてくれたので今後の論文紹介回のハードルが...僕はここから徐々に下げていきます。ジェンダーニュートラルな表現を心がけてはいるのですが、「元妻」という響きはなんとなくエグいので「元奥さん」と言っていますが特に他意はないです。 萩原 マサチューセッツ州のドーナツ市場はダンキンドーナツ一強です。フレンチクルーラーやポンデリングも食べたいです。宮脇 2021-03-0851 minNeuroRadioNeuroRadio#1 Reading journals similarly to weekly comicsポッドキャスト紹介回として、主にポッドキャストを始めた動機に関して２人で話しました。今後予定しているコンテンツ、等 Show notes: Friedrich Miescher Institute...スイスのバーゼルにある研究機関。神経科学、定量生物学、エピジェネティクス等の研究に注力。 Wyss Insititute...アメリカのボストンにある研究機関。生命科学にインスパイアされたものづくりと、それを基にした起業支援に注力。 Rebuild...ウェブ開発、プログラミング、モバイル、ガジェットなどにフォーカスしたテクノロジー系ポッドキャスト。 Dissect...有名な洋楽アルバムについて、１曲ずつその音楽的な工夫や詞の背景などを解説するポッドキャスト。 バイリンガルニュース...日本語と英語でニュースを紹介した後、マイケルは英語でマミは日本語でバイリンガル形式でコメントするポッドキャスト。 etwas luminous Fluxus...萩原のやっているバンド。ちょうスローペースで活動中。 Editorial notes: 硬さはそのうち取れていく、はず…。はず…。宮脇 100回くらいやってれば慣れそう(遠い目)。ちなみにジングルは素材をShinji Kuriyama(from etwas luminous Fluxus)に提供してもらって作りました。　萩原 2021-03-0818 min